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- PDB-1ah7: PHOSPHOLIPASE C FROM BACILLUS CEREUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ah7
タイトルPHOSPHOLIPASE C FROM BACILLUS CEREUS
要素PHOSPHOLIPASE C
キーワードHYDROLASE / LIPASE / PHOSPHOLIPID HYDROLYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase C / phosphatidylcholine phospholipase C activity / killing of cells of another organism / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Zinc-dependent phospholipase C / Phospholipase C/D / Zinc dependent phospholipase C / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C signature. / Prokaryotic zinc-dependent phospholipase C domain profile. / Zinc dependent phospholipase C (alpha toxin) / P1 Nuclease / P1 Nuclease / Phospholipase C/P1 nuclease domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.501 Å
データ登録者Greaves, R.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: High-resolution (1.5 A) crystal structure of phospholipase C from Bacillus cereus.
著者: Hough, E. / Hansen, L.K. / Birknes, B. / Jynge, K. / Hansen, S. / Hordvik, A. / Little, C. / Dodson, E. / Derewenda, Z.
#1: ジャーナル: Lipases : Their Structure, Biochemistry, and Application
年: 1994
タイトル: Structural Aspects of Phospholipase C from Bacillus Cereus and its Reaction Mechanism
著者: Hough, E. / Hansen, S.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Phospholipase C from Bacillus Cereus Complexed with a Substrate Analog
著者: Hansen, S. / Hough, E. / Svensson, L.A. / Wong, Y.L. / Martin, S.F.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: The Crystal Structure of Tris-Inhibited Phospholipase C from Bacillus Cereus at 1.9 A Resolution. The Nature of the Metal Ion in Site 2
著者: Hansen, S. / Hansen, L.K. / Hough, E.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Crystal Structures of Phosphate, Iodide and Iodate-Inhibited Phospholipase C from Bacillus Cereus and Structural Investigations of the Binding of Reaction Products and a Substrate Analogue
著者: Hansen, S. / Hansen, L.K. / Hough, E.
履歴
登録1997年4月14日処理サイト: BNL
改定 1.01997年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOSPHOLIPASE C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6204
ポリマ－28,4231
非ポリマー1963
水4,179232
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.760, 89.760, 74.030
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PHOSPHOLIPASE C / PHOSPHATIDYLCHOLINE-HYDROLYZING PHOSPHOLIPASE C


分子量: 28423.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus cereus (バクテリア) / 参照: UniProt: P09598, phospholipase C
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: VAPOR PHASE DIFFUSION FROM SOLUTION OF 5MG/ML PLC IN 35% SATURATED AMMONIUM SULFATE, pH 7, vapor diffusion
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlenzyme1drop
235 %satammonium sulfate1drop
32.5 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1986年8月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→12.45 Å / Num. obs: 46061 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.056
反射 シェル解像度: 1.501→1.57 Å / % possible all: 82
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.056
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
CCP4モデル構築
REFMAC精密化
CCP4データ削減
CCP4データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.501→12.451 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
詳細: PROTEIN MODEL DID NOT INCLUDE HYDROGEN ATOM POSITIONS. INITIAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING USING PROTIN AND PROLSQ. THERE IS STILL SOME DOUBT ABOUT THE EXACT POSITIONING OF TYR 156 WHICH ...詳細: PROTEIN MODEL DID NOT INCLUDE HYDROGEN ATOM POSITIONS. INITIAL REFINEMENT WAS PERFORMED USING USING PROTIN AND PROLSQ. THERE IS STILL SOME DOUBT ABOUT THE EXACT POSITIONING OF TYR 156 WHICH IS NOT WITHIN THE EXPECTED DISTRIBUTION OF RING PLANARITY FOR TYROSINE RESIDUES. THE DENSITY AROUND THE C-TERMINUS WAS POOR. THE POSITIONING OF RESIDUES ASP 244 AND ARG 245 IS THUS AMBIGUOUS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23124 2340 5 %
Rwork0.20281 --
obs0.20331 43951 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.501→12.451 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 3 231 2266
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 48722
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.049
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.014

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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