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- PDB-1ag5: THE SOLUTION STRUCTURE OF AN AFLATOXIN B1 EPOXIDE ADDUCT AT THE N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ag5
タイトルTHE SOLUTION STRUCTURE OF AN AFLATOXIN B1 EPOXIDE ADDUCT AT THE N7 POSITION OF GUANINE OPPOSITE AN ADENINE IN THE COMPLEMENTARY STRAND OF AN OLIGODEOXYNUCLEOTIDE DUPLEX, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
キーワードDNA / AFLATOXIN B1 / N7-GUANINE ADDUCT / INTERCALATION / DNA DUPLEX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID
機能・相同性8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1 / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
データ登録者Johnson, D.S. / Stone, M.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Refined solution structure of 8,9-dihydro-8-(N7-guanyl)-9-hydroxyaflatoxin B1 opposite CpA in the complementary strand of an oligodeoxynucleotide duplex as determined by 1H NMR.
著者: Johnston, D.S. / Stone, M.P.
履歴
登録1997年4月1日処理サイト: BNL
改定 1.01997年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年1月30日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conn / struct_ref
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref.pdbx_align_begin
改定 2.12024年4月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7343
ポリマ－6,4032
非ポリマー3301
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 1THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA
代表モデル

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*C)-3')


分子量: 2964.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXYAFLATOXIN B1 OPPOSITE CPA IN THE COMPLEMENTARY STRAND
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*TP*CP*AP*GP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3438.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: 8,9-DIHYDRO-8-(N7-GUANYL)-9-HYDROXYAFLATOXIN B1 OPPOSITE CPA IN THE COMPLEMENTARY STRAND
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-AFN / 8,9-DIHYDRO-9-HYDROXY-AFLATOXIN B1


分子量: 330.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H14O7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
1212QF-COSY
131AND TOCSY
141: NOESY
1512QF-COSY
161AND

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試料調製

試料状態pH: 6.9 / 温度: 278 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX500 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX500 / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
Felix構造決定
X-PLOR構造決定
MARDIGRAS構造決定
CORMA構造決定
精密化手法: NOE-RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS, SIMULATED ANNEALING
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: THIS STRUCTURE PROVIDED THE BEST-FIT FOR THE NOE DATA BASED ON THE RELAXATION MATRIX ANALYSIS USING CORMA
計算したコンフォーマーの数: 1 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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