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- PDB-1afw: THE 1.8 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC PEROXISOMAL THI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1afw
タイトルTHE 1.8 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC PEROXISOMAL THIOLASE OF SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素3-KETOACETYL-COA THIOLASE
キーワードTHIOLASE / FATTY ACID METABOLISM
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / Peroxisomal protein import / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Neutrophil degranulation / mitochondrial intermembrane space ...alpha-linolenic acid (ALA) metabolism / Beta-oxidation of very long chain fatty acids / acetyl-CoA C-acyltransferase / acetyl-CoA C-acyltransferase activity / Peroxisomal protein import / phenylacetate catabolic process / fatty acid beta-oxidation / peroxisomal matrix / Neutrophil degranulation / mitochondrial intermembrane space / peroxisome / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase ...: / Thiolase, active site / Thiolases active site. / Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-ketoacyl-CoA thiolase, peroxisomal
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mathieu, M. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: The 1.8 A crystal structure of the dimeric peroxisomal 3-ketoacyl-CoA thiolase of Saccharomyces cerevisiae: implications for substrate binding and reaction mechanism.
著者: Mathieu, M. / Modis, Y. / Zeelen, J.P. / Engel, C.K. / Abagyan, R.A. / Ahlberg, A. / Rasmussen, B. / Lamzin, V.S. / Kunau, W.H. / Wierenga, R.K.
履歴
登録1997年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-KETOACETYL-COA THIOLASE
B: 3-KETOACETYL-COA THIOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3894
ポリマ－84,1522
非ポリマー2362
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area25690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.170, 92.650, 116.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9208, 0.3431, 0.1854), (0.3439, 0.4901, 0.801), (0.184, 0.8013, -0.5693)
ベクター: 75.093, -77.4854, 112.0084)

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要素

#1: タンパク質 3-KETOACETYL-COA THIOLASE


分子量: 42076.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 細胞内の位置: PEROXISOME / Organelle: PEROXISOME / 参照: UniProt: P27796, acetyl-CoA C-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdiaylsis / pH: 6.5
詳細: MICRODIALYSIS AGAINST 25MM MOPS PH6.5, 200MM DTT, 1MM EDTA, 1MM SODIUM AZIDE, AT 20 DEGREES CELSIUS, microdiaylsis, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mMMOPS11
21 mMDTT11
31 mM11NaN3
41 mMEDTA11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.995
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→10 Å / Num. obs: 71570 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→10 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / 交差検証法: R FREE (WITH X-PLOR, BUT NOT WITH TNT) / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 3790 5 %EVERY 20TH REFLECTION
Rwork0.203 ---
all0.187 71365 --
obs0.187 71365 98.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5874 0 0 464 6338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01759752.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.480471.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d33.336630
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0091698
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01186520
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.006189
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5EA(B) / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.242
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0098
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.01120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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