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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ae2 | ||||||
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タイトル | MUTANT L32R OF GENE V PROTEIN (SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN) | ||||||
要素 | GENE V PROTEIN | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / SINGLE-STRANDED DNA BINDING PROTEIN / GVP / L32R / MUTANT / DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIERS / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Su, S. / Gao, Y.-G. / Zhang, H. / Terwilliger, T.C. / Wang, A.H.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Analyses of the stability and function of three surface mutants (R82C, K69H, and L32R) of the gene V protein from Ff phage by X-ray crystallography. 著者: Su, S. / Gao, Y.G. / Zhang, H. / Terwilliger, T.C. / Wang, A.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ae2.cif.gz | 34.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ae2.ent.gz | 23.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ae2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ae2_validation.pdf.gz | 413.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ae2_full_validation.pdf.gz | 414.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ae2_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ae2_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/1ae2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/1ae2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9743.250 Da / 分子数: 1 / 変異: L32R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K561 解説: THE L32R MUTANT WAS PRODUCED ACCORDING TO THE PUBLISHED PROCEDURE, W.S. SANDBERG, P.M. SCHLUNK, H.B. ZABIN,T.C. TERWILLIGER, BIOCHEMISTRY 34, 11970-11978 プラスミド: PTT18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69543 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM SOLUTIONS CONTAINING 10MG/ML PROTEIN, 4 MM TRIS BUFFER (PH7.5), AND 16% PEG 4000 (W/V), EQUILIBRATED AGAINST 12% PEG4000 BY VAPOR DIFFUSION AT ROOM TEMPERATURE., vapor diffusion Temp details: room temp | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 285 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月1日 / 詳細: COLLIMATORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15 Å / Num. obs: 5539 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 27.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.2 Å / % possible all: 86.3 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 86.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIERS / 解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 28.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.042 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.364 |