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- PDB-1ady: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH HISTIDYL-ADENYLATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ady
タイトルHISTIDYL-TRNA SYNTHETASE IN COMPLEX WITH HISTIDYL-ADENYLATE
要素HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
キーワードTRNA SYNTHETASE / HISTIDYL-ADENYLATE / AMINO ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine-tRNA ligase / histidyl-tRNA aminoacylation / histidine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Histidine-tRNA ligase / Histidine-tRNA ligase/ATP phosphoribosyltransferase regulatory subunit / Class II Histidinyl-tRNA synthetase (HisRS)-like catalytic core domain / Histidyl-tRNA synthetase / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDYL-ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Histidine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Cusack, S. / Aberg, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structure analysis of the activation of histidine by Thermus thermophilus histidyl-tRNA synthetase.
著者: Aberg, A. / Yaremchuk, A. / Tukalo, M. / Rasmussen, B. / Cusack, S.
履歴
登録1997年2月19日処理サイト: BNL
改定 1.01997年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
B: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
C: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
D: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,82512
ポリマ－188,5044
非ポリマー2,3228
水00
1
A: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
B: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4136
ポリマ－94,2522
非ポリマー1,1614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9620 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area34100 Å2
手法PISA
2
C: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
D: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,4136
ポリマ－94,2522
非ポリマー1,1614
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9420 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area34210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.300, 214.700, 49.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.947217, 0.308044, 0.088825), (0.319919, 0.926198, 0.199524), (-0.020807, 0.217409, -0.975859)78.67346, -18.40144, 47.55746
2given(0.996759, -0.077357, -0.022076), (-0.080225, -0.976175, -0.201608), (-0.005955, 0.202725, -0.979218)3.13186, 127.888, 47.89478
3given(-0.969574, 0.243148, -0.028375), (-0.241482, -0.969008, -0.052061), (-0.040154, -0.043625, 0.998241)84.83533, 130.34251, 3.61826

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要素

#1: タンパク質
HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE


分子量: 47125.918 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
詳細: HISTIDYL-ADENYLATE PRODUCED ENZYMATICALLY IN THE CRYSTAL IS PRESENT IN THE ACTIVE SITE
由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 参照: UniProt: P56194, histidine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HAM / HISTIDYL-ADENOSINE MONOPHOSPHATE


分子量: 484.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21N8O8P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化pH: 7 / 詳細: pH 7.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
16 mg/mlhistidyl-tRNA1drop
24.3 mg/mltRNAHis1drop
33-10 mM1dropMgCl2
41 mM1dropNaN3
515 %(v/v)ammonium sulphate1drop
6100 mMbis-tris propane1drop
750 %satammonium sulphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年1月31日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 32840 / % possible obs: 65 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 5
反射
*PLUS
Num. measured all: 85481
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 30 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
CCP4データスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HISTIDYL-TRNA SYNTHETASE

解像度: 2.8→20 Å
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3 -5 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.26 32813 65 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13236 0 152 0 13388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.184
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection Rfree: 1632
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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