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万見
- PDB-1aat: OXOGLUTARATE-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES IN CYTOSOLIC ASPARTAT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1aat
タイトルOXOGLUTARATE-INDUCED CONFORMATIONAL CHANGES IN CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
要素CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
キーワードAMINOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Amino acid metabolism / L-glutamate catabolic process to aspartate / cysteine transaminase / phosphatidylserine decarboxylase activity / L-cysteine transaminase activity / aspartate biosynthetic process / Gluconeogenesis / malate-aspartate shuttle / L-aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process ...Amino acid metabolism / L-glutamate catabolic process to aspartate / cysteine transaminase / phosphatidylserine decarboxylase activity / L-cysteine transaminase activity / aspartate biosynthetic process / Gluconeogenesis / malate-aspartate shuttle / L-aspartate catabolic process / glycerol biosynthetic process / aspartate metabolic process / glutamate metabolic process / aspartate transaminase / oxaloacetate metabolic process / L-aspartate:2-oxoglutarate aminotransferase activity / 2-oxoglutarate metabolic process / fatty acid homeostasis / response to glucocorticoid / Notch signaling pathway / gluconeogenesis / cellular response to insulin stimulus / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aspartate/other aminotransferase / Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site / Aminotransferases class-I pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Aspartate aminotransferase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Harutyunyan, E.G. / Malashkevich, V.N.
引用
ジャーナル: DOKL.AKAD.NAUK SSSR / 年: 1982
タイトル: Conformational changes in cytosol aspartate aminotransferase induced by oxoglutarate
著者: Malashkevich, V.N. / Kochkina, V.M. / Torchinskii, I.u.M. / Arutiunian, E.G.
#1: ジャーナル: Prog.Clin.Biol.Res. / 年: 1982
タイトル: Aspartate Aminotranferase from Chicken Heart Cytosol. Three-Dimensional Structure and Coenzyme Reorientations in the Active Site
著者: Torchinsky, Yu.M. / Harutyunyan, E.G. / Malashkevich, V.N. / Kochkina, V.M. / Makarov, V.L. / Braunstein, A.E.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1982
タイトル: Three-Dimensional Structure at 3.2 Angstroms Resolution of the Complex of Cytosolic Aspartate Aminotransferase from Chicken Heart with 2-Oxoglutarate
著者: Harutyunyan, E.G. / Malashkevich, V.N. / Tersyan, S.S. / Kochkina, V.M. / Torchinsky, Yu.M. / Braunstein, A.E.
#3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1979
タイトル: Primary Structure of Cytoplasmic Aspartate Aminotransferase from Chicken Heart and its Homology with Pig Heart Isoenzymes
著者: Shlyapnikov, S.V. / Myasnikov, A.N. / Severin, E.S. / Myagkova, M.A. / Torchinsky, Yu.M. / Braunstein, A.E.
履歴
登録1982年4月23日処理サイト: BNL
改定 1.01982年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年5月31日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02023年9月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_PDB_matrix / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _atom_sites.fract_transf_vector[1] / _atom_sites.fract_transf_vector[2] / _atom_sites.fract_transf_vector[3] / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[2][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3] / _struct_ncs_oper.vector[1] / _struct_ncs_oper.vector[2] / _struct_ncs_oper.vector[3]
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE
B: CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,7402
ポリマ－91,7402
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.700, 118.100, 124.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.224554, -0.974529, 0.028477), (-0.97521, 0.225579, -0.035813), (-0.027911, 0.035077, -1.001025)
ベクター: 140.16586, 114.75697, 110.3668)

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要素

#1: タンパク質 CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 45869.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00504, aspartate transaminase
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE HOMOLOGY WITH PIG CYTOSOLIC ASPARTATE ...THE RESIDUE NUMBERING IS BASED ON THE SEQUENCE HOMOLOGY WITH PIG CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE. THIS STRUCTURE IS SIMILAR TO CHICKEN HEART MITOCHONDRIAL AND PIG HEART CYTOSOLIC ASPARTATE AMINOTRANSFERASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.02 %

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 2.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数822 0 0 0 822

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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