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万見
- PDB-1a9v: TERTIARY STRUCTURE OF THE MAJOR HOUSE DUST MITE ALLERGEN DER P 2,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a9v
タイトルTERTIARY STRUCTURE OF THE MAJOR HOUSE DUST MITE ALLERGEN DER P 2, NMR, 10 STRUCTURES
要素MITE ALLERGEN DER P 2
キーワードALLERGEN / IMMUNOGLOBULIN FOLD
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol binding / sterol transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Sterol transport protein NPC2-like / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mite group 2 allergen Der p 2
類似検索 - 構成要素
生物種Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEAL
データ登録者Mueller, G.A. / Benjamin, D.C. / Rule, G.S.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Tertiary structure of the major house dust mite allergen Der p 2: sequential and structural homologies.
著者: Mueller, G.A. / Benjamin, D.C. / Rule, G.S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1997
タイトル: Expression and Secondary Structure Determination by NMR Methods of the Major House Dust Mite Allergen Der P 2
著者: Mueller, G.A. / Smith, A.M. / Williams Junior, D.C. / Hakkaart, G.A. / Aalberse, R.C. / Chapman, M.D. / Rule, G.S. / Benjamin, D.C.
履歴
登録1998年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MITE ALLERGEN DER P 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1141
ポリマ－14,1141
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200LOWEST ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 MITE ALLERGEN DER P 2


分子量: 14114.336 Da / 分子数: 1 / 変異: D1S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D1S MUTANT MADE TO ENHANCE N-TERMINAL MET REMOVAL
由来: (組換発現) Dermatophagoides pteronyssinus (ダニ)
細胞株: BL21 / プラスミド: PET-21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (PLYSE) / 参照: UniProt: P49278
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HNCA
121CA(CO)HN
131HN(CA)HA
141HA(CACO)NH
151HN(CA)CB
161CBCA(CO)NH
171HNCO
181CBACOHA
191HBHA(CACO)NH
1101(H)CCH-TOCSY
1111HSQC-NOESY
1121CHH-NOESY
1131HCH-NOESY
1141NHNH-NOESY
1151CN-NOESY
NMR実験の詳細Text: STRUCTURE WAS DETERMINED USING DOUBLE LABELED MATERIAL AND TRIPLE RESONANCE METHODS

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試料調製

詳細内容: 90 H2O/10 D2O
試料状態イオン強度: 50 mM NACL 100 mM K2SO4 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITYPLUS / 製造業者: Varian / モデル: UNITYPLUS / 磁場強度: 500 MHz

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.821BRUNGER精密化
Felix構造決定
X-PLOR3.821構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEAL / ソフトェア番号: 1 / 詳細: CONVENTIONAL
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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