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- PDB-1a99: PUTRESCINE RECEPTOR (POTF) FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a99
タイトルPUTRESCINE RECEPTOR (POTF) FROM E. COLI
要素PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
キーワードBINDING PROTEIN / TRANSPORT / PERIPLASMIC PUTRESCINE BINDING PROTEIN (POTF)
機能・相同性
機能・相同性情報


putrescine binding / putrescine transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIAMINOBUTANE / Putrescine-binding periplasmic protein PotF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Vassylyev, D.G. / Tomitori, H. / Kashiwagi, K. / Morikawa, K. / Igarashi, K.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure and mutational analysis of the Escherichia coli putrescine receptor. Structural basis for substrate specificity.
著者: Vassylyev, D.G. / Tomitori, H. / Kashiwagi, K. / Morikawa, K. / Igarashi, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Periplasmic Receptor (Potf) of the Putrescine Transport System in Escherichia Coli
著者: Vassylyev, D.G. / Kashiwagi, T. / Tomitori, H. / Kashiwagi, K. / Igarashi, K. / Morikawa, K.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1993
タイトル: Characteristics of the Operon for a Putrescine Transport System that Maps at 19 Minutes on the Escherichia Coli Chromosome
著者: Pistocchi, R. / Kashiwagi, K. / Miyamoto, S. / Nukui, E. / Sadakata, Y. / Kobayashi, H. / Igarashi, K.
履歴
登録1998年4月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年4月1日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
B: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
C: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
D: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,5508
ポリマ－153,1984
非ポリマー3534
水10,521584
1
A: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3882
ポリマ－38,2991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3882
ポリマ－38,2991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3882
ポリマ－38,2991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: PUTRESCINE-BINDING PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3882
ポリマ－38,2991
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)269.400, 82.330, 93.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.7942, 0.59665, -0.1151), (0.46434, 0.47372, -0.74832), (-0.39196, -0.64777, -0.65328)289.24081, -14.83522, 190.97041
2given(0.93969, 0.13875, -0.31261), (0.11935, -0.98959, -0.08045), (-0.32052, 0.03828, -0.94647)31.41611, 65.41694, 155.36401
3given(-0.87784, 0.47572, 0.05558), (-0.27243, -0.59138, 0.75898), (0.39393, 0.65112, 0.64874)297.77582, 60.40127, -92.03163

-
要素

#1: タンパク質
PUTRESCINE-BINDING PROTEIN / POTF


分子量: 38299.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: KK313 / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: PUCPOTF / プラスミド: PMWPOTF / 遺伝子 (発現宿主): PUCPOTF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KK313POTF\:\:KM / 参照: UniProt: P31133
#2: 化合物
ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 5
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2M AMMONIUM SULFATE, 6% GLYCEROL, 200MM CACODYLATE BUFFER (PH 5), pH 5.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Vassylyev, D.G., (1998) Acta Crystallogr.,Sect.D, 54, 132.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
120 mg/mlprotein1drop
220 mMTris-HCl1drop
42.5 Mammonium sulfate1reservoir
56 %glycerol1reservoir
6200 mMcacodylate1reservoir
31drop0.00125mlH2O

-
データ収集

放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Biso Wilson estimate: 40 Å2
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. obs: 87495 / % possible obs: 94 % / Num. measured all: 273045 / Rmerge(I) obs: 0.069

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.8モデル構築
X-PLOR3.8精密化
X-PLOR3.8位相決定
精密化解像度: 2.2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Data cutoff high absF: 100000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 4618 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 91992 87 %-
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11308 0 24 584 11916
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.852
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it4.31.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it62
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it92.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINED / Rms dev Biso : 6.5 Å2 / Rms dev position: 1 Å / Weight Biso : 1 / Weight position: 100
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 344 5 %
Rwork0.332 6513 -
obs--47 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 90790 / Rfactor Rfree: 0.26 / Rfactor Rwork: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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