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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a8z | ||||||
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タイトル | STRUCTURE DETERMINATION OF A 16.8KDA COPPER PROTEIN RUSTICYANIN AT 2.1A RESOLUTION USING ANOMALOUS SCATTERING DATA WITH DIRECT METHODS | ||||||
![]() | RUSTICYANIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / DIRECT METHODS / SAS / MEDIUM RESOLUTION / METALLOPROTEIN / COPPER PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Harvey, I. / Hao, Q. / Duke, E.M.H. / Ingledew, W.J. / Hasnain, S.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure determination of a 16.8 kDa copper protein at 2.1 A resolution using anomalous scattering data with direct methods. 著者: Harvey, I. / Hao, Q. / Duke, E.M. / Ingledew, W.J. / Hasnain, S.S. #1: ![]() タイトル: Oasis-A Computer Program for Breaking the Phase Ambiguity in Oas or Sir Protein Data 著者: Hao, Q. / Gu, Y.X. / Zheng, C.D. / Fan, H.F. #2: ![]() タイトル: Multiple Wavelength Anomalous Diffraction (MAD) Crystal Structure of Rusticyanin: A Highly Oxidizing Cupredoxin with Extreme Acid Stability 著者: Walter, R.L. / Ealick, S.E. / Friedman, A.M. / Blake II, R.C. / Proctor, P. / Shoham, M. #3: ![]() タイトル: Complete 13C Assignments for Recombinant Cu(I) Rusticyanin. Prediction of Secondary Structure from Patterns of Chemical Shifts 著者: Toy-Palmer, A. / Prytulla, S. / Dyson, H.J. #4: ![]() タイトル: X-Ray Absorption Studies and Homology Modeling Define the Structural Features that Specify the Nature of the Copper Site in Rusticyanin 著者: Grossmann, J.G. / Ingledew, W.J. / Harvey, I. / Strange, R.W. / Hasnain, S.S. #5: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Crystallographic Studies of Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans 著者: Djebli, A. / Proctor, P. / Blake II, R.C. / Shoham, M. #6: ![]() タイトル: Amino Acid Sequence of the Blue Copper Protein Rusticyanin from Thiobacillus Ferrooxidans 著者: Ronk, M. / Shively, J.E. / Shute, E.A. / Blake II, R.C. #8: ![]() タイトル: The Purification and Some Properties of Rusticyanin, a Blue Copper Protein Involved in Iron(II) Oxidation from Thiobacillus Ferro-Oxidans 著者: Cox, J.C. / Boxer, D.H. #9: ![]() タイトル: The Respiratory Chain of Thiobacillus Ferrooxidans: The Reduction of Cytochromes by Fe2+ and the Preliminary Characterization of Rusticyanin a Novel "Blue" Copper Protein 著者: Cobley, J.G. / Haddock, B.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 410 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16408.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: REDUCED FORM (CU(I)) 由来: (天然) ![]() 細胞内の位置: PERIPLASM / 参照: UniProt: P24930, UniProt: P0C918*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-CU1 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 3.8 詳細: SIMILAR TO THOSE DESCRIBED IN DJEBLI ET AL., J. MOL. BIOL. 229, 581 (1992)., pH 3.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / pH: 4.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年10月4日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.376 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 7898 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.029 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Rsym value: 0.066 / % possible all: 91.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 80752 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.9 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ANOMALOUS SCATTERING, DIRECT METHODS / 解像度: 2.1→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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原子変位パラメータ | Biso mean: 14.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.033 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.251 |