PDB-1a83: INTRAMOLECULAR I-MOTIF, NMR, 6 STRUCTURES

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1a83

タイトル

INTRAMOLECULAR I-MOTIF, NMR, 6 STRUCTURES

要素

DNA (5'-(MCY)CTTTCCTTTACCTTTCC-3')

キーワード

DNA / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / I-MOTIF / SOLUTION STRUCTURE / TELOMERE / CENTROMERE

機能・相同性

DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / molecular dynamics

データ登録者

Han, X. / Leroy, J.L. / Gueron, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: An intramolecular i-motif: the solution structure and base-pair opening kinetics of d(5mCCT3CCT3ACCT3CC).
著者: Han, X. / Leroy, J.L. / Gueron, M.

履歴

登録	1998年4月1日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1998年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1a83.cif.gz	71.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1a83.ent.gz	56.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1a83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/1a83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/1a83	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	2m5f-d 1gp8-d 2ndb-d 6o3q-d 1cxo-d 2gdl-d 6cku-d 5lue-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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「今月の分子」の関連する項目

#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (2)
#67 - 2005年7月
TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein)
類似性 (1)
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DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
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チミン２量体 (Thymine Dimers)
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エンハンセオソーム (Enhanceosome)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
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エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#180 - 2014年12月
TALエフェクター (TAL Effectors)
類似性 (1)
#23 - 2001年11月
DNA (DNA)
類似性 (2)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (1)
#84 - 2006年12月
トランスポザーゼ (Transposase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#73 - 2006年1月
トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
#119 - 2009年11月
人工設計DNA結晶 (Designed DNA Crystal)
類似性 (1)
#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
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糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
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HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
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登録構造単位

A: DNA (5'-(MCY)CTTTCCTTTACCTTTCC-3')

5.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	6 / 60	LEAST ENERGY OF NOE VIOLATION
代表モデル

#1: DNA鎖	DNA (5'-(MCY)CTTTCCTTTACCTTTCC-3') 分子量: 5253.485 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: THE INTRAMOLECULAR FOLDING OF THIS I-MOTIF MAY RELATED TO THE CYTOSINE-RICH STRANDS OF TELOMERES AND HUMAN CENTROMERE. THE FIRST CYTOSINE IS C5-METHYLATED AND IS NAMED MCY IN THIS ENTRY.

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	NOESY
1	2	1	TOCSY
1	3	1	HETERO-TOCSY

-
試料調製

試料状態

Conditions-ID	pH	温度 (K)
1	4.8	270 K
2	7	270 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX600 / 製造業者: Bruker / モデル: AMX600 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
X-PLOR	3	モデル構築
X-PLOR	3	精密化
X-PLOR	3	位相決定

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3	BRUNGER	精密化
Felix			構造決定

精密化

手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST ENERGY OF NOE VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 6

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関連情報:EMDBヘッダ

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