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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7z | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ACTINOMYCIN Z3 | |||||||||
要素 | ACTINOMYCIN Z3 | |||||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / ACTINOMYCIN D / ACTINOMYCIN / ANTICANCER / ANTITUMOR / CHROMOPHORE / DEPSIPEPTIDE | |||||||||
機能・相同性 | Actinomycin Z3 / BENZENE / : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | STREPTOMYCES FRADIAE (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / AB INITIO / 解像度: 0.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Schafer, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 1998 タイトル: Crystal Structures of Actinomycin D and Actinomycin Z3. 著者: Schafer, M. / Sheldrick, G.M. / Bahner, I. / Lackner, H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a7z.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a7z.ent.gz | 20.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a7z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a7z_validation.pdf.gz | 411.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a7z_full_validation.pdf.gz | 412.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a7z_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a7z_validation.cif.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a7z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | #2: 化合物 | ChemComp-BNZ / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ACTINOMYCIN Z3 IS A BICYCLIC PEPTIDE, A MEMBER OF THE ACTINOMYCIN FAMILY. HERE, ACTINOMYCIN D IS ...ACTINOMYCI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % |
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: PH 7 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
溶液の組成 | *PLUS 一般名: benzene |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 173 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年9月22日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.95→32.45 Å / Num. obs: 15653 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.06 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.17 |
反射 シェル | 解像度: 0.95→1.05 Å / 冗長度: 4.85 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 4.93 / % possible all: 98.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 112696 / Rmerge(I) obs: 0.0602 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO / 解像度: 0.95→32.45 Å / Num. parameters: 3024 / Num. restraintsaints: 5470 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 StereochEM target val spec case: NO RESTRAINTS ON DISTANCES AND ANGLES 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER 詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY 0.026
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Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 286 / Occupancy sum non hydrogen: 307 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.95→32.45 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.0797 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: s_angle_d |