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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7w | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE HISTONE HMFB FROM METHANOTHERMUS FERVIDUS | ||||||
![]() | HISTONE HMFB | ||||||
![]() | HISTONE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA topological change / protein homooligomerization / chromosome / double-stranded DNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Decanniere, K. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Heinemann, U. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of recombinant histones HMfA and HMfB from the hyperthermophilic archaeon Methanothermus fervidus. 著者: Decanniere, K. / Babu, A.M. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Heinemann, U. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Characterization of the Methanothermus Fervidus Histones Hmfa and Hmfb 著者: Decanniere, K. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Heinemann, U. #2: ![]() タイトル: NMR Structure of Hmfb from the Hyperthermophile, Methanothermus Fervidus, Confirms that This Archaeal Protein is a Histone 著者: Starich, M.R. / Sandman, K. / Reeve, J.N. / Summers, M.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 430.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7683.054 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-CL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: ORTHOROMBIC HMFA STRUCTURE WILL BE SUBMITTED SOON | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月1日 / 詳細: SUPPER NI-COATED MIRROR SYSTEM |
放射 | モノクロメーター: NI FOIL / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→39.1 Å / Num. obs: 6152 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 22.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.196 / % possible all: 97.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 25200 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.2 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PARTIALLY REFINED ORTHORHOMBIC HMFA 解像度: 1.55→18 Å / 交差検証法: AFTER RIGID BODY REFINEMENT / σ(F): 0 詳細: RIGID BODY WITH AMORE, SIMULATED ANNEALING WITH X-PLOR, REFINEMENT WITH REFMAC. ESD FROM LUZZATI PLOT (A) : 0.25
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.34 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→18 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Num. reflection obs: 5835 / Num. reflection Rfree: 290 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.229 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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