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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a7e | ||||||
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タイトル | HYDROXOMET MYOHEMERYTHRIN FROM THEMISTE ZOSTERICOLA | ||||||
要素 | MYOHEMERYTHRIN | ||||||
キーワード | OXYGEN TRANSPORT / NONHEME IRON OXYGEN CARRIER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Themiste zostericola (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Martins, L.J. / Hill, C.P. / Ellis Junior, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997 タイトル: Structures of wild-type chloromet and L103N hydroxomet Themiste zostericola myohemerythrins at 1.8 A resolution. 著者: Martins, L.J. / Hill, C.P. / Ellis Jr., W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a7e.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a7e.ent.gz | 38.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a7e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a7e_validation.pdf.gz | 422.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a7e_full_validation.pdf.gz | 424 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a7e_validation.xml.gz | 9.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a7e_validation.cif.gz | 13.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a7e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a7/1a7e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13801.691 Da / 分子数: 1 / 変異: L103N / 由来タイプ: 組換発現 詳細: CONTAINS A HYDROXY-DIIRON-OXO (FE1-O-FE2) MOIETY (CFO). 由来: (組換発現) Themiste zostericola (無脊椎動物) 組織: RETRACTOR MUSCLES / 細胞株: BL21 / プラスミド: PL103N / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P02247 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OFO / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 / 詳細: 27% PEG 6K, 100MM HEPES, 1.0M LICL (PH 7.0) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 119 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1988年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→10 Å / Num. obs: 11853 / % possible obs: 88.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 102018 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.74 Å / 最低解像度: 1.8 Å / % possible obs: 49.6 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 11.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 10
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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