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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a6q | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN SERINE/THREONINE PHOSPHATASE 2C AT 2 A RESOLUTION | |||||||||
要素 | PHOSPHATASE 2C | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / CATALYTIC MECHANISM / METALLOENZYME / PROTEIN PHOSPHATASE 2C / SIGNAL TRANSDUCTUIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-terminal protein myristoylation / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / R-SMAD binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of BMP signaling pathway / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase ...N-terminal protein myristoylation / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / R-SMAD binding / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of BMP signaling pathway / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / dephosphorylation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / protein export from nucleus / protein dephosphorylation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / positive regulation of protein export from nucleus / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / manganese ion binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cell cycle / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å | |||||||||
データ登録者 | Das, A.K. / Helps, N.R. / Cohen, P.T.W. / Barford, D. | |||||||||
引用 | ジャーナル: EMBO J. / 年: 1996 タイトル: Crystal structure of the protein serine/threonine phosphatase 2C at 2.0 A resolution. 著者: Das, A.K. / Helps, N.R. / Cohen, P.T. / Barford, D. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a6q.cif.gz | 86.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a6q.ent.gz | 65.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a6q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/1a6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a6/1a6q | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42502.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P35813, protein-serine/threonine phosphatase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 5 詳細: 8-12% PEG8K,15% GLYCEROL, 50MM K-PO4, PH=5.0, 2 MM DTT AT 4 DEGREES C, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 100 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BL19 / 波長: 0.87 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年2月9日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DARESBURY / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→15 Å / Num. obs: 33176 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 215022 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→6 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.82 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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