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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a6g | ||||||
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タイトル | CARBONMONOXY-MYOGLOBIN, ATOMIC RESOLUTION | ||||||
![]() | MYOGLOBIN | ||||||
![]() | HEME PROTEIN / MODEL COMPOUNDS / OXYGEN STORAGE / LIGAND BINDING GEOMETRY / CONFORMATIONAL SUBSTATES | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vojtechovsky, J. / Chu, K. / Berendzen, J. / Sweet, R.M. / Schlichting, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of myoglobin-ligand complexes at near-atomic resolution. 著者: Vojtechovsky, J. / Chu, K. / Berendzen, J. / Sweet, R.M. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17048.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P02185 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / | #4: 化合物 | ChemComp-CMO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.18 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULPHATE, 50MM POTASSIUM PHOSPHATE, PH 6.0 | |||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: batch method | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE AREA DETECTOR / 日付: 1997年1月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.15→50 Å / Num. obs: 42857 / % possible obs: 91 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.15→1.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.299 / % possible all: 63 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 413744 / Rmerge(I) obs: 0.059 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1MBC 解像度: 1.15→8 Å / Num. parameters: 12713 / Num. restraintsaints: 19055 / 交差検証法: FREE R StereochEM target val spec case: HEME - PARAMETERS BASED ON CSD 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: NO GEOMETRIC RESTRAINTS APPLIED TO IRON AND THE PLANAR ATOMS OF THE HEME. DATA CUTOFF -3.0 (SIGMA(I)) BAYESIAN DIFFERENCE REFINEMENT WAS USED AT THE FINAL STEP. SEE TERWILLIGER AND BERENDZEN, ...詳細: NO GEOMETRIC RESTRAINTS APPLIED TO IRON AND THE PLANAR ATOMS OF THE HEME. DATA CUTOFF -3.0 (SIGMA(I)) BAYESIAN DIFFERENCE REFINEMENT WAS USED AT THE FINAL STEP. SEE TERWILLIGER AND BERENDZEN, ACTA CRYST. D52:1004-1011. THE SOLVENT MOLECULES 129,130,132,139 AND 146 CAN BE MODELED FOR ONE ALTERNATIVE PROTEIN CONFORMATION.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 26 / Occupancy sum hydrogen: 1263.1 / Occupancy sum non hydrogen: 1415.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.15→8 Å
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拘束条件 |
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