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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a5p | ||||||
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タイトル | C[40,95]A VARIANT OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A | ||||||
要素 | RIBONUCLEASE A | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HYDROLASE (NUCLEIC ACID / RNA) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Pearson, M.A. / Karplus, P.A. / Dodge, R.W. / Laity, J.H. / Scheraga, H.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998 タイトル: Crystal structures of two mutants that have implications for the folding of bovine pancreatic ribonuclease A. 著者: Pearson, M.A. / Karplus, P.A. / Dodge, R.W. / Laity, J.H. / Scheraga, H.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a5p.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a5p.ent.gz | 26.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a5p_validation.pdf.gz | 438.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a5p_full_validation.pdf.gz | 441.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a5p_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a5p_validation.cif.gz | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/1a5p | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13644.195 Da / 分子数: 1 / 変異: C40A, C95A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / プラスミド: PSJII [C40A,C95A] / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174 (DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 100 MM CACODYLATE PH 6.0, 2.2 M CSCL, AND 1.5 M AMM SO4. THEN IT WAS SOAKED IN 100 MM CACODYLATE PH 6.0, 80% AMM SO4 FOR 24 HOURS TO REMOVE THE CS IONS. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.7 / 手法: macro seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年5月7日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.6 Å / Num. obs: 20673 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.317 / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.039 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Rmerge(I) obs: 0.317 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.6→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.67 Å / Total num. of bins used: 10 /
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor obs: 0.358 |