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- PDB-1a5j: CHICKEN B-MYB DNA BINDING DOMAIN, REPEAT 2 AND REPEAT3, NMR, 32 S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a5j
タイトルCHICKEN B-MYB DNA BINDING DOMAIN, REPEAT 2 AND REPEAT3, NMR, 32 STRUCTURES
要素B-MYB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / PROTOONCOGENE PRODUCT
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription coregulator activity / mitotic cell cycle / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily ...C-myb, C-terminal / C-myb, C-terminal / Myb-like DNA-binding domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myb-related protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Mcintosh, P.B. / Carr, M.D. / Wollborn, U. / Frenkiel, T.A. / Feeney, J. / Mccormick, J.E. / Klempnauer, K.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Solution structure of the B-Myb DNA-binding domain: a possible role for conformational instability of the protein in DNA binding and control of gene expression.
著者: McIntosh, P.B. / Frenkiel, T.A. / Wollborn, U. / McCormick, J.E. / Klempnauer, K.H. / Feeney, J. / Carr, M.D.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: Structure of the B-Myb DNA-Binding Domain in Solution and Evidence for Multiple Conformations in the Region of Repeat-2 Involved in DNA Binding. Implications for Sequence-Specific DNA ...タイトル: Structure of the B-Myb DNA-Binding Domain in Solution and Evidence for Multiple Conformations in the Region of Repeat-2 Involved in DNA Binding. Implications for Sequence-Specific DNA Binding by Myb Proteins
著者: Carr, M.D. / Wollborn, U. / Mcintosh, P.B. / Frenkiel, T.A. / Mccormick, J.E. / Bauer, C.J. / Klempnauer, K.H. / Feeney, J.
履歴
登録1998年2月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_keywords.text
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-MYB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9591
ポリマ－12,9591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)32 / 100NO DISTANCE CONSTRAINT ORVAN DER WAALS VIOLATIONS >0.5A,NO DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINT VIOLATIONS >6 DEGREES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 B-MYB


分子量: 12958.922 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA BINDING DOMAIN, REPEAT 2 AND REPEAT 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PGEX-3X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HB101 / 参照: UniProt: Q03237

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
121TOCSY
131NOESY
1412D 1H/13C HMQC
1512D F2 12C-FILTERED TOCSY
1613D 1H/13C HMQC-NOESY
171(H)CCH-COSY
181(H)CCH-TOCSY
1913D 1H/15N NOESY-HSQC
1101NOESY-HMQC
1111HNHA
1121HNHB
1131HMQC-NOESY-HMQC
1141ROESY-HMQC
1151TOCSY-HMQC
11613D-1H/15N/13C CBCANH
1171CBCA(CO)NH
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURES WERE DETERMINED USING DOUBLE AND TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 13C/15N AND 15N LABELED B-MYB.

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試料調製

試料状態pH: 6.0 / 温度: 288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYVarianUNITY6001
Varian UNITYVarianUNITY5002

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解析

ソフトウェア
名称分類
DYANAモデル構築
DYANA精密化
NMR software
名称分類
DYANA構造決定
DYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NO DISTANCE CONSTRAINT ORVAN DER WAALS VIOLATIONS >0.5A,NO DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINT VIOLATIONS >6 DEGREES
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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