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万見
- PDB-1a4z: ALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM BOVINE MITOCHONDRIA COMPLEX WITH NAD ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a4z
タイトルALDEHYDE DEHYDROGENASE FROM BOVINE MITOCHONDRIA COMPLEX WITH NAD (REDUCED) AND SAMARIUM (III)
要素ALDEHYDE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / ALCOHOL METABOLISM / ALDEHYDE OXIDATION / ALPHA/BETA DOMAIN / DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Metabolism of serotonin / Ethanol oxidation / Smooth Muscle Contraction / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / ethanol catabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) ...Metabolism of serotonin / Ethanol oxidation / Smooth Muscle Contraction / regulation of dopamine biosynthetic process / regulation of serotonin biosynthetic process / phenylacetaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nitroglycerin metabolic process / aldehyde catabolic process / ethanol catabolic process / aldehyde dehydrogenase (NAD+) / carboxylesterase activity / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase, cysteine active site / Aldehyde dehydrogenases cysteine active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / SAMARIUM (III) ION / Aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Steinmetz, C.G. / Hurley, T.D.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Structure of mitochondrial aldehyde dehydrogenase: the genetic component of ethanol aversion.
著者: Steinmetz, C.G. / Xie, P. / Weiner, H. / Hurley, T.D.
履歴
登録1998年2月10日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE DEHYDROGENASE
B: ALDEHYDE DEHYDROGENASE
C: ALDEHYDE DEHYDROGENASE
D: ALDEHYDE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,23412
ポリマ－217,9794
非ポリマー3,2558
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26820 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area56620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.600, 198.400, 91.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
44
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.255423, 0.966826, 0.002632), (0.966829, -0.255421, -0.001078), (-0.00037, 0.00282, -0.999996)-73.5257, 95.5341, 43.5809
2given(-0.504331, -0.633817, -0.586452), (-0.640469, -0.180961, 0.74636), (-0.57918, 0.752017, -0.314676)190.5928, 174.1226, -28.2339
3given(-0.747123, -0.336176, 0.573405), (-0.321781, -0.571912, -0.754568), (0.581605, -0.748266, 0.319114)143.36501, 235.7395, 71.4662

-
要素

#1: タンパク質
ALDEHYDE DEHYDROGENASE


分子量: 54494.715 Da / 分子数: 4 / 断片: NAD BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: MITOCHONDRIAL ALDEHYDE DEHYDROGENASE / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 細胞内の位置: MITOCHONDRIA / 器官: LIVER / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P20000, aldehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 14% PEG 8000, 100 MM MES, PH 6.5, 0.2 MM MGCL2, 1MM NAD; THEN SOAKED IN 1 MM SMCL3 OVERNIGHT.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
1100 mMMES1drop
21 mMNAD+1drop
30.2 mM1dropMgCl2
414 %(w/v)PEG80001drop
58 mg/mlenzyme1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→48 Å / Num. obs: 50128 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.74→2.83 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 59
反射
*PLUS
Num. measured all: 220626 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 59 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASES位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
XTALVIEW精密化
X-PLOR3.1精密化
bioteXデータ削減
bioteXデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.75→8 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: OVERALL ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 3345 7 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 42471 85 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.7 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15336 0 180 88 15604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.22
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION0.06100
22X-RAY DIFFRACTION0.06100
33X-RAY DIFFRACTION0.06100
44X-RAY DIFFRACTION0.06100
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.87 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 329 4.8 %
Rwork0.23 3987 -
obs--62.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PARAM20.NADTOPH19.NAD
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.22
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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