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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1a2x | ||||||
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タイトル | COMPLEX OF TROPONIN C WITH A 47 RESIDUE (1-47) FRAGMENT OF TROPONIN I | ||||||
要素 |
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キーワード | COMPLEX (SKELETAL MUSCLE/MUSCLE PROTEIN) / TROPONIN / MUSCLE CONTRACTION REGULATION / COMPLEX (SKELETAL MUSCLE-MUSCLE PROTEIN) / COMPLEX (SKELETAL MUSCLE-MUSCLE PROTEIN) complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 troponin T binding / troponin complex / myosin II complex / skeletal muscle contraction / cardiac muscle contraction / actin binding / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SIR/MAD / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Vassylyev, D.G. / Takeda, S. / Wakatsuki, S. / Maeda, K. / Maeda, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998 タイトル: Crystal structure of troponin C in complex with troponin I fragment at 2.3-A resolution. 著者: Vassylyev, D.G. / Takeda, S. / Wakatsuki, S. / Maeda, K. / Maeda, Y. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997 タイトル: Production, Crystallization, and Preliminary X-Ray Analysis of Rabbit Skeletal Muscle Troponin Complex Consisting of Troponin C and Fragment (1-47) of Troponin I 著者: Saijo, Y. / Takeda, S. / Scherer, A. / Kobayashi, T. / Maeda, Y. / Taniguchi, H. / Yao, M. / Wakatsuki, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1a2x.cif.gz | 52.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1a2x.ent.gz | 37.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1a2x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1a2x_validation.pdf.gz | 438.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1a2x_full_validation.pdf.gz | 449.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1a2x_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1a2x_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a2/1a2x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17981.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: FAST SKELETAL MUSCLE / 器官: SKELETAL / プラスミド: PMALC2 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K / 参照: UniProt: P02586 | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5546.197 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 1 - 47 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: FAST SKELETAL MUSCLE / 器官: SKELETAL / プラスミド: PTRC / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K / 参照: UniProt: P02643 | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD WAS USED AT 289K BY MIXING THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 25-30MG/ML OF THE CI47 COMPLEX WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.5M SODIUM CITRATE, 0.1M ...詳細: HANGING-DROP VAPOR DIFFUSION METHOD WAS USED AT 289K BY MIXING THE PROTEIN SOLUTION CONTAINING 25-30MG/ML OF THE CI47 COMPLEX WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 1.5M SODIUM CITRATE, 0.1M TRIS-HCL, PH 8.0, 15% TREHALOSE., vapor diffusion - hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Saijo, Y., (1997) Protein Sci., 6, 916. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年6月1日 |
放射 | モノクロメーター: MONOCHROMATOR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 8870 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 94 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 37214 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SIR/MAD / 解像度: 2.3→10 Å / Data cutoff high absF: 100000000000 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 6 Å / Luzzati sigma a obs: 0.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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