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- PDB-1a21: TISSUE FACTOR (TF) FROM RABBIT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a21
タイトルTISSUE FACTOR (TF) FROM RABBIT
要素TISSUE FACTOR
キーワードGLYCOPROTEIN / BLOOD COAGULATION FACTOR / FVIIA ACTIVATION / CYTOKINE RECEPTOR SUPERFAMILY / EXTRACELLULAR DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / cytokine receptor activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / extracellular matrix / phospholipid binding / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / cytokine receptor activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of TOR signaling / positive regulation of endothelial cell proliferation / extracellular matrix / phospholipid binding / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / cell surface / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Muller, Y.A. / De Vos, A.M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1998
タイトル: Hinge bending within the cytokine receptor superfamily revealed by the 2.4 A crystal structure of the extracellular domain of rabbit tissue factor.
著者: Muller, Y.A. / Kelley, R.F. / de Vos, A.M.
履歴
登録1998年1月14日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月2日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TISSUE FACTOR
B: TISSUE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2122
ポリマ－50,2122
非ポリマー00
水4,161231
1
A: TISSUE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1061
ポリマ－25,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TISSUE FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1061
ポリマ－25,1061
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.540, 49.010, 65.010
Angle α, β, γ (deg.)96.06, 99.11, 91.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.98497, -0.0181, -0.17178), (-0.03601, 0.99416, 0.10173), (0.16894, 0.10639, -0.97987)9.96052, -23.50365, 39.08805
2given(-0.9877, 0.14736, -0.05231), (0.13584, 0.97428, 0.1798), (0.07746, 0.17048, -0.98231)3.03225, -26.61512, 38.77849

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要素

#1: タンパク質 TISSUE FACTOR


分子量: 25106.051 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAIN, RESIDUES 1 - 219 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 器官: BLOOD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24055
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: SITTING DROP, 80 UL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS*HCL,PH:8.0, 50 MM NACL, 75 MM LI2SO4, 12.5 % PEG 3350) EQUILIBRATED AGAINST 30 ML RESERVOIR SOLUTION (50 MM TRIS*HCL, ...詳細: SITTING DROP, 80 UL OF PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML PROTEIN IN 50 MM TRIS*HCL,PH:8.0, 50 MM NACL, 75 MM LI2SO4, 12.5 % PEG 3350) EQUILIBRATED AGAINST 30 ML RESERVOIR SOLUTION (50 MM TRIS*HCL, PH:8.0, 50 MM NACL, 150 MM LI2SO4, 25 % PEG3350), vapor diffusion - sitting drop
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
250 mMTris-HCl1drop
350 mM1dropNaCl
475 mM1dropLi2SO4
512.5 %PEG33501drop
650 mMTris-HCl1reservoir
750 mM1reservoirNaCl
8150 mM1reservoirLiSO4
925 %PEG33501reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1996年3月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→60 Å / Num. obs: 20678 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.07 / % possible all: 90.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HFT

2hft


解像度: 2.35→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT
詳細: A BULK SOLVENT CORRECTION CALCULATED WITH PROGRAM X-PLOR WAS USED THROUGHOUT REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1953 9.7 %THIN RESOLUTION SHELLS
Rwork0.191 ---
obs0.191 20156 95.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 34.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.65 Å26.3 Å2-8.5 Å2
2--4.56 Å27.94 Å2
3----7.21 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3175 0 0 231 3406
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.617
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.13
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.84
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it7.46
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 125 11.4 %
Rwork0.299 969 -
obs--78.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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