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- PDB-1a0m: 1.1 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF A-CONOTOXIN [TYR15]-EPI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0m
タイトル1.1 ANGSTROM CRYSTAL STRUCTURE OF A-CONOTOXIN [TYR15]-EPI
要素ALPHA-CONOTOXIN [TYR15]-EPI
キーワードACETYLCHOLINE RECEPTOR ANTAGONIST / A-CONOTOXIN / NEUROTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / Conotoxin, alpha-type, conserved site / Alpha-conotoxin family signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-conotoxin EpI
類似検索 - 構成要素
生物種Conus episcopatus (ソウジュウイモ)
手法X線回折 / DIRECT METHODS / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Hu, S.-H. / Loughnan, M. / Miller, R. / Weeks, C.M. / Blessing, R.H. / Alewood, P.F. / Lewis, R.J. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: The 1.1 A resolution crystal structure of [Tyr15]EpI, a novel alpha-conotoxin from Conus episcopatus, solved by direct methods.
著者: Hu, S.H. / Loughnan, M. / Miller, R. / Weeks, C.M. / Blessing, R.H. / Alewood, P.F. / Lewis, R.J. / Martin, J.L.
履歴
登録1997年12月3日処理サイト: BNL
改定 1.01999年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-CONOTOXIN [TYR15]-EPI
B: ALPHA-CONOTOXIN [TYR15]-EPI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,5822
ポリマ－3,5822
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.400, 44.400, 23.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ALPHA-CONOTOXIN [TYR15]-EPI


分子量: 1791.001 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Conus episcopatus (ソウジュウイモ)
参照: UniProt: P56638
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 24 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 15 mg/ml / 一般名: peptide

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データ収集

回折平均測定温度: 286 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月27日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 9265 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 8.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 87
反射
*PLUS
Num. measured all: 38406
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SHAKE-N-BAKEモデル構築
X-PLOR3.1精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SHAKE-N-BAKE位相決定
精密化構造決定の手法: DIRECT METHODS / 解像度: 1.1→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: ANISOTROPIC B-FACTOR REFINEMENT PERFORMED WITH SHELXL-97 GIVES AN R-FACTOR OF 13.4% AND AN R-FREE OF 0.154.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.178 870 10 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.161 8281 88.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 10.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.16 Å
Luzzati d res low-6 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数242 0 2 42 286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
LS精密化 シェル解像度: 1.1→1.15 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 84 7.2 %
Rwork0.253 632 -
obs--61.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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