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- PDB-1a0a: PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1a0a
タイトルPHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4/DNA COMPLEX
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G )-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*G )-3')
  • PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4)
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION FACTOR / BASIC HELIX LOOP HELIX / COMPLEX (TRANSCRIPTION FACTOR-DNA) / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of phosphate metabolic process / cellular response to phosphate starvation / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix-loop-helix DNA-binding domain / MYOD Basic-Helix-Loop-Helix Domain, subunit B / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphate system positive regulatory protein PHO4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shimizu, T. / Toumoto, A. / Ihara, K. / Shimizu, M. / Kyogoku, Y. / Ogawa, N. / Oshima, Y. / Hakoshima, T.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1997
タイトル: Crystal structure of PHO4 bHLH domain-DNA complex: flanking base recognition.
著者: Shimizu, T. / Toumoto, A. / Ihara, K. / Shimizu, M. / Kyogoku, Y. / Ogawa, N. / Oshima, Y. / Hakoshima, T.
履歴
登録1997年11月27日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*G )-3')
D: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G )-3')
A: PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4)
B: PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6244
ポリマ－24,6244
非ポリマー00
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.510, 68.300, 108.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*AP*G )-3') / UASP2(17)


分子量: 5212.386 Da / 分子数: 1 / 断片: UPSTREAM ACTIVATION SITE P2 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: FRAGMENT UPSTREAM ACTIVATION SITE P2
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*CP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*G )-3') / UASP2(17)


分子量: 5203.373 Da / 分子数: 1 / 断片: UPSTREAM ACTIVATION SITE P2 / 由来タイプ: 合成 / キーワード: FRAGMENT: UPSTREAM ACTIVATION SITE P2
#3: タンパク質 PROTEIN (PHOSPHATE SYSTEM POSITIVE REGULATORY PROTEIN PHO4) / BHLH


分子量: 7104.062 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / キーワード: FRAGMENT: DNA BINDING DOMAIN / 参照: UniProt: P07270
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 3.6
詳細: VAPOR DIFFUSION METHOD: DROP-0.4MM PROTEIN, 0.2MM DNA, 1% PEG6K, 20MM NACITRATE (PH3.6), RESERVOIR-1% PEG6K, 20MM NACITRATE(PH3.6), vapor diffusion
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 600011
2NA CITRATE11
3PEG 600012
4NA CITRATE12
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 71 %
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.4 mMprotein1drop
20.2 mMDNA1drop
31 %(w/v)PEG60001drop
420 mMsodium citrate1drop
51 %(w/v)PEG60001reservoir
620 mMsodium citrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 288 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B
検出器タイプ: WEISSENBERG / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1996年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.8 Å / Num. obs: 9398 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 80.4
反射
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Num. measured all: 36943 / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 2.95 Å / % possible obs: 76.8 % / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.1精密化
WEISデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→8 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 948 12.5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs-7581 77.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.56 Å20 Å20 Å2
2--3.9 Å20 Å2
3----3.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数996 691 0 80 1767
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.42
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.78
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 86 13.1 %
Rwork0.257 569 -
obs--54.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM_NDBX.DNAETOP_NDBX.DNA
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 12.5 % / Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.23
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 28.4 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.78
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / % reflection Rfree: 13.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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