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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 196l | ||||||
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タイトル | THERMODYNAMIC AND STRUCTURAL COMPENSATION IN "SIZE-SWITCH" CORE-REPACKING VARIANTS OF T4 LYSOZYME | ||||||
![]() | LYSOZYME | ||||||
![]() | HYDROLASE (O-GLYCOSYL) / CAVITIES / CORE-PACKING / PROTEIN STABILITY | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Baldwin, E. / Xu, J. / Hajiseyedjavadi, O. / Matthews, B.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme. 著者: Baldwin, E. / Xu, J. / Hajiseyedjavadi, O. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #1: ![]() タイトル: The Role of Backbone Flexibility in the Accommodation of Variants that Repack the Core of T Lysozyme 著者: Baldwin, E.P. / Hajiseyedjavadi, O. / Baase, W.A. / Matthews, B.W. #2: ![]() タイトル: Control of Enzyme Activity by an Engineered Disulfide Bond 著者: Matsumura, M. / Matthews, B.W. #3: ![]() タイトル: Expression and Nitrogen-15 Labeling of Proteins for Proton and Nitrogen-15 Nuclear Magnetic Resonance 著者: Muchmore, D.C. / Mcintosh, L.P. / Russell, C.B. / Anderson, D.E. / Dahlquist, F.W. #4: ![]() タイトル: Structure of Bacteriophage T4 Lysozyme Refined at 1.7 Angstroms Resolution 著者: Weaver, L.H. / Matthews, B.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18688.480 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, C97A, A129M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato 解説: MUTANT GENE WAS DERIVED FROM SITE-DIRECTED MUTAGENESIS OF THE GENE FOR CYS-FREE WILDTYPE T4 LYSOZYME IN M13 USING THE METHOD OF KUNKEL AND THE VECTOR SYSTEM DESCRIBED IN REFERENCE 3 BELOW Variant: CYS-FREE WILDTYPE T4 / プラスミド: M13 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.7 / 詳細: pH 6.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: batch method | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: XUONG-HAMLIN MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | Rmerge(I) obs: 0.046 |
反射 | *PLUS % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.046 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / σ(F): 0 詳細: MUTANT SPACE GROUP, P 32 2 1, IS ISOMORPHOUS TO WILD TYPE. STARTING COORDINATES WERE BASED ON THE CYS-FREE WILD-TYPE MODEL.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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