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- PDB-190d: Crystal structure of a four-stranded intercalated DNA: d(C4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 190d
タイトルCrystal structure of a four-stranded intercalated DNA: d(C4)
要素DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
キーワードDNA / U-DNA / QUADRUPLE HELIX / PARALLEL-STRANDED TETRAPLEX / BASE INTERCALATED / MISMATCHED
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Chen, L. / Cai, L. / Zhang, X. / Rich, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Crystal structure of a four-stranded intercalated DNA: d(C4).
著者: Chen, L. / Cai, L. / Zhang, X. / Rich, A.
履歴
登録1994年9月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8948
ポリマ－8,8948
非ポリマー00
水82946
1
A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4474
ポリマ－4,4474
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')
H: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4474
ポリマ－4,4474
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint7.1 kcal/mol
Surface area1490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.300, 82.300, 82.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 1111.770 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3NA CACODYLATE11
4WATER12
5MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 5.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.7 mMd(C4)1drop
2100 mMsodium cacodylate1drop
320 %MPD1reservoir
41
51

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データ収集

回折Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 2
詳細: THIS IS THE FIRST X-RAY STRUCTURE OF THE INTERCALATED CYTOSINE QUADRUPLEX. THE PAPER CITED IN JRNL DESCRIBED THE D(C4) STRUCTURE REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION. THE AUTHORS HAVE EXTENDED ...詳細: THIS IS THE FIRST X-RAY STRUCTURE OF THE INTERCALATED CYTOSINE QUADRUPLEX. THE PAPER CITED IN JRNL DESCRIBED THE D(C4) STRUCTURE REFINED AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION. THE AUTHORS HAVE EXTENDED THE STRUCTURE DETERMINATION TO 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION AND THE COORDINATES DEPOSITED ARE THE FINAL 1.8 ANGSTROMS STRUCTURE WHICH IS BASICALLY THE SAME AS THAT AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION. THERE ARE 8 D(C4) STRANDS PER ASYMMETRIC UNIT WHICH FORM TWO TETRAMERS. THE FIRST TETRAMER IS NUMBERED FROM 1 TO 16, AND THE OTHER TETRAMER FROM 17 TO 32. THERE ARE 46 WATER MOLECULES FOUND AT 1.8 A RESOLUTION. ALL HYDROGEN ATOMS ARE INCLUDED FOR EASY REFERENCE ALTHOUGH THEY ARE NOT REFINED WITH X-RAY DATA. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY HEAVY ATOM PHASING. K2PTCL6 WAS SOAKED INTO THE CRYSTAL AND ONLY ONE PT SITE WAS FOUND WHICH WAS AT THE THREE-FOLD AXIS. SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT (SIR) PHASES AND SINGLE-WAVELENGTH ANOMALOUS SCATTERING (SAS) PHASES WERE IMPROVED BY SOLVENT FLATTENING. THE RESULTANT ELECTRON DENSITY MAP CLEARLY REVEALED THE INTERCALATED STRUCTURE FOR THE FIRST TIME.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.218 --
obs0.218 8177 95.1 %
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 952 0 138 1090
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Num. reflection obs: 4051 / Rfactor obs: 0.188 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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