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万見
- PDB-16vp: CONSERVED CORE OF THE HERPES SIMPLEX VIRUS TRANSCRIPTIONAL REGULA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 16vp
タイトルCONSERVED CORE OF THE HERPES SIMPLEX VIRUS TRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN VP16
要素PROTEIN (VP16, VMW65, ATIF)
キーワードTRANSCRIPTIONAL REGULATORY PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


replication compartment / regulation of viral transcription / DNA-templated viral transcription / viral tegument / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / core promoter sequence-specific DNA binding / molecular function activator activity / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding ...replication compartment / regulation of viral transcription / DNA-templated viral transcription / viral tegument / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / core promoter sequence-specific DNA binding / molecular function activator activity / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / host cell cytoplasm / structural constituent of virion / transcription coactivator activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / host cell nucleus / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Conserved core of transcriptional regulatory protein vp16 / Alpha trans-inducing (Alpha-TIF) / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Herpes simplex virus, Tegument protein VP16, C-terminal / Alpha trans-inducing (Alpha-TIF) superfamily / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Herpes simplex virus virion protein 16 C terminal / Alpha trans-inducing protein (Alpha-TIF) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Tegument protein VP16
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Liu, Y. / Gong, W. / Huang, C.C. / Herr, W. / Cheng, X.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the conserved core of the herpes simplex virus transcriptional regulatory protein VP16.
著者: Liu, Y. / Gong, W. / Huang, C.C. / Herr, W. / Cheng, X.
履歴
登録1999年2月11日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (VP16, VMW65, ATIF)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6723
ポリマ－41,4801
非ポリマー1922
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.500, 77.100, 84.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (VP16, VMW65, ATIF)


分子量: 41480.227 Da / 分子数: 1 / 断片: CONSERVED CORE / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
属: Simplexvirus / 株: STRAIN 17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06492
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 7

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化pH: 4 / 詳細: pH 4.0
結晶化
*PLUS
温度: 16 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %(w/v)PEG80001reservoir
250 mMpotassium phosphate1reservoir
310 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1
検出器検出器: RAXIS AND MAR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 21163 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 92.9
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.9 % / Num. unique obs: 1008

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASES位相決定
X-PLOR精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→7 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1427 7.3 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs-19677 92.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2458 0 10 170 2638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.19 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 173 7.6 %
Rwork0.255 2089 -
obs--86.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.3 % / Rfactor obs: 0.192 / Rfactor Rfree: 0.26
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 20 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg21.8
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / Rfactor Rfree: 0.32 / % reflection Rfree: 7.6 % / Rfactor Rwork: 0.255 / Num. reflection obs: 2262 / Rfactor obs: 0.255

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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