PDB-155c: THE STRUCTURE OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C550

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 155c

タイトル

THE STRUCTURE OF PARACOCCUS DENITRIFICANS CYTOCHROME C550

要素

CYTOCHROME C550

キーワード

ELECTRON TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paracoccus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Timkovich, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1976
タイトル: The structure of Paracoccus denitrificans cytochrome c550.
著者: Timkovich, R. / Dickerson, R.E.

履歴

登録	1976年8月1日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1976年8月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年6月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	155c.cif.gz	37.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb155c.ent.gz	21.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	155c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	155c_validation.pdf.gz	749.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	155c_full_validation.pdf.gz	797.4 KB	表示
XML形式データ	155c_validation.xml.gz	12.6 KB	表示
CIF形式データ	155c_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/55/155c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/55/155c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fit-d 6nv1-2 1kpf-d 1dly-d 6fan-4 6fan-3 2axx-d 2ios-d 6mpz-3 1axj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (4) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (4) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (3) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (3) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (4)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (4)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (4)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (3)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (3)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (3)

登録構造単位

A: CYTOCHROME C550

ヘテロ分子

14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.700, 82.170, 31.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

Atom site foot note

1: SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES 122 TO 134 ARE NOT INCLUDED BECAUSE THE SEQUENCE IN THIS REGION IS NOT DEFINITIVELY KNOWN. THE RESIDUES HAVE BEEN LABELLED AS UNK.

#1: タンパク質	CYTOCHROME C550 分子量: 14275.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア) 参照: UniProt: P00096
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
Has protein modification	Y
配列の詳細	SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES 122 TO 134 ARE NOT INCLUDED BECAUSE THE SEQUENCE IN THIS REGION IS ...SIDE CHAIN ATOMS FOR RESIDUES 122 TO 134 ARE NOT INCLUDED BECAUSE THE SEQUENCE IN THIS REGION IS NOT DEFINITIVELY KNOWN. THE RESIDUES HAVE BEEN LABELLED AS UNK.

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.55 %

-
データ収集

放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1

-
解析

精密化

最高解像度: 2.5 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 2.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	974	0	43	0	1017

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.5 Å

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)