PDB-133d: THE CRYSTAL STRUCTURE OF N4-METHYLCYTOSINE.GUANOSIN BASE-PAIRS IN...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 133d

タイトル

THE CRYSTAL STRUCTURE OF N4-METHYLCYTOSINE.GUANOSIN BASE-PAIRS IN THE SYNTHETIC HEXANUCLEOTIDE D(CGCGM(4)CG)

要素

DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*(C34)P*G)-3')

キーワード

DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Cervi, A.R. / Guy, A. / Leonard, G.A. / Teoule, R. / Hunter, W.N.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1993
タイトル: The crystal structure of N4-methylcytosine.guanosine base-pairs in the synthetic hexanucleotide d(CGCGm4CG).
著者: Cervi, A.R. / Guy, A. / Leonard, G.A. / Teoule, R. / Hunter, W.N.

履歴

登録	1993年7月29日	登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.0	1994年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月22日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	133d.cif.gz	16.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb133d.ent.gz	10.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	133d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	133d_validation.pdf.gz	375.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	133d_full_validation.pdf.gz	380.5 KB	表示
XML形式データ	133d_validation.xml.gz	4.2 KB	表示
CIF形式データ	133d_validation.cif.gz	5.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/33/133d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/33/133d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2htt-1 6aqt-3 3f8o-d 4e4o-1 1dn4-d 242d-d 1xam-1 4e2r-d 6aqx-2 6aqx-1 6aqw-2 4e4o-2 351d-d 3gda-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*(C34)P*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*GP*CP*GP*(C34)P*G)-3')

3.65 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	17.980, 30.770, 44.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPGPCPGP(C34)PG)-3') 分子量: 1824.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.51 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	WATER	1	1
2	MPD	1	1
3	NA CACODYLATE	1	1
4	MGCL2	1	1
5	SPERMINE_HCL	1	1
6	WATER	1	2
7	MPD	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 295 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200
検出器	タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER
放射	散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 2994
反射	PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F)*: 7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
NUCLSQ	精密化
X-PLOR	精密化

精密化

解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 /

	R_factor	反射数
obs	0.189	1495

Refine B_iso

クラス	Refine-ID	詳細	Treatment
ALL ATOMS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic
ALL WATERS	X-RAY DIFFRACTION	TR	isotropic

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	240	2	49	291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	n_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	n_planar_d
X-RAY DIFFRACTION	n_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_it
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_angle_it
X-RAY DIFFRACTION	n_bond_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_dihedral_angle_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_impr_tor
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_d	0.019
X-RAY DIFFRACTION	n_sugar_bond_angle_d	0.025
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_d	0.028
X-RAY DIFFRACTION	n_phos_bond_angle_d	0.029
X-RAY DIFFRACTION	n_plane_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	n_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTION	n_xhyhbond_nbd

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 1495 / σ(F): 1 / R_factor obs: 0.189

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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