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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 133d | ||||||||||||||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF N4-METHYLCYTOSINE.GUANOSIN BASE-PAIRS IN THE SYNTHETIC HEXANUCLEOTIDE D(CGCGM(4)CG) | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / Z-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 1.8 Å | データ登録者 | Cervi, A.R. / Guy, A. / Leonard, G.A. / Teoule, R. / Hunter, W.N. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 1993 | タイトル: The crystal structure of N4-methylcytosine.guanosine base-pairs in the synthetic hexanucleotide d(CGCGm4CG). 著者: Cervi, A.R. / Guy, A. / Leonard, G.A. / Teoule, R. / Hunter, W.N. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 133d.cif.gz | 16.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb133d.ent.gz | 10.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 133d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 133d_validation.pdf.gz | 375.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 133d_full_validation.pdf.gz | 380.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 133d_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 133d_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/33/133d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/33/133d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1824.232 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.00K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 |
検出器 | タイプ: RIGAKU AFC-5 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 2994 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / Observed criterion σ(F): 7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.8→8 Å / σ(F): 1 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→8 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 1495 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.189 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |