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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 121d | ||||||||||||||||||
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タイトル | MOLECULAR STRUCTURE OF THE A-TRACT DNA DODECAMER D(CGCAAATTTGCG) COMPLEXED WITH THE MINOR GROOVE BINDING DRUG NETROPSIN | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | NETROPSIN / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.2 Å | データ登録者 | Tabernero, L. / Verdaguer, N. / Coll, M. / Fita, I. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Aymami, J. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993 | タイトル: Molecular structure of the A-tract DNA dodecamer d(CGCAAATTTGCG) complexed with the minor groove binding drug netropsin. 著者: Tabernero, L. / Verdaguer, N. / Coll, M. / Fita, I. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Aymami, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 121d.cif.gz | 25.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb121d.ent.gz | 16.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 121d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 121d_validation.pdf.gz | 407.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 121d_full_validation.pdf.gz | 420 KB | 表示 | |
XML形式データ | 121d_validation.xml.gz | 3.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 121d_validation.cif.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/21/121d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/21/121d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | Ambient temp details: ROOM TEMPERATURE |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS CAD4 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 2348 / Observed criterion σ(F): 2 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 15 Å / Observed criterion σ(F): 2 / Num. measured all: 4097 |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.2→8 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.198 / Rfactor Rwork: 0.198 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d |