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- PDB-115d: ORDERED WATER STRUCTURE IN AN A-DNA OCTAMER AT 1.7 ANGSTROMS RESO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 115d
タイトルORDERED WATER STRUCTURE IN AN A-DNA OCTAMER AT 1.7 ANGSTROMS RESOLUTION
要素DNA (5'-D(*GP*GP*(BRU)P*AP*(BRU)P*AP*CP*C)-3')
キーワードDNA / A-DNA / DOUBLE HELIX / MODIFIED
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kennard, O. / Cruse, W.B.T. / Nachman, J. / Prange, T. / Shakked, Z. / Rabinovich, D.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1986
タイトル: Ordered water structure in an A-DNA octamer at 1.7 A resolution.
著者: Kennard, O. / Cruse, W.B. / Nachman, J. / Prange, T. / Shakked, Z. / Rabinovich, D.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Coexistence of A-and B-Form DNA in a Single Crystal Lattice
著者: Doucet, J. / Benoit, J.-P. / Cruse, W.B.T. / Prange, T. / Kennard, O.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Sequence-Dependent Conformation of an A-DNA Double Helix. The Crystal Structure of the Octamer d(G-G-T-A-T-A-C-C)
著者: Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Kennard, O. / Cruse, W.B.T. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A.
#3: ジャーナル: Proc.R.Soc.London,Ser.B / 年: 1981
タイトル: Crystalline A-DNA. The X-Ray Analysis of the Fragment d(G-G-T-A-T-A-C-C)
著者: Shakked, Z. / Rabinovich, D. / Cruse, W.B.T. / Egert, E. / Kennard, O. / Sala, G. / Salisbury, S.A. / Viswamitra, M.A.
履歴
登録1993年2月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*GP*(BRU)P*AP*(BRU)P*AP*CP*C)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*GP*(BRU)P*AP*(BRU)P*AP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1132
ポリマ－5,1132
非ポリマー00
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.084, 45.084, 41.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*(BRU)P*AP*(BRU)P*AP*CP*C)-3')


分子量: 2556.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: pH 7.00, VAPOR DIFFUSION
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1WATER11
2MPD11
3MG ACETATE11
4SPERMINE_HCL11
5WATER12
6MPD12
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
140 %MPD1drop
20.4 mMoligonucleotide1reservoir
30.28 mMMg acetate1reservoir
40.4 mMspermine hydrochloride1reservoir
515 %MPD1reservoir
61

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データ収集

回折
IDAmbient temp detailsCrystal-ID
1ROOM TEMPERATURE1
21
放射光源
由来サイトタイプID
SEALED TUBE1
シンクロトロンLURE LURE 2
検出器
タイプID検出器
ENRAF-NONIUS CAD41DIFFRACTOMETER
PHILLIPS2OSCILLATION CAMERA
放射
ID単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Mx-ray1
2Mx-ray2
放射波長
ID相対比
11
21
反射最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 4669 / Observed criterion σ(F): 2
反射
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 5833 / Observed criterion σ(F): 2 / Rmerge(I) obs: 0.097

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解析

ソフトウェア名称: NUCLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.7→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
obs0.14 4428
Refine Biso
クラスRefine-ID詳細Treatment
ALL ATOMSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
ALL WATERSX-RAY DIFFRACTIONTRisotropic
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 318 4 85 407
ソフトウェア
*PLUS
名称: NUCLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.14
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONn_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONn_angle_d

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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