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万見
- PDB-10fl: SK5G-Germline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 10fl
タイトルSK5G-Germline
要素
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
  • Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
  • Heavy chain
  • Light chain
キーワードSIGNALING PROTEIN/Immune System / NMDAR / antibody / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Activated NTRK2 signals through FYN / Synaptic adhesion-like molecules / propylene metabolic process / response to glycine / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / negative regulation of dendritic spine maintenance / neurotransmitter receptor complex / Neurexins and neuroligins ...glycine-gated cation channel activity / excitatory chemical synaptic transmission / Activated NTRK2 signals through FYN / Synaptic adhesion-like molecules / propylene metabolic process / response to glycine / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / negative regulation of dendritic spine maintenance / neurotransmitter receptor complex / Neurexins and neuroligins / regulation of monoatomic cation transmembrane transport / NMDA glutamate receptor activity / NMDA selective glutamate receptor complex / glutamate binding / glutamate receptor signaling pathway / ligand-gated sodium channel activity / calcium ion transmembrane import into cytosol / protein heterotetramerization / glycine binding / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / monoatomic cation transmembrane transport / Long-term potentiation / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / regulation of neuronal synaptic plasticity / monoatomic cation transport / ligand-gated monoatomic ion channel activity / synaptic cleft / calcium ion homeostasis / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / EPHB-mediated forward signaling / glutamate-gated calcium ion channel activity / excitatory synapse / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / sodium ion transmembrane transport / synaptic membrane / synaptic transmission, glutamatergic / excitatory postsynaptic potential / regulation of membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / brain development / visual learning / regulation of synaptic plasticity / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / terminal bouton / synaptic vesicle / late endosome / long-term synaptic potentiation / amyloid-beta binding / RAF/MAP kinase cascade / signaling receptor activity / dendritic spine / chemical synaptic transmission / cytoskeleton / response to ethanol / learning or memory / calmodulin binding / postsynaptic membrane / lysosome / neuron projection / postsynaptic density / calcium ion binding / synapse / dendrite / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : ...Glutamate [NMDA] receptor, epsilon subunit, C-terminal / N-methyl D-aspartate receptor 2B3 C-terminus / : / : / Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Kleeman, S.O. / Furukawa, H.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)MH085926 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Ectopic NMDAR expression in cancer unmasks germline-encoded autoimmunity.
著者: Sam O Kleeman / Kevin Michalski / Xiang Zhao / Ruben Steigerwald / Miriam Ferrer / Llewelyn Levett / Ethan Ertel / Austin Schultz / Noriko Simorowski / Pamela Moody / Tse-Luen Wee / Cristina ...著者: Sam O Kleeman / Kevin Michalski / Xiang Zhao / Ruben Steigerwald / Miriam Ferrer / Llewelyn Levett / Ethan Ertel / Austin Schultz / Noriko Simorowski / Pamela Moody / Tse-Luen Wee / Cristina Valente / Sharon Fox / Mateusz Makuch / Selina Thomsen / Ruby Harrison / Claire Regan / Jonathan Preall / Qing Gao / Dennis Thomas / Jill Habel / Rachel Rubino / Sarosh Irani / Hiro Furukawa / Tobias Janowitz /
要旨: Autoimmunity and anti-cancer immunity lie on the same biological continuum, but their link remains obscure. The paraneoplastic neurological syndrome ANRE (anti-NMDA receptor (NMDAR) encephalitis) is ...Autoimmunity and anti-cancer immunity lie on the same biological continuum, but their link remains obscure. The paraneoplastic neurological syndrome ANRE (anti-NMDA receptor (NMDAR) encephalitis) is a paradigm for their connectivity, given that intratumoural NMDAR expression is correlated with the generation of anti-NMDAR antibodies. Here we verify ectopic expression of GluN1 and GluN2B NMDAR subunits in triple-negative breast cancer (TNBC) and model this using orthotopic TNBC tumours with inducible expression of GluN1-GluN2B NMDARs. We show that NMDAR expression is sufficient to induce the recruitment of B cells and their affinity maturation, consistent with an integrated adaptive immune response. Reconstruction of extended intratumoural B cell phylogenies and cryogenic electron microscopy structural analyses demonstrate that affinity-matured hypermutated and class-switched antibodies emerged from pre-existing germline-configuration lower-affinity anti-NMDAR antibodies. Distinct matured antibodies targeted specific epitopes and induced conformational rearrangements within the NMDAR amino-terminal domain, predictive of their functional effects, ranging from inhibition to potentiation. Passive transfer of an NMDAR-potentiating antibody caused autonomic dysregulation and lowered the seizure threshold in healthy female mice, recapitulating key diagnostic criteria of ANRE. We further identify a correlation between intratumoural NMDAR expression and anti-NMDAR antibody titres in patients with TNBC. Taken together, our data establish a direct connection between intratumoural NMDAR expression, antibody maturation and the onset of autoimmunity. These findings suggest that germline-encoded anti-NMDAR antibodies contribute to immune surveillance but can also trigger autoimmune disease after maturation, revealing a mechanistic trade-off between cancer immunity and neurotoxicity.
履歴
登録2026年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年3月25日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年4月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12026年4月8日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
B: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
C: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
D: Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B
E: Light chain
F: Heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)401,1026
ポリマ－401,1026
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 / GluN1 / Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1 / N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 / NMD-R1 / hNR1


分子量: 94854.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIN1, NMDAR1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q05586
#2: タンパク質 Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2B / GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / ...GluN2B / Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-2 / N-methyl D-aspartate receptor subtype 2B / NMDAR2B / NR2B / N-methyl-D-aspartate receptor subunit 3 / NR3 / hNR3


分子量: 92885.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRIN2B, NMDAR2B / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13224
#3: 抗体 Light chain


分子量: 12440.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Ric15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Heavy chain


分子量: 13179.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): Ric15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SK5G-Germline IgG in complex with GluN1-GluN2B NMDAR protein
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 71.7 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 259879 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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