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- EMDB-9975: Cryo-EM Structure of the Mammalian Tactile Channel Piezo2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9975
タイトルCryo-EM Structure of the Mammalian Tactile Channel Piezo2
マップデータ
試料
  • 複合体: homo-trimer of Piezo2
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードPiezo / Mechanogating / Mechanotransduction channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mechanosensitive monoatomic cation channel activity / cuticular plate / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / mechanosensitive monoatomic ion channel activity / stereocilium / neuronal cell body membrane / monoatomic cation transport / response to mechanical stimulus / monoatomic cation channel activity / regulation of membrane potential / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Piezo family / Piezo non-specific cation channel, R-Ras-binding domain / Piezo domain / Piezo non-specific cation channel, cap domain / Piezo TM25-28 / Piezo1-like, transmembrane helical unit
類似検索 - ドメイン・相同性
Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wang L / Zhou H / Zhang M / Liu W / Deng T / Zhao Q / Li Y / Lei J / Li X / Xiao B
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31825014 中国
National Natural Science Foundation of China31570730 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanogating of the mammalian tactile channel PIEZO2.
著者: Li Wang / Heng Zhou / Mingmin Zhang / Wenhao Liu / Tuan Deng / Qiancheng Zhao / Yiran Li / Jianlin Lei / Xueming Li / Bailong Xiao /
要旨: PIEZO2 is a mechanosensitive cation channel that has a key role in sensing touch, tactile pain, breathing and blood pressure. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of mouse PIEZO2, ...PIEZO2 is a mechanosensitive cation channel that has a key role in sensing touch, tactile pain, breathing and blood pressure. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of mouse PIEZO2, which is a three-bladed, propeller-like trimer that comprises 114 transmembrane helices (38 per protomer). Transmembrane helices 1-36 (TM1-36) are folded into nine tandem units of four transmembrane helices each to form the unusual non-planar blades. The three blades are collectively curved into a nano-dome of 28-nm diameter and 10-nm depth, with an extracellular cap-like structure embedded in the centre and a 9-nm-long intracellular beam connecting to the central pore. TM38 and the C-terminal domain are surrounded by the anchor domain and TM37, and enclose the central pore with both transmembrane and cytoplasmic constriction sites. Structural comparison between PIEZO2 and its homologue PIEZO1 reveals that the transmembrane constriction site might act as a transmembrane gate that is controlled by the cap domain. Together, our studies provide insights into the structure and mechanogating mechanism of Piezo channels.
履歴
登録2019年7月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2019年9月4日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kg7
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9975.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9975.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.4 Å/pix.
x 320 pix.
= 448.32 Å		1.4 Å/pix.
x 320 pix.
= 448.32 Å		1.4 Å/pix.
x 320 pix.
= 448.32 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.401 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.69 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-19.493393000000001 - 49.744247000000001
平均 (標準偏差)0.077683754 (±1.3674089)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 448.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4011.4011.401
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z448.320448.320448.320
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-19.49349.7440.078

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : homo-trimer of Piezo2

全体名称: homo-trimer of Piezo2
要素
  • 複合体: homo-trimer of Piezo2
    • タンパク質・ペプチド: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: homo-trimer of Piezo2

超分子名称: homo-trimer of Piezo2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2

分子名称: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 325.984844 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASEVVCGLI FRLLLPICLA VACAFRYNGL SFVYLIYLLL IPLFSEPTKA TMQGHTGRLL QSLCITSLSF LLLHIIFHIT LASLEAQHR ITPAYNCSTW EKTFRQIGFE SLKGADAGNG IRVFVPDIGM FIASLTIWLV CRTIVKKPDT EEIAQLNSEC E NEELAGGE ...文字列:
MASEVVCGLI FRLLLPICLA VACAFRYNGL SFVYLIYLLL IPLFSEPTKA TMQGHTGRLL QSLCITSLSF LLLHIIFHIT LASLEAQHR ITPAYNCSTW EKTFRQIGFE SLKGADAGNG IRVFVPDIGM FIASLTIWLV CRTIVKKPDT EEIAQLNSEC E NEELAGGE KMDSEEALIY EEDLDGEEGM EGELEESTKL KILRRFASVA SKLKEFIGNM ITTAGKVVVT ILLGSSGMML PS LTSAVYF FVFLGLCTWW SWCRTFDPLL FGCLCVLLAI FTAGHLIGLY LYQFQFFQEA VPPNDYYARL FGIKSVIQTD CAS TWKIIV NPDLSWYHHA NPILLLVMYY TLATLIRIWL QEPLVQEEMA KEDEGALDCS SNQNTAERRR SLWYATQYPT DERK LLSMT QDDYKPSDGL LVTVNGNPVD YHTIHPSLPI ENGPAKTDLY TTPQYRWEPS EESSEKKEEE EDKREDSEGE GSQEE KRSV RMHAMVAVFQ FIMKQSYICA LIAMMAWSIT YHSWLTFVLL IWSCTLWMIR NRRKYAMISS PFMVVYANLL LVLQYI WSF ELPEIKKVPG FLEKKEPGEL ASKILFTITF WLLLRQHLTE QKALREKEAL LSEVKIGSQE LEEKEDEELQ DVQVEGE PT EKEEEEEEEI KEERHEVKKE EEEEVEEDDD QDIMKVLGNL VVALFIKYWI YVCGGMFFFV SFEGKIVMYK IIYMVLFL F CVALYQVHYE WWRKILKYFW MSVVIYTMLV LIFIYTYQFE NFPGLWQNMT GLKKEKLEDL GLKQFTVAEL FTRIFIPTS FLLVCILHLH YFHDRFLELT DLKSIPSKED NTIYSHAKVN GRVYLIINRL AHPEGSLPDL AIMNMTASLD KPEVQKLAES GEERPEECV KKTEKGEAGK DSDESEEEED EEEESEEEES SDLRNKWHLV IDRLTVLFLK FLEYFHKLQV FMWWILELHI I KIVSSYII WVTVKEVSLF NYVFLISWAF ALPYAKLRRA ASSVCTVWTC VIIVCKMLYQ LQTIKPENFS VNCSLPNENQ TN IPLHELN KSLLYSAPVD PTEWVGLRKS SPLLVYLRNN LLMLAILAFE VTVYRHQEYY RGRNNLTAPV SKTIFHDITR LHL DDGLIN CAKYFVNYFF YKFGLETCFL MSVNVIGQRM DFYAMIHACW LIGVLYRRRR KAIAEVWPKY CCFLACIITF QYFV CIGIP PAPCRDYPWR FKGAYFNDNI IKWLYFPDFI VRPNPVFLVY DFMLLLCASL QRQIFEDENK AAVRIMAGDN VEICM NLDA ASFSQHNPVP DFIHCRSYLD MSKVIIFSYL FWFVLTIIFI TGTTRISIFC MGYLVACFYF LLFGGDLLLK PIKSIL RYW DWLIAYNVFV ITMKNILSIG ACGYIGALVR NSCWLIQAFS LACTVKGYQM PEDDSRCKLP SGEAGIIWDS ICFAFLL LQ RRVFMSYYFL HVVADIKASQ ILASRGAELF QATIVKAVKA RIEEEKKSMD QLKRQMDRIK ARQQKYKKGK ERMLSLTQ E SGEGQDIQKV SEEDDEREAD KQKAKGKKKQ WWRPWVDHAS MVRSGDYYLF ETDSEEEEEE ELKKEDEEPP RKSAFQFVY QAWITDPKTA LRQRRKEKKK LAREEQKERR KGSGDGPVEW EDREDEPVKK KSDGPDNIIK RIFNILKFTW VLFLATVDSF TTWLNSISR EHIDISTVLR IERCMLTREI KKGNVPTRES IHMYYQNHIM NLSRESGLDT IDEHSGAGSR AQAAHRMDSL D SRDSISSC YTEATLLISR QSTLDDLDGQ DPVPKTSERA RPRLRKMFSL DMSSSSADSG SVASSEPTQC TMLYSRQGTT ET IEEVEAE AEEEVVEGLE PELHDAEEKE YAAEYEAGVE EISLTPDEEL PQFSTDDCEA PPSYSKAVSF EHLSFASQDD SGA KNHMVV SPDDSRTDKL ESSILPPLTH ELTASDLLMS KMFHDDELEE SEKFYVDQPR FLLLFYAMYN TLVARSEMVC YFVI ILNHM TSASIITLLL PILIFLWAML SVPRPSRRFW MMAIVYTEVA IVVKYFFQFG FFPWNKDLEI YKERPYFPPN IIGVE KKEG YVLYDLIQLL ALFFHRSILK CHGLWDEDDI VDSNTDKEGS DDELSLDQGR RGSSDSLKSI NLAASVESVH VTFPEQ PAA IRRKRSCSSS QISPRSSFSS NRSKRGSTST RNSSQKGSSV LSLKQKSKRE LYMEKLQEHL IKAKAFTIKK TLQIYVP IR QFFYDLIHPD YSAVTDVYVL MFLADTVDFI IIVFGFWAFG KHSAAADITS SLSEDQVPGP FLVMVLIQFG TMVVDRAL Y LRKTVLGKVI FQVILVFGIH FWMFFILPGV TERKFSQNLV AQLWYFVKCV YFGLSAYQIR CGYPTRVLGN FLTKSYNYV NLFLFQGFRL VPFLTELRAV MDWVWTDTTL SLSSWICVED IYAHIFILKC WRESEKRYPQ PRGQKKKKAV KYGMGGMIIV LLICIVWFP LLFMSLIKSV AGVINQPLDV SVTITLGGYQ PIFTMSAQQS QLKVMDNSKY NEFLKSFGPN SGAMQFLENY E REDVTVAE LEGNSNSLWT ISPPSKQKMI QELTDPNSCF SVVFSWSIQR NMTLGAKAEI ATDKLSFPLA VATRNSIAKM IA GNDTESS NTPVTIEKIY PYYVKAPSDS NSKPIKQLLS ENNFMNITII LFRDNVTKSN SEWWVLNLTG SRIFNQGSQA LEL VVFNDK VSPPSLGFLA GYGIMGLYAS VVLVIGKFVR EFFSGISHSI MFEELPNVDR ILKLCTDIFL VRETGELELE EDLY AKLIF LYRSPETMIK WTREKTN

UniProtKB: Piezo-type mechanosensitive ion channel component 2

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6865

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 2721959
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6kg7:
Cryo-EM Structure of the Mammalian Tactile Channel Piezo2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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