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万見
- EMDB-9945: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/M... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9945
タイトルIntact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
マップデータ
試料
  • 複合体: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uniporter protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Essential MCU regulator, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
キーワードion channel / mitochondrial Ca2+ uptake / MCU / MICU / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis ...negative regulation of mitochondrial calcium ion concentration / regulation of cellular hyperosmotic salinity response / uniporter activity / Processing of SMDT1 / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / uniplex complex / Mitochondrial calcium ion transport / calcium import into the mitochondrion / positive regulation of mitochondrial calcium ion concentration / mitochondrial calcium ion homeostasis / calcium ion import / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of mitochondrial fission / Mitochondrial protein degradation / calcium channel complex / mitochondrial membrane / calcium-mediated signaling / calcium channel activity / protein homooligomerization / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial intermembrane space / defense response / protein complex oligomerization / glucose homeostasis / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / protein heterodimerization activity / calcium ion binding / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site ...Essential MCU regulator, mitochondrial / Putative mitochondrial precursor protein / Calcium uptake protein 1/2/3 / Calcium uniporter protein, C-terminal / MCU family / Mitochondrial calcium uniporter / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium uptake protein 2, mitochondrial / Calcium uniporter protein, mitochondrial / Calcium uptake protein 1, mitochondrial / Essential MCU regulator, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zhuo W / Zhou H
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)21532004 中国
National Science Foundation (NSF, China)31570733 中国
National Science Foundation (NSF, China)31900857 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2021
タイトル: Structure of intact human MCU supercomplex with the auxiliary MICU subunits.
著者: Wei Zhuo / Heng Zhou / Runyu Guo / Jingbo Yi / Laixing Zhang / Lei Yu / Yinqiang Sui / Wenwen Zeng / Peiyi Wang / Maojun Yang /
履歴
登録2019年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月9日-
マップ公開2020年9月9日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k7y
  • 表面レベル: 12
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9945.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9945.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.76 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.76 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.0 / ムービー #1: 12
最小 - 最大-39.141677999999999 - 78.091064000000003
平均 (標準偏差)0.10311705 (±1.8371305)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 392.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.760392.760392.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-39.14278.0910.103

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/M...

全体名称: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
要素
  • 複合体: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uniporter protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Essential MCU regulator, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Calcium uptake protein 2, mitochondrial
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL

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超分子 #1: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/M...

超分子名称: Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Calcium uniporter protein, mitochondrial

分子名称: Calcium uniporter protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.300203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DDVTVVYQNG LPVISVRLPS RRERCQFTLK PISDSVGVFL RQLQEEDRGI DRVAIYSPDG VRVAASTGID LLLLDDFKLV INDLTYHVR PPKRDLLSHE NAATLNDVKT LVQQLYTTLC IEQHQLNKER ELIERLEDLK EQLAPLEKVR IEISRKAEKR T TLVLWGGL ...文字列:
DDVTVVYQNG LPVISVRLPS RRERCQFTLK PISDSVGVFL RQLQEEDRGI DRVAIYSPDG VRVAASTGID LLLLDDFKLV INDLTYHVR PPKRDLLSHE NAATLNDVKT LVQQLYTTLC IEQHQLNKER ELIERLEDLK EQLAPLEKVR IEISRKAEKR T TLVLWGGL AYMATQFGIL ARLTWWEYSW DIMEPVTYFI TYGSAMAMYA YFVMTRQEYV YPEARDRQYL LFFHKGAKKS RF DLEKYNQ LKDAIAQAEM DLKRLRDPLQ VHLPLRQIG

UniProtKB: Calcium uniporter protein, mitochondrial

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分子 #2: Essential MCU regulator, mitochondrial

分子名称: Essential MCU regulator, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 5.993192 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VIVTRSGAIL PKPVKMSFGL LRVFSIVIPF LYVGTLISKN FAALLEEHDI FVPE

UniProtKB: Essential MCU regulator, mitochondrial

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分子 #3: Calcium uptake protein 1, mitochondrial

分子名称: Calcium uptake protein 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 54.432258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFRLNSLSAL AELAVGSRWY HGGSQPIQIR RRLMMVAFLG ASAVTASTGL LWKRAHAESP PCVDNLKSDI GDKGKNKDEG DVCNHEKKT ADLAPHPEEK KKKRSGFRDR KVMEYENRIR AYSTPDKIFR YFATLKVISE PGEAEVFMTP EDFVRSITPN E KQPEHLGL ...文字列:
MFRLNSLSAL AELAVGSRWY HGGSQPIQIR RRLMMVAFLG ASAVTASTGL LWKRAHAESP PCVDNLKSDI GDKGKNKDEG DVCNHEKKT ADLAPHPEEK KKKRSGFRDR KVMEYENRIR AYSTPDKIFR YFATLKVISE PGEAEVFMTP EDFVRSITPN E KQPEHLGL DQYIIKRFDG KKISQEREKF ADEGSIFYTL GECGLISFSD YIFLTTVLST PQRNFEIAFK MFDLNGDGEV DM EEFEQVQ SIIRSQTSMG MRHRDRPTTG NTLKSGLCSA LTTYFFGADL KGKLTIKNFL EFQRKLQHDV LKLEFERHDP VDG RITERQ FGGMLLAYSG VQSKKLTAMQ RQLKKHFKEG KGLTFQEVEN FFTFLKNIND VDTALSFYHM AGASLDKVTM QQVA RTVAK VELSDHVCDV VFALFDCDGN GELSNKEFVS IMKQRLMRGL EKPKDMGFTR LMQAMWKCAQ ETAWDFALPK Q

UniProtKB: Calcium uptake protein 1, mitochondrial

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分子 #4: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

分子名称: Calcium uptake protein 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.852695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: PSLRKQRFMQ FSSLEHEGEY YMTPRDFLFS VMFEQMERKT SVKKLTKKDI EDTLSGIQTA GCGSTFFRDL GDKGLISYTE YLFLLTILT KPHSGFHVAF KMLDTDGNEM IEKREFFKLQ KIISKQDDLM TVKTNETGYQ EAIVKEPEIN TTLQMRFFGK R GQRKLHYK ...文字列:
PSLRKQRFMQ FSSLEHEGEY YMTPRDFLFS VMFEQMERKT SVKKLTKKDI EDTLSGIQTA GCGSTFFRDL GDKGLISYTE YLFLLTILT KPHSGFHVAF KMLDTDGNEM IEKREFFKLQ KIISKQDDLM TVKTNETGYQ EAIVKEPEIN TTLQMRFFGK R GQRKLHYK EFRRFMENLQ TEIQEMEFLQ FSKGLSFMRK EDFAEWLLFF TNTENKDIYW KNVREKLSAG ESISLDEFKS FC HFTTHLE DFAIAMQMFS LAHRPVRLAE FKRAVKVATG QELSNNILDT VFKIFDLDGD ECLSHEEFLG VLKNRMHRGL WVP QHQSIQ EYWKCVKKES

UniProtKB: Calcium uptake protein 2, mitochondrial

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分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #6: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

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分子 #7: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,...

分子名称: (9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 16 / 式: PLX
分子量理論値: 767.132 Da
Chemical component information

ChemComp-PLX:
(9R,11S)-9-({[(1S)-1-HYDROXYHEXADECYL]OXY}METHYL)-2,2-DIMETHYL-5,7,10-TRIOXA-2LAMBDA~5~-AZA-6LAMBDA~5~-PHOSPHAOCTACOSANE-6,6,11-TRIOL / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

9944

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 91728
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6k7x

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

4nsc

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6agh

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6k7y:
Intact human mitochondrial calcium uniporter complex with MICU1/MICU2 subunits

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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