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万見
- EMDB-9912: cryo-EM structure of alpha2BAR-Gi1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9912
タイトルcryo-EM structure of alpha2BAR-Gi1 complex
マップデータalpha2BAR-Gi1 complex
試料
  • 複合体: alpha2BAR-Gi1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic receptor,Alpha-2B adrenergic receptor
    • タンパク質・ペプチド: scFv
  • リガンド: 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole
キーワードGPCR / Complex / cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the phototransduction cascade / Olfactory Signaling Pathway / negative regulation of uterine smooth muscle contraction / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor ...Activation of the phototransduction cascade / Olfactory Signaling Pathway / negative regulation of uterine smooth muscle contraction / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / adenylate cyclase-inhibiting adrenergic receptor signaling pathway / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G alpha (z) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / G beta:gamma signalling through CDC42 / alpha-2C adrenergic receptor binding / epinephrine binding / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / phospholipase C-activating adrenergic receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / G beta:gamma signalling through BTK / Adenylate cyclase inhibitory pathway / Thromboxane signalling through TP receptor / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / alpha-1B adrenergic receptor binding / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / negative regulation of norepinephrine secretion / G-protein activation / G alpha (s) signalling events / negative regulation of epinephrine secretion / Ca2+ pathway / G alpha (12/13) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (q) signalling events / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GPER1 signaling / regulation of vascular associated smooth muscle contraction / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / heterotrimeric G-protein binding / G alpha (i) signalling events / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / positive regulation of blood pressure / Surfactant metabolism / positive regulation of potassium ion transport / dopaminergic synapse / thermoception / fear response / thioesterase binding / negative regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / norepinephrine binding / Adrenoceptors / response to alcohol / intestinal absorption / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / response to morphine / positive regulation of wound healing / adrenergic receptor signaling pathway / spectrin binding / G alpha (i) signalling events / alkylglycerophosphoethanolamine phosphodiesterase activity / negative regulation of calcium ion transport / phototransduction, visible light / photoreceptor outer segment / regulation of vasoconstriction / negative regulation of lipid catabolic process / viral release from host cell by cytolysis / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of protein localization to cell cortex / Rho protein signal transduction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / presynaptic active zone membrane / axon terminus / peptidoglycan catabolic process / cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of neuron differentiation / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of cytokine production / female pregnancy / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / postsynaptic density membrane / GABA-ergic synapse / platelet activation / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / vasodilation
類似検索 - 分子機能
Alpha 2B adrenoceptor / Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I ...Alpha 2B adrenoceptor / Alpha 2A adrenoceptor / Adrenoceptor family / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / G-protein alpha subunit, group I / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Endolysin / Alpha-2A adrenergic receptor / Alpha-2B adrenergic receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Spodoptera (蝶・蛾) / Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Yuan D / Liu Z
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020
タイトル: Activation of the α adrenoceptor by the sedative sympatholytic dexmedetomidine.
著者: Daopeng Yuan / Zhongmin Liu / Jonas Kaindl / Shoji Maeda / Jiawei Zhao / Xiaoou Sun / Jun Xu / Peter Gmeiner / Hong-Wei Wang / Brian K Kobilka /
要旨: The α adrenergic receptors (αARs) are G protein-coupled receptors (GPCRs) that respond to adrenaline and noradrenaline and couple to the Gi/o family of G proteins. αARs play important roles in ...The α adrenergic receptors (αARs) are G protein-coupled receptors (GPCRs) that respond to adrenaline and noradrenaline and couple to the Gi/o family of G proteins. αARs play important roles in regulating the sympathetic nervous system. Dexmedetomidine is a highly selective αAR agonist used in post-operative patients as an anxiety-reducing, sedative medicine that decreases the requirement for opioids. As is typical for selective αAR agonists, dexmedetomidine consists of an imidazole ring and a substituted benzene moiety lacking polar groups, which is in contrast to βAR-selective agonists, which share an ethanolamine group and an aromatic system with polar, hydrogen-bonding substituents. To better understand the structural basis for the selectivity and efficacy of adrenergic agonists, we determined the structure of the αAR in complex with dexmedetomidine and Go at a resolution of 2.9 Å by single-particle cryo-EM. The structure reveals the mechanism of αAR-selective activation and provides insights into Gi/o coupling specificity.
履歴
登録2019年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月15日-
マップ公開2020年4月15日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.131
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.131
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6k42
  • 表面レベル: 0.131
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9912.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9912.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈alpha2BAR-Gi1 complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 240 pix.
= 336.24 Å		1.4 Å/pix.
x 240 pix.
= 336.24 Å		1.4 Å/pix.
x 240 pix.
= 336.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.401 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.131 / ムービー #1: 0.131
最小 - 最大-0.5579599 - 0.7024254
平均 (標準偏差)0.00024739938 (±0.009728292)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 336.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.4011.4011.401
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.240336.240336.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ636181
NX/NY/NZ13113592
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.5580.7020.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : alpha2BAR-Gi1 complex

全体名称: alpha2BAR-Gi1 complex
要素
  • 複合体: alpha2BAR-Gi1 complex
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic receptor,Alpha-2B adrenergic receptor
    • タンパク質・ペプチド: scFv
  • リガンド: 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole

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超分子 #1: alpha2BAR-Gi1 complex

超分子名称: alpha2BAR-Gi1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 40.415031 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 38.530992 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: HHHHHHGSSG QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
HHHHHHGSSG QSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic recept...

分子名称: Alpha-2A adrenergic receptor,Endolysin,Alpha-2B adrenergic receptor,Alpha-2B adrenergic receptor
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: lysozyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58.156211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: DDDDAHHHHH HMGSLQPDAG NASWNGTEAP GGGARATPEN LYFQGNIFEM LRIDEGLRLK IYKDTEGYYT IGIGHLLTKS PSLNAAKSE LDKAIGRNTN GVITKDEAEK LFNQDVDAAV RGILRNAKLK PVYDSLDAVR RAALINMVFQ MGETGVAGFT N SLRMLQQK ...文字列:
DDDDAHHHHH HMGSLQPDAG NASWNGTEAP GGGARATPEN LYFQGNIFEM LRIDEGLRLK IYKDTEGYYT IGIGHLLTKS PSLNAAKSE LDKAIGRNTN GVITKDEAEK LFNQDVDAAV RGILRNAKLK PVYDSLDAVR RAALINMVFQ MGETGVAGFT N SLRMLQQK RWDEAAVNLA KSRWYNQTPN RAKRVITTFR TGTWDAYYSV QATAAIAAAI TFLILFTIFG NALVILAVLT SR SLRAPQN LFLVSLAAAD ILVATLIIPF SLANELLGYW YFRRTWCEVY LALDVLFCTS SIVHLCAISL DRYWAVSRAL EYN SKRTPR RIKCIILTVW LIAAVISLPP LIYKGDQGPQ PRGRPQCKLN QEAWYILASS IGSFFAPCLI MILVYLRIYL IAKR SNRRG PRAKGGPGQG EQWWRRRAQL TREKRFTFVL AVVIGVFVLC WFPFFFSYSL GAICPKHCKV PHGLFQFFFW IGYCN SSLN PVIYTIFNQD FRRAFRRILC RPWTQTAW

UniProtKB: Alpha-2A adrenergic receptor, Endolysin, Alpha-2B adrenergic receptor, Alpha-2B adrenergic receptor

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分子 #5: scFv

分子名称: scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.898781 KDa
組換発現生物種: Spodoptera (蝶・蛾)
配列文字列: MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFADV QLVESGGGLV QPGGSRKLSC SASGFAFSSF GMHWVRQAPE KGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSEDT AMYYCVRSIY YYGSSPFDFW GQGTTLTVSS G GGGSGGGG ...文字列:
MLLVNQSHQG FNKEHTSKMV SAIVLYVLLA AAAHSAFADV QLVESGGGLV QPGGSRKLSC SASGFAFSSF GMHWVRQAPE KGLEWVAYI SSGSGTIYYA DTVKGRFTIS RDDPKNTLFL QMTSLRSEDT AMYYCVRSIY YYGSSPFDFW GQGTTLTVSS G GGGSGGGG SGGGGSDIVM TQATSSVPVT PGESVSISCR SSKSLLHSNG NTYLYWFLQR PGQSPQLLIY RMSNLASGVP DR FSGSGSG TAFTLTISRL EAEDVGVYYC MQHLEYPLTF GAGTKLELKG SLEVLFQGPA AAHHHHHHHH

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分子 #6: 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole

分子名称: 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CZX
分子量理論値: 200.28 Da
Chemical component information

ChemComp-CZX:
4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 235982
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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