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- EMDB-9786: Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9786
タイトルCryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7
マップデータ
試料
  • 複合体: Xoo transcription elongation complex with P7(P7-TEC)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: 45L
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRNA polymerase / transcription termination / anti-termination / RNAP clamp / phage / transcription initiation / P7 / Xanthomonos oryzae / Xp10 / transcription
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase ...DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase activity / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Xanthomonas phage Xp10 Transcription regulator P7 / : / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain ...: / Xanthomonas phage Xp10 Transcription regulator P7 / : / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNA polymerase inhibitor p7
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae (バクテリア) / Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア) / Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 (バクテリア) / Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア) / Xanthomonas virus Xp10 (ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者You LL / Zhang Y
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31822001 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for transcription antitermination at bacterial intrinsic terminator.
著者: Linlin You / Jing Shi / Liqiang Shen / Lingting Li / Chengli Fang / Chengzhi Yu / Wenbo Cheng / Yu Feng / Yu Zhang /
要旨: Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein- ...Bacteriophages typically hijack the host bacterial transcriptional machinery to regulate their own gene expression and that of the host bacteria. The structural basis for bacteriophage protein-mediated transcription regulation-in particular transcription antitermination-is largely unknown. Here we report the 3.4 Å and 4.0 Å cryo-EM structures of two bacterial transcription elongation complexes (P7-NusA-TEC and P7-TEC) comprising the bacteriophage protein P7, a master host-transcription regulator encoded by bacteriophage Xp10 of the rice pathogen Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (Xoo) and discuss the mechanisms by which P7 modulates the host bacterial RNAP. The structures together with biochemical evidence demonstrate that P7 prevents transcription termination by plugging up the RNAP RNA-exit channel and impeding RNA-hairpin formation at the intrinsic terminator. Moreover, P7 inhibits transcription initiation by restraining RNAP-clamp motions. Our study reveals the structural basis for transcription antitermination by phage proteins and provides insights into bacterial transcription regulation.
履歴
登録2019年1月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年7月17日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6j9f
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9786.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9786.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å		1.01 Å/pix.
x 300 pix.
= 304.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.014 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.013 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.049584664 - 0.084427685
平均 (標準偏差)0.00017693116 (±0.0021583955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 304.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0141.0141.014
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.200304.200304.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0500.0840.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_9786_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_9786_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Xoo transcription elongation complex with P7(P7-TEC)

全体名称: Xoo transcription elongation complex with P7(P7-TEC)
要素
  • 複合体: Xoo transcription elongation complex with P7(P7-TEC)
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
    • DNA: DNA (29-MER)
    • DNA: DNA (29-MER)
    • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')
    • タンパク質・ペプチド: 45L
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Xoo transcription elongation complex with P7(P7-TEC)

超分子名称: Xoo transcription elongation complex with P7(P7-TEC)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8
由来(天然)生物種: Xanthomonas oryzae (バクテリア) / 株: PXO99A
分子量理論値: 427 KDa

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア)
分子量理論値: 38.030168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SQDPMTVTAN QVLRPRGPQI ERLTDNRAKV VIEPLERGYG HTLGNALRRV LLSSIPGFAI TEVEIDGVLH EYTTVEGLQ EDVLDVLLNL KDVAIRMHSG DSATLSLSKQ GPGTVTAADI RTDHNVEIIN GDHVICHLTK DTALNMRLKI E RGFGYQPA ...文字列:
MGSSHHHHHH SQDPMTVTAN QVLRPRGPQI ERLTDNRAKV VIEPLERGYG HTLGNALRRV LLSSIPGFAI TEVEIDGVLH EYTTVEGLQ EDVLDVLLNL KDVAIRMHSG DSATLSLSKQ GPGTVTAADI RTDHNVEIIN GDHVICHLTK DTALNMRLKI E RGFGYQPA AARRRPDEET RTIGRLMLDA SFSPVRRVAY AVEAARVEQR TDLDKLVIDI ETNGTIDAEE AVRTAADILS DQ LSVFGDF THRDRGAAKP AASGVDPVLL RPIDDLELTV RSANCLKAES IYYIGDLIQK TEVELLKTPN LGKKSLTEIK EVL AQRGLA LGMKLENWPP AGVAQHGMLG

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 (バクテリア)
株: MAFF 311018
分子量理論値: 154.471719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MTSYSFTEKK RIRKDFGKQR SILEVPFLLA IQVDSYREFL QEDVESTKRK DLGLHAALKS VFPISSYSGN AALEYVGYKL GQPVFDERE CRQRGMSYGA PLRVTVRLVI YDRESSTKAI KYVKEQEVYL GEIPLMTGNG TFIVNGTERV IVSQLHRSPG V FFDHDRGK ...文字列:
MTSYSFTEKK RIRKDFGKQR SILEVPFLLA IQVDSYREFL QEDVESTKRK DLGLHAALKS VFPISSYSGN AALEYVGYKL GQPVFDERE CRQRGMSYGA PLRVTVRLVI YDRESSTKAI KYVKEQEVYL GEIPLMTGNG TFIVNGTERV IVSQLHRSPG V FFDHDRGK THSSGKLLYS ARIIPYRGSW LDFEFDPKDA LFTRIDRRRK LPVSILLRAL GYNNEEMLAE FFEINTFHIN PD EGVQLEL VPERLRGETL NFDLADGDKV IVEAGKRITA RHVKQLEAAG VAALAVPDDY LVGRILSHDV VDGSTGELLA NAN DEISED QLTAFRKAGV DAVGTLWVND LDRGPYLSNT LRIDPTKTQL EALVEIYRMM RPGEPPTKEA AQNLFHNLFF TFER YDLST VGRMKFNRRV GRKDVLGESV LYDKKYFAER NDEESKRLVA EHTDTSDILE VIKVLTEIRN GRGVVDDIDH LGNRR VRSV GEMAENVFRV GLVRVERAVK ERLSMAESEG LTPQELINAK PVAAAIKEFF GSSQLSQFMD QNNPLSEVTH KRRVSA LGP GGLTRERAGF EVRDVHPTHY GRVCTIETPE GPNIGLINSL AVFARTNQYG FLETPYRKVL DGKVSDDVEY LSAIEEN EY VIAQANALTD AKNMLTEQFV PCRFQGESLL KPPSEVHFMD VSPMQTVSVA AALVPFLEHD DANRALMGAN MQRQAVPT L RSQKPLVGTG IERAVARDSG VTVNALRGGV IEQIDAARIV VKVNEAEIGG GTDAGVDIYN LIKYTRSNQN TCINQRPLV NVGDVIARGD VLADGPSTDI GELALGQNML IAFMPWNGYN FEDSILLSER VVEEDRYTTI HIEELTCVAR DTKLGPEEIS ADIPNVSEQ ALNRLDESGV VYIGAEVRAG DIMVGKVTPK GESQLTPEEK LLRAIFGEKA SDVKDSSLRV PPGMDGTVID V QVFTRDGI EKDKRARQIE ENEIKRVKKD FDDQFRILEA AIYARLRSQI VGKVANGGAN LKKGDSVTDA YLDGLKKSDW FQ LRMKDED AADAIERAQK QIQAHEKEFE ARFADKRGKI TQGDDLAPGV LKMVKVFLAV KRRIQPGDKM AGRHGNKGVV SNV VPVEDM PYMATGESVD IVLNPLGVPS RMNIGQILEV HLGWAAKGLG RKIQRMLEAQ AAVSELRKFL DDIYNHDNAI NAQR VDLSQ FSDEELLNLG KNLIDGVPMA TPVFDGASEA EIKRMLELAD LPQSGQTQLY DGRTGEAFDR KTTVGYMHYL KLNHL VDDK MHARSTGPYS LVTQQPLGGK AQFGGQRFGE MEVWALEAYG AAYTLQEMLT VKSDDVQGRN QMYKNIVDGE HEMVAG MPE SFNVLVKEIR SLAIHMELEE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

+
分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A (バクテリア)
分子量理論値: 155.444609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MKDLLNLFNQ QRQTLDFDAI KIALASPDLI RSWSYGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAA IFGPIKDYEC LCGKYKRMKH RGVVCEKCG TEVTLAKVRR ERMGHIDLAS PVAHIWFLKS LPSRIGLMLD MTLRDIERVL YFEAYVVTEP GLTPLERRQL L TEEQYLTA ...文字列:
MKDLLNLFNQ QRQTLDFDAI KIALASPDLI RSWSYGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAA IFGPIKDYEC LCGKYKRMKH RGVVCEKCG TEVTLAKVRR ERMGHIDLAS PVAHIWFLKS LPSRIGLMLD MTLRDIERVL YFEAYVVTEP GLTPLERRQL L TEEQYLTA RQEYNDDFDA AMGAEAVYEL LRTIDLQSEM TRLREEIAST GSETKLKRLT KRIKLIEAFL ESGNRPEWMV MT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLRRLLELNA PDIIVRNEKR MLQESVDALL DNGRRGRAIT GTN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLKLHQC GLPKKMALEL FKPFVFAKLQ RRGLATTIKA AKKL VEREE AEVWDILEEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCT AFNADFDGDQ MAVHVPLSLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMS RALENKKGEG MVFANTSEVK RAYDNRVVEL HAKVKVRITQ VDVDAV DGK RTSGTSIVDT TVGRALLSEI LPEGLPFQLA NTEMTKKNIS RLINSSYRLL GLKDTVVFAD KLMYTGYAYA TRAGVSI GI DDMLIPDEKK GILTEAEAEV LEIQEQYQSG LVTAGERYNK VVDIWSRTSE RIAKAMMDTI GTEKVENAKG ETIDQKSM N SLYIMADSGA RGSQAQIRQL AGMRGLMARP DGSIIETPIK ANFREGLNVQ EYFNSTHGAR KGLADTALKT ANSGYLTRR LVDVAQDVVI TEIDCGTTEG LIMTPIVEGG DVVEPLKERV LGRVVAEDVY LPGNDEEPIV TRNTLLDEAW VAKLEDASVQ SVKVRSTIS CESSFGVCAR CYGRDLARGH QVNIGEAVGV IAAQSIGEPG TQLTMRTFHI GGAASRAAAV DNITVKTTGS V KFNNLKSV AHASGSLVAV SRSGELSVLD GHGRERERYK LPYGATITAK DGDAVKAGQS VANWDPHNHP IVSEVAGFIR FI DFVDGVT VIEKTDELTG LASREITDPK RRGAHAKELR PIVRIVDGKG NDLTIPNTDL PAQYLLPPRS IVNLQDGAAV GVG DVVAKI PQEASKTRDI TGGLPRVADL FEARKPKDPA ILAERSGIIS FGKDTKGKQR LIIKDTDGSE HEELIPKYRQ IIVF EGEHV TKGETVVDGE PSPQDILRLL GVEPLAAYLV KEIQDVYRLQ GVKINDKHIE VITRQMLRKV EIVDQGNSKF LNGEQ VERQ RVIEENARLV KRNELPAKYD PVLLGITKAS LATESFISAA SFQETTRVLT EAAVRGTRDN LRGLKENVIV GRLIPA GTG LAYHAGRRKA SGLTDSEMET LSGKPAGAEP VAALADAGAD EE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Xanthomonas oryzae pv. oryzae (バクテリア)
分子量理論値: 11.112536 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MARITVEDCL EVVNNRFELV MMASKRARQL ANGVQPLIEN AAASDKPTVM ALREIAARRI DNALIDEVEK AERERAEREA LEWAAAEVV ADEDMSKNDD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

+
分子 #8: 45L

分子名称: 45L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xanthomonas virus Xp10 (ウイルス)
分子量理論値: 8.519374 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
GAMAMNEFTQ ISGYVNAFGS QRGSVLTVKV ENDEGWTLVE EDFDRADYGS DPEFVAEVSS YLKRNGGIKD LTKVLTR

UniProtKB: RNA polymerase inhibitor p7

+
分子 #5: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.813646 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #6: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.840689 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC)(DT)(DC) (DT)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)

+
分子 #7: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*CP*GP*GP*AP*GP*AP*GP*GP*UP*A)-3') / タイプ: rna / ID: 7 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 6.509968 KDa
配列文字列:
GCAUUCAAAG CGGAGAGGUA

+
分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #10: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度9.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMHepesHepes
50.0 mMKCLPotassium Chloride
5.0 mMMgCL2Magnesium chloride
3.0 mMDTTDL-Dithiothreitol
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 120 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 8 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2271 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 1.675 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析 #1

Image processing ID1
粒子像選択選択した数: 410547
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5upc
PDB 未公開エントリ


詳細: CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 319613
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 555 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
画像解析 #2

Image processing ID2
粒子像選択選択した数: 410547
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5upc
PDB 未公開エントリ


詳細: CryoEM structure of E.coli RNA polymerase elongation complex
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 319613
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 555 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

5upc
PDB 未公開エントリ

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

2mc6

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6j9f:
Cryo-EM structure of Xanthomonos oryzae transcription elongation complex with the bacteriophage protein P7

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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