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- EMDB-9722: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9722
タイトルhuman LAT1-4F2hc complex bound with BCH
マップデータcryo EM map
試料
  • 複合体: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (1S,2S,4R)-2-aminobicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / alanine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane ...L-tryptophan transmembrane transport / positive regulation of L-leucine import across plasma membrane / L-tryptophan transmembrane transporter activity / cellular response to L-arginine / alanine transport / apical pole of neuron / tyrosine transport / L-histidine transport / amino acid transport complex / L-leucine import across plasma membrane / L-alanine transmembrane transporter activity / L-alanine import across plasma membrane / Defective SLC7A7 causes lysinuric protein intolerance (LPI) / aromatic amino acid transmembrane transporter activity / phenylalanine transport / methionine transport / amino acid transmembrane transport / L-leucine transmembrane transporter activity / thyroid hormone transmembrane transporter activity / isoleucine transport / valine transport / proline transport / L-amino acid transmembrane transporter activity / L-leucine transport / thyroid hormone transport / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / amino acid import across plasma membrane / neutral amino acid transport / positive regulation of cytokine production involved in immune response / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / Tryptophan catabolism / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / exogenous protein binding / antiporter activity / anchoring junction / xenobiotic transport / Basigin interactions / microvillus membrane / response to muscle activity / positive regulation of interleukin-4 production / amino acid transport / response to exogenous dsRNA / positive regulation of interleukin-17 production / tryptophan transport / response to hyperoxia / transport across blood-brain barrier / cellular response to glucose starvation / positive regulation of glial cell proliferation / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / liver regeneration / peptide antigen binding / positive regulation of type II interferon production / calcium ion transport / melanosome / double-stranded RNA binding / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / basolateral plasma membrane / carbohydrate metabolic process / cadherin binding / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / symbiont entry into host cell / lysosomal membrane / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / synapse / cell surface / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...L-type amino acid transporter / Solute carrier family 3 member 2, N-terminal domain / 4F2 cell-surface antigen heavy chain / Solute carrier family 3 member 2 N-terminus / : / Amino acid/polyamine transporter I / Amino acid permease / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Amino acid transporter heavy chain SLC3A2 / Large neutral amino acids transporter small subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yan RH / Zhao X
資金援助 中国, 6件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500402 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910101 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
National Natural Science Foundation of China31630017 中国
National Natural Science Foundation of China81861138009 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Structure of the human LAT1-4F2hc heteromeric amino acid transporter complex.
著者: Renhong Yan / Xin Zhao / Jianlin Lei / Qiang Zhou /
要旨: The L-type amino acid transporter 1 (LAT1; also known as SLC7A5) catalyses the cross-membrane flux of large neutral amino acids in a sodium- and pH-independent manner. LAT1, an antiporter of the ...The L-type amino acid transporter 1 (LAT1; also known as SLC7A5) catalyses the cross-membrane flux of large neutral amino acids in a sodium- and pH-independent manner. LAT1, an antiporter of the amino acid-polyamine-organocation superfamily, also catalyses the permeation of thyroid hormones, pharmaceutical drugs, and hormone precursors such as L-3,4-dihydroxyphenylalanine across membranes. Overexpression of LAT1 has been observed in a wide range of tumour cells, and it is thus a potential target for anti-cancer drugs. LAT1 forms a heteromeric amino acid transporter complex with 4F2 cell-surface antigen heavy chain (4F2hc; also known as SLC3A2)-a type II membrane glycoprotein that is essential for the stability of LAT1 and for its localization to the plasma membrane. Despite extensive cell-based characterization of the LAT1-4F2hc complex and structural determination of its homologues in bacteria, the interactions between LAT1 and 4F2hc and the working mechanism of the complex remain largely unknown. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human LAT1-4F2hc alone and in complex with the inhibitor 2-amino-2-norbornanecarboxylic acid at resolutions of 3.3 Å and 3.5 Å, respectively. LAT1 exhibits an inward open conformation. Besides a disulfide bond association, LAT1 also interacts extensively with 4F2hc on the extracellular side, within the membrane, and on the intracellular side. Biochemical analysis reveals that 4F2hc is essential for the transport activity of the complex. Together, our characterizations shed light on the architecture of the LAT1-4F2hc complex, and provide insights into its function and the mechanisms through which it might be associated with disease.
履歴
登録2018年11月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6irt
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9722.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9722.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈cryo EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.296 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.296 Å		1.09 Å/pix.
x 256 pix.
= 279.296 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.14636704 - 0.26985458
平均 (標準偏差)-0.00037111546 (±0.0062699076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 279.296 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.296279.296279.296
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1460.270-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human LAT1-4F2hc complex bound with BCH

全体名称: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH
要素
  • 複合体: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH
    • タンパク質・ペプチド: 4F2 cell-surface antigen heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
  • リガンド: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
  • リガンド: (1S,2S,4R)-2-aminobicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid

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超分子 #1: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH

超分子名称: human LAT1-4F2hc complex bound with BCH / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: 4F2 cell-surface antigen heavy chain

分子名称: 4F2 cell-surface antigen heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.160828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA ...文字列:
MAHHHHHHHH HHSGRELQPP EASIAVVSIP RQLPGSHSEA GVQGLSAGDD SETGSDCVTQ AGLQLLASSD PPALASKNAE VTVETGFHH VSQADIEFLT SIDPTASASG SAGITGTMSQ DTEVDMKEVE LNELEPEKQP MNAASGAAMS LAGAEKNGLV K IKVAEDEA EAAAAAKFTG LSKEELLKVA GSPGWVRTRW ALLLLFWLGW LGMLAGAVVI IVRAPRCREL PAQKWWHTGA LY RIGDLQA FQGHGAGNLA GLKGRLDYLS SLKVKGLVLG PIHKNQKDDV AQTDLLQIDP NFGSKEDFDS LLQSAKKKSI RVI LDLTPN YRGENSWFST QVDTVATKVK DALEFWLQAG VDGFQVRDIE NLKDASSFLA EWQNITKGFS EDRLLIAGTN SSDL QQILS LLESNKDLLL TSSYLSDSGS TGEHTKSLVT QYLNATGNRW CSWSLSQARL LTSFLPAQLL RLYQLMLFTL PGTPV FSYG DEIGLDAAAL PGQPMEAPVM LWDESSFPDI PGAVSANMTV KGQSEDPGSL LSLFRRLSDQ RSKERSLLHG DFHAFS AGP GLFSYIRHWD QNERFLVVLN FGDVGLSAGL QASDLPASAS LPAKADLLLS TQPGREEGSP LELERLKLEP HEGLLLR FP YAALE

UniProtKB: Amino acid transporter heavy chain SLC3A2

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分子 #2: Large neutral amino acids transporter small subunit 1

分子名称: Large neutral amino acids transporter small subunit 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.244934 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSEPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY MLEVYGSLPA FLKLWIELLI I RPSSQYIV ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RAGAGPKRRA LAAPAAEEKE EAREKMLAAK SADGSEPAGE GEGVTLQRNI TLLNGVAIIV GTIIGSGIF VTPTGVLKEA GSPGLALVVW AACGVFSIVG ALCYAELGTT ISKSGGDYAY MLEVYGSLPA FLKLWIELLI I RPSSQYIV ALVFATYLLK PLFPTCPVPE EAAKLVACLC VLLLTAVNCY SVKAATRVQD AFAAAKLLAL ALIILLGFVQ IG KGDVSNL DPNFSFEGTK LDVGNIVLAL YSGLFAYGGW NYLNFVTEEM INPYRNLPLA IIISLPIVTL VYVLTNLAYF TTL STEQML SSEAVAVDFG NYHLGVMSWI IPVFVGLSCF GSVNGSLFTS SRLFFVGSRE GHLPSILSMI HPQLLTPVPS LVFT CVMTL LYAFSKDIFS VINFFSFFNW LCVALAIIGM IWLRHRKPEL ERPIKVNLAL PVFFILACLF LIAVSFWKTP VECGI GFTI ILSGLPVYFF GVWWKNKPKW LLQGIFSTTV LCQKLMQVVP QET

UniProtKB: Large neutral amino acids transporter small subunit 1

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分子 #4: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE

分子名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: 3PH
分子量理論値: 704.998 Da
Chemical component information

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

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分子 #5: (1S,2S,4R)-2-aminobicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid

分子名称: (1S,2S,4R)-2-aminobicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: AUU
分子量理論値: 155.194 Da
Chemical component information

ChemComp-AUU:
(1S,2S,4R)-2-aminobicyclo[2.2.1]heptane-2-carboxylic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1247297
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 262949
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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