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- EMDB-9695: Cryo-EM structure of multidrug efflux pump MexAB-OprM (0 degree state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9695
タイトルCryo-EM structure of multidrug efflux pump MexAB-OprM (0 degree state)
マップデータSharpened by local B-factor sharpening.
試料
  • 複合体: membrane protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance protein MexA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein OprM
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance protein MexB
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / protein homooligomerization / transmembrane transport / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein ...RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / Cation efflux system protein CusB, domain 1 / Cation efflux system protein CusB domain 1 / RND efflux pump, membrane fusion protein / RND efflux pump, membrane fusion protein, barrel-sandwich domain / Barrel-sandwich domain of CusB or HlyD membrane-fusion / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Acriflavin resistance protein / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / AcrB/AcrD/AcrF family / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug resistance protein MexB / Multidrug resistance protein MexA / Outer membrane protein OprM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å
データ登録者Tsutsumi K / Yonehara R / Nakagawa A / Yamashita E
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structures of the wild-type MexAB-OprM tripartite pump reveal its complex formation and drug efflux mechanism.
著者: Kenta Tsutsumi / Ryo Yonehara / Etsuko Ishizaka-Ikeda / Naoyuki Miyazaki / Shintaro Maeda / Kenji Iwasaki / Atsushi Nakagawa / Eiki Yamashita /
要旨: In Pseudomonas aeruginosa, MexAB-OprM plays a central role in multidrug resistance by ejecting various drug compounds, which is one of the causes of serious nosocomial infections. Although the ...In Pseudomonas aeruginosa, MexAB-OprM plays a central role in multidrug resistance by ejecting various drug compounds, which is one of the causes of serious nosocomial infections. Although the structures of the components of MexAB-OprM have been solved individually by X-ray crystallography, no structural information for fully assembled pumps from P. aeruginosa were previously available. In this study, we present the structure of wild-type MexAB-OprM in the presence or absence of drugs at near-atomic resolution. The structure reveals that OprM does not interact with MexB directly, and that it opens its periplasmic gate by forming a complex. Furthermore, we confirm the residues essential for complex formation and observed a movement of the drug entrance gate. Based on these results, we propose mechanisms for complex formation and drug efflux.
履歴
登録2018年10月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月3日-
マップ公開2019年4月3日-
更新2019年4月17日-
現状2019年4月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6iok
  • 表面レベル: 10
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9695.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9695.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened by local B-factor sharpening.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 350. Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 350. Å		0.88 Å/pix.
x 400 pix.
= 350. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.875 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.1 / ムービー #1: 10
最小 - 最大-88.440253999999996 - 113.051765000000003
平均 (標準偏差)0.022681745 (±3.0308135)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 350.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8750.8750.875
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.000350.000350.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-88.440113.0520.023

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_9695_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_9695_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : membrane protein complex

全体名称: membrane protein complex
要素
  • 複合体: membrane protein complex
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance protein MexA
    • タンパク質・ペプチド: Outer membrane protein OprM
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance protein MexB

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超分子 #1: membrane protein complex

超分子名称: membrane protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 730 KDa

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分子 #1: Multidrug resistance protein MexA

分子名称: Multidrug resistance protein MexA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1
分子量理論値: 38.789695 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMGKSEAPP PAQTPEVGIV TLEAQTVTLN TELPGRTNAF RIAEVRPQVN GIILKRLFKE GSDVKAGQQL YQIDPATYEA DYQSAQANL ASTQEQAQRY KLLVADQAVS KQQYADANAA YLQSKAAVEQ ARINLRYTKV LSPISGRIGR SAVTEGALVT N GQANAMAT ...文字列:
GAMGKSEAPP PAQTPEVGIV TLEAQTVTLN TELPGRTNAF RIAEVRPQVN GIILKRLFKE GSDVKAGQQL YQIDPATYEA DYQSAQANL ASTQEQAQRY KLLVADQAVS KQQYADANAA YLQSKAAVEQ ARINLRYTKV LSPISGRIGR SAVTEGALVT N GQANAMAT VQQLDPIYVD VTQPSTALLR LRRELASGQL ERAGDNAAKV SLKLEDGSQY PLEGRLEFSE VSVDEGTGSV TI RAVFPNP NNELLPGMFV HAQLQEGVKQ KAILAPQQGV TRDLKGQATA LVVNAQNKVE LRVIKADRVI GDKWLVTEGL NAG DKIITE GLQFVQPGVE VKTVPAKNVA SAQKADAAPA KTDSKG

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分子 #2: Outer membrane protein OprM

分子名称: Outer membrane protein OprM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1
分子量理論値: 51.737605 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: CSLIPDYQRP EAPVAAAYPQ GQAYGQNTGA AAVPAADIGW REFFRDPQLQ QLIGVALENN RDLRVAALNV EAFRAQYRIQ RADLFPRIG VDGSGTRQRL PGDLSTTGSP AISSQYGVTL GTTAWELDLF GRLRSLRDQA LEQYLATEQA QRSAQTTLVA S VATAYLTL ...文字列:
CSLIPDYQRP EAPVAAAYPQ GQAYGQNTGA AAVPAADIGW REFFRDPQLQ QLIGVALENN RDLRVAALNV EAFRAQYRIQ RADLFPRIG VDGSGTRQRL PGDLSTTGSP AISSQYGVTL GTTAWELDLF GRLRSLRDQA LEQYLATEQA QRSAQTTLVA S VATAYLTL KADQAQLQLT KDTLGTYQKS FDLTQRSYDV GVASALDLRQ AQTAVEGARA TLAQYTRLVA QDQNALVLLL GS GIPANLP QGLGLDQTLL TEVPAGLPSD LLQRRPDILE AEHQLMAANA SIGAARAAFF PSISLTANAG TMSRQLSGLF DAG SGSWLF QPSINLPIFT AGSLRASLDY AKIQKDINVA QYEKAIQTAF QEVADGLAAR GTFTEQLQAQ RDLVKASDEY YQLA DKRYR TGVDNYLTLL DAQRSLFTAQ QQLITDRLNQ LTSEVNLYKA LGGGWNQQTV TQQQTAKKED PQAHHHHHH

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分子 #3: Multidrug resistance protein MexB

分子名称: Multidrug resistance protein MexB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) / 株: PAO1
分子量理論値: 113.948273 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKFFIDRPI FAWVIALVIM LAGGLSILSL PVNQYPAIAP PAIAVQVSYP GASAETVQDT VVQVIEQQMN GIDNLRYISS ESNSDGSMT ITVTFEQGTD PDIAQVQVQN KLQLATPLLP QEVQRQGIRV TKAVKNFLMV VGVVSTDGSM TKEDLSNYIV S NIQDPLSR ...文字列:
MSKFFIDRPI FAWVIALVIM LAGGLSILSL PVNQYPAIAP PAIAVQVSYP GASAETVQDT VVQVIEQQMN GIDNLRYISS ESNSDGSMT ITVTFEQGTD PDIAQVQVQN KLQLATPLLP QEVQRQGIRV TKAVKNFLMV VGVVSTDGSM TKEDLSNYIV S NIQDPLSR TKGVGDFQVF GSQYSMRIWL DPAKLNSYQL TPGDVSSAIQ AQNVQISSGQ LGGLPAVKGQ QLNATIIGKT RL QTAEQFE NILLKVNPDG SQVRLKDVAD VGLGGQDYSI NAQFNGSPAS GIAIKLATGA NALDTAKAIR QTIANLEPFM PQG MKVVYP YDTTPVVSAS IHEVVKTLGE AILLVFLVMY LFLQNFRATL IPTIAVPVVL LGTFGVLAAF GFSINTLTMF GMVL AIGLL VDDAIVVVEN VERVMAEEGL SPREAARKSM GQIQGALVGI AMVLSAVFLP MAFFGGSTGV IYRQFSITIV SAMAL SVIV ALILTPALCA TMLKPIEKGD HGEHKGGFFG WFNRMFLSTT HGYERGVASI LKHRAPYLLI YVVIVAGMIW MFTRIP TAF LPDEDQGVLF AQVQTPPGSS AERTQVVVDS MREYLLEKES SSVSSVFTVT GFNFAGRGQS SGMAFIMLKP WEERPGG EN SVFELAKRAQ MHFFSFKDAM VFAFAPPSVL ELGNATGFDL FLQDQAGVGH EVLLQARNKF LMLAAQNPAL QRVRPNGM S DEPQYKLEID DEKASALGVS LADINSTVSI AWGSSYVNDF IDRGRVKRVY LQGRPDARMN PDDLSKWYVR NDKGEMVPF NAFATGKWEY GSPKLERYNG VPAMEILGEP APGLSSGDAM AAVEEIVKQL PKGVGYSWTG LSYEERLSGS QAPALYALSL LVVFLCLAA LYESWSIPFS VMLVVPLGVI GALLATSMRG LSNDVFFQVG LLTTIGLSAK NAILIVEFAK ELHEQGKGIV E AAIEACRM RLRPIVMTSL AFILGVVPLA ISTGAGSGSQ HAIGTGVIGG MVTATVLAIF WVPLFYVAVS TLFKDEASKQ QA SVEKGQL EHHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度9.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素 - 濃度: 50.0 mM / 構成要素 - 式: C8H18N2O4S / 構成要素 - 名称: HEPES
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 95.0 K
特殊光学系球面収差補正装置: CEOS Cs-corrector
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4080 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4080 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8722 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 535948
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Data from negative-stain EM single particle analysis
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 37971
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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