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万見
- EMDB-9665: The cryoEM map of HPV33 VLP in complex with the Fab fragment of a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9665
タイトルThe cryoEM map of HPV33 VLP in complex with the Fab fragment of antibody 4E5
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス)
生物種Human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.3 Å
データ登録者Li ZH / Song S / He MZ / Gu Y / Li SW
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Rational design of a triple-type human papillomavirus vaccine by compromising viral-type specificity.
著者: Zhihai Li / Shuo Song / Maozhou He / Daning Wang / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Yunbing Li / Xin Chi / Shuangping Wei / Yurou Yang / Zhiping Wang / Jinjin Li / Huilian Qian / Hai Yu / Qingbing ...著者: Zhihai Li / Shuo Song / Maozhou He / Daning Wang / Jingjie Shi / Xinlin Liu / Yunbing Li / Xin Chi / Shuangping Wei / Yurou Yang / Zhiping Wang / Jinjin Li / Huilian Qian / Hai Yu / Qingbing Zheng / Xiaodong Yan / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ying Gu / Shaowei Li / Ningshao Xia /
要旨: Sequence variability in surface-antigenic sites of pathogenic proteins is an important obstacle in vaccine development. Over 200 distinct genomic sequences have been identified for human ...Sequence variability in surface-antigenic sites of pathogenic proteins is an important obstacle in vaccine development. Over 200 distinct genomic sequences have been identified for human papillomavirus (HPV), of which more than 18 are associated with cervical cancer. Here, based on the high structural similarity of L1 surface loops within a group of phylogenetically close HPV types, we design a triple-type chimera of HPV33/58/52 using loop swapping. The chimeric VLPs elicit neutralization titers comparable with a mix of the three wild-type VLPs both in mice and non-human primates. This engineered region of the chimeric protein recapitulates the conformational contours of the antigenic surfaces of the parental-type proteins, offering a basis for this high immunity. Our stratagem is equally successful in developing other triplet-type chimeras (HPV16/35/31, HPV56/66/53, HPV39/68/70, HPV18/45/59), paving the way for the development of an improved HPV prophylactic vaccine against all carcinogenic HPV strains. This technique may also be extrapolated to other microbes.
履歴
登録2018年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月14日-
マップ公開2018年11月14日-
更新2019年5月29日-
現状2019年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12.5086
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12.5086
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9665.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9665.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.13 Å/pix.
x 861 pix.
= 971.208 Å		1.13 Å/pix.
x 861 pix.
= 971.208 Å		1.13 Å/pix.
x 861 pix.
= 971.208 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.508599999999999 / ムービー #1: 12.5086
最小 - 最大-51.289363999999999 - 59.170074
平均 (標準偏差)0.028689172 (±6.253323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-430-430-430
サイズ861861861
Spacing861861861
セルA=B=C: 971.208 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z861861861
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z971.208971.208971.208
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-430-430-430
NC/NR/NS861861861
D min/max/mean-51.28959.1700.029

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus type 33

全体名称: Human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス)
要素
  • ウイルス: Human papillomavirus type 33 (パピローマウイルス)

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超分子 #1: Human papillomavirus type 33

超分子名称: Human papillomavirus type 33 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: VLP generated by recombinantly expressed; Fab Fragment generated by proteolytic cleavage of IgG antibody;
NCBI-ID: 10586 / 生物種: Human papillomavirus type 33 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.3 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: FSC 0.3 cut-off / 使用した粒子像数: 753
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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