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- EMDB-9618: Localization of FAP70 N-terminus on Chlamydomonas axoneme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9618
タイトルLocalization of FAP70 N-terminus on Chlamydomonas axoneme
マップデータfap70::FAP70-N-BCCP Streptavidin labeled
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Streptavidin labeled fap70::FAP70-N-BCCP axoneme
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.0 Å
データ登録者Shamoto N / Narita K / Kubo T / Oda T / Takeda S
引用ジャーナル: Cells / 年: 2018
タイトル: CFAP70 Is a Novel Axoneme-Binding Protein That Localizes at the Base of the Outer Dynein Arm and Regulates Ciliary Motility.
著者: Noritoshi Shamoto / Keishi Narita / Tomohiro Kubo / Toshiyuki Oda / Sen Takeda /
要旨: In the present study, we characterized CFAP70, a candidate of cilia-related protein in mice. As this protein has a cluster of tetratricopeptide repeat (TPR) domains like many components of the ...In the present study, we characterized CFAP70, a candidate of cilia-related protein in mice. As this protein has a cluster of tetratricopeptide repeat (TPR) domains like many components of the intraflagellar transport (IFT) complex, we investigated the domain functions of particular interest in ciliary targeting and/or localization. RT-PCR and immunohistochemistry of various mouse tissues demonstrated the association of CFAP70 with motile cilia and flagella. A stepwise extraction of proteins from swine tracheal cilia showed that CFAP70 bound tightly to the ciliary axoneme. Fluorescence microscopy of the cultured ependyma expressing fragments of CFAP70 demonstrated that the N-terminus rather than the C-terminus with the TPR domains was more important for the ciliary localization. When CFAP70 was knocked down in cultured mouse ependyma, reductions in cilia beating frequency were observed. Consistent with these observations, a mutant lacking the CFAP70 homolog, FAP70, showed defects in outer dynein arm (ODA) activity and a reduction in flagellar motility. Cryo-electron tomography revealed that the N-terminus of FAP70 resided stably at the base of the ODA. These results demonstrated that CFAP70 is a novel regulatory component of the ODA in motile cilia and flagella, and that the N-terminus is important for its ciliary localization.
履歴
登録2018年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月12日-
マップ公開2018年9月12日-
更新2018年9月12日-
現状2018年9月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 557
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 557
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9618.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9618.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈fap70::FAP70-N-BCCP Streptavidin labeled
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 1405. Å		7.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 1405. Å		7.03 Å/pix.
x 200 pix.
= 1405. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.025 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 557. / ムービー #1: 557
最小 - 最大0. - 1055.426400000000058
平均 (標準偏差)137.692370000000011 (±220.180470000000014)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 1405.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.0257.0257.025
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1405.0001405.0001405.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-69-50-137
NX/NY/NZ136114193
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean0.0001055.426137.692

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Streptavidin labeled fap70::FAP70-N-BCCP axoneme

全体名称: Streptavidin labeled fap70::FAP70-N-BCCP axoneme
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Streptavidin labeled fap70::FAP70-N-BCCP axoneme

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超分子 #1: Streptavidin labeled fap70::FAP70-N-BCCP axoneme

超分子名称: Streptavidin labeled fap70::FAP70-N-BCCP axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Chlamydomonas axoneme expressing FAP70-N-BCCP labeled with streptavidin and biotinylated cytochrome c
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
株: cc125 / Organelle: Flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 5.5 sec before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FEF
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 40 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 1000
抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 1448 / ソフトウェア - 名称: PEET
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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