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- EMDB-9573: Cryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9573
タイトルCryo-EM structure of zika virus complexed with Fab C10 at pH 6.5
マップデータ
試料
  • 複合体: Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5
    • 複合体: Zika virus
      • タンパク質・ペプチド: structural protein E
      • タンパク質・ペプチド: strutural protein M
    • 複合体: Fab C10
      • タンパク質・ペプチド: IgG C10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: IgG C10 light chain
キーワードAntibody / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to herbicide / photosystem II / photosynthetic electron transport in photosystem II / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II protein D1 / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem q(B) protein
類似検索 - 構成要素
生物種Zika virus (ジカ熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Zhang S / Kostyuchenko V
資金援助 シンガポール, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education Tier 3 grantMOE2012-T3-1-008 シンガポール
National Research Foundation Investigatorship awardNRFI2016-01 シンガポール
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI100625 and AI 107731 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Neutralization mechanism of a highly potent antibody against Zika virus.
著者: Shuijun Zhang / Victor A Kostyuchenko / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Sebastian Lambert / Ter Yong Tan / Douglas G Widman / Jian Shi / Ralph S Baric / Shee-Mei Lok /
要旨: The rapid spread of Zika virus (ZIKV), which causes microcephaly and Guillain-Barré syndrome, signals an urgency to identify therapeutics. Recent efforts to rescreen dengue virus human antibodies ...The rapid spread of Zika virus (ZIKV), which causes microcephaly and Guillain-Barré syndrome, signals an urgency to identify therapeutics. Recent efforts to rescreen dengue virus human antibodies for ZIKV cross-neutralization activity showed antibody C10 as one of the most potent. To investigate the ability of the antibody to block fusion, we determined the cryoEM structures of the C10-ZIKV complex at pH levels mimicking the extracellular (pH8.0), early (pH6.5) and late endosomal (pH5.0) environments. The 4.0 Å resolution pH8.0 complex structure shows that the antibody binds to E proteins residues at the intra-dimer interface, and the virus quaternary structure-dependent inter-dimer and inter-raft interfaces. At pH6.5, antibody C10 locks all virus surface E proteins, and at pH5.0, it locks the E protein raft structure, suggesting that it prevents the structural rearrangement of the E proteins during the fusion event-a vital step for infection. This suggests antibody C10 could be a good therapeutic candidate.
履歴
登録2016年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月2日-
マップ公開2016年11月30日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h30
  • 表面レベル: 2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5h30
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9573.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9573.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 576 pix.
= 633.6 Å		1.1 Å/pix.
x 576 pix.
= 633.6 Å		1.1 Å/pix.
x 576 pix.
= 633.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-6.1860094 - 11.288107
平均 (標準偏差)-0.000000001022033 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-288-288-288
サイズ576576576
Spacing576576576
セルA=B=C: 633.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z576576576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z633.600633.600633.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-288-288-288
NC/NR/NS576576576
D min/max/mean-6.18611.288-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5

全体名称: Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5
要素
  • 複合体: Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5
    • 複合体: Zika virus
      • タンパク質・ペプチド: structural protein E
      • タンパク質・ペプチド: strutural protein M
    • 複合体: Fab C10
      • タンパク質・ペプチド: IgG C10 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: IgG C10 light chain

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超分子 #1: Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5

超分子名称: Zika virus complexed with C10 Fab at pH 6.5 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Zika virus

超分子名称: Zika virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス)

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超分子 #3: Fab C10

超分子名称: Fab C10 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4

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分子 #1: structural protein E

分子名称: structural protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766
分子量理論値: 54.444051 KDa
配列文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列:
IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTAVSA

UniProtKB: Photosystem q(B) protein

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分子 #2: strutural protein M

分子名称: strutural protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Zika virus (ジカ熱ウイルス) / 株: Mr 766
分子量理論値: 8.496883 KDa
配列文字列:
AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS

UniProtKB: Photosystem q(B) protein

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分子 #3: IgG C10 heavy chain

分子名称: IgG C10 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.487058 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQDRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAIYYCARD KVDDYGDYWF PTLWYFDYWG QGTLVTVS

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分子 #4: IgG C10 light chain

分子名称: IgG C10 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.298362 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SALTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGG FNYVSWFQQH PGKAPKLMLY DVTSRPSGVS SRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSHTSRGTWV FGGGTKLTVL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 43.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45867
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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