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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9570 | |||||||||
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タイトル | C. elegans INX-6 gap junction hemichannel | |||||||||
マップデータ | 3D map of an INX-6 hemichannel | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | gap junction hemi-channel activity / Innexin / Innexin / Pannexin family profile. / gap junction / gap junction channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / plasma membrane / Innexin-6 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Caenorhabditis elegans (センチュウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Oshima A / Tani K / Fujiyoshi Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016 タイトル: Atomic structure of the innexin-6 gap junction channel determined by cryo-EM. 著者: Atsunori Oshima / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / 要旨: Innexins, a large protein family comprising invertebrate gap junction channels, play an essential role in nervous system development and electrical synapse formation. Here we report the cryo-electron ...Innexins, a large protein family comprising invertebrate gap junction channels, play an essential role in nervous system development and electrical synapse formation. Here we report the cryo-electron microscopy structures of Caenorhabditis elegans innexin-6 (INX-6) gap junction channels at atomic resolution. We find that the arrangements of the transmembrane helices and extracellular loops of the INX-6 monomeric structure are highly similar to those of connexin-26 (Cx26), despite the lack of significant sequence similarity. The INX-6 gap junction channel comprises hexadecameric subunits but reveals the N-terminal pore funnel, consistent with Cx26. The helix-rich cytoplasmic loop and C-terminus are intercalated one-by-one through an octameric hemichannel, forming a dome-like entrance that interacts with N-terminal loops in the pore. These observations suggest that the INX-6 cytoplasmic domains are cooperatively associated with the N-terminal funnel conformation, and an essential linkage of the N-terminal with channel activity is presumably preserved across gap junction families. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9570.map.gz | 14.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9570-v30.xml emd-9570.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9570.png | 213.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9570 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9570 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9570_validation.pdf.gz | 473.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9570_full_validation.pdf.gz | 473.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9570_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9570_validation.cif.gz | 6.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9570 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9570 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9570.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 3D map of an INX-6 hemichannel | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.23 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : INX-6
全体 | 名称: INX-6 |
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要素 |
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-超分子 #1: INX-6
超分子 | 名称: INX-6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換プラスミド: pFastBac1 |
-分子 #1: Innexin-6
分子 | 名称: Innexin-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) |
分子量 | 理論値: 45.173766 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MASQVGAINS VNALISRVFV QPKGDLADRL NSRVTVVILA VSSALLLSSH FIGDPITCWT PAQFNAQWVN FVNQYCFVHG TYFVPLDQQ LAFEEEERTK VSIQYYQWVP YVFALQAFLF YIPRFIWKAM IAYSGYDLAA AVKYVDRFWS ENRDKDDKFK T RLAAFEGR ...文字列: MASQVGAINS VNALISRVFV QPKGDLADRL NSRVTVVILA VSSALLLSSH FIGDPITCWT PAQFNAQWVN FVNQYCFVHG TYFVPLDQQ LAFEEEERTK VSIQYYQWVP YVFALQAFLF YIPRFIWKAM IAYSGYDLAA AVKYVDRFWS ENRDKDDKFK T RLAAFEGR PSVYIWDGIR LARKKRSRNM ALFYTLSTVW QAVNAWIQFY ILTQLLDSSI YTLWGPSILG DLLQGNDWQT TG HFPRIVH CDFNRRRPAS VQLDTVLCVL TLNIYYEKLF IFLWFWLVFV AVVSTVNCFK WIYYLCNKTK AQKTIKNYLS TAP IKSTIS DDQFFSALGE DGLFIMDQMA LNLGDIPASY LTISMRNICQ DFIESEDYID EERTPFVKSI KHT |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3000SFF |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 7.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 74398 |
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初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |