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- EMDB-9537: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9537
タイトルComplex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein 1
キーワードprotein complex / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / steroid metabolic process / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific ...regulation of ergosterol biosynthetic process / positive regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / regulation of cholesterol biosynthetic process / sterol binding / SREBP signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / steroid metabolic process / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / chromatin / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sterol regulatory element-binding protein 1, C-terminal / Domain of unknown function (DUF2014) / : / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain ...Sterol regulatory element-binding protein 1, C-terminal / Domain of unknown function (DUF2014) / : / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / : / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Sterol regulatory element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母) / Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Gong X / Qian HW
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology of China2015CB9101012014, ZX09507003006 中国
National Natural Science Foundation of Chinaproject 31321062 and 81590761 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains reveals an oligomeric organization.
著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Wei Shao / Jingxian Li / Jianping Wu / Jun-Jie Liu / Wenqi Li / Hong-Wei Wang / Peter Espenshade / Nieng Yan /
要旨: Sterol regulatory element-binding protein (SREBP) transcription factors are master regulators of cellular lipid homeostasis in mammals and oxygen-responsive regulators of hypoxic adaptation in fungi. ...Sterol regulatory element-binding protein (SREBP) transcription factors are master regulators of cellular lipid homeostasis in mammals and oxygen-responsive regulators of hypoxic adaptation in fungi. SREBP C-terminus binds to the WD40 domain of SREBP cleavage-activating protein (SCAP), which confers sterol regulation by controlling the ER-to-Golgi transport of the SREBP-SCAP complex and access to the activating proteases in the Golgi. Here, we biochemically and structurally show that the carboxyl terminal domains (CTD) of Sre1 and Scp1, the fission yeast SREBP and SCAP, form a functional 4:4 oligomer and Sre1-CTD forms a dimer of dimers. The crystal structure of Sre1-CTD at 3.5 Å and cryo-EM structure of the complex at 5.4 Å together with in vitro biochemical evidence elucidate three distinct regions in Sre1-CTD required for Scp1 binding, Sre1-CTD dimerization and tetrameric formation. Finally, these structurally identified domains are validated in a cellular context, demonstrating that the proper 4:4 oligomeric complex formation is required for Sre1 activation.
履歴
登録2016年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年12月14日-
マップ公開2016年12月14日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5grs
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9537.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9537.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 200 pix.
= 264. Å		1.32 Å/pix.
x 200 pix.
= 264. Å		1.32 Å/pix.
x 200 pix.
= 264. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.028372295 - 0.07998708
平均 (標準偏差)0.00033701854 (±0.0048510367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0280.0800.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains

全体名称: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
要素
  • 複合体: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
    • タンパク質・ペプチド: Sterol regulatory element-binding protein 1

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超分子 #1: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains

超分子名称: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)

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分子 #1: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

分子名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 44.95675 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGWSDHDELS TDTTLHEEKF RIEPVPVHHQ LDILKIAVSE NYKTFASVGL DRCLVVWDLR QWCTKLVLSK EQMPRTLKAI ALDPQGNYV SLFSKDTLFI LNVESPSLML QHSYHCKPNS KLNVFWMPGT HKDDEWKNFE LVVVESSGEI QVFSLTIEIE G ADIALVEK ...文字列:
MGWSDHDELS TDTTLHEEKF RIEPVPVHHQ LDILKIAVSE NYKTFASVGL DRCLVVWDLR QWCTKLVLSK EQMPRTLKAI ALDPQGNYV SLFSKDTLFI LNVESPSLML QHSYHCKPNS KLNVFWMPGT HKDDEWKNFE LVVVESSGEI QVFSLTIEIE G ADIALVEK FQLSSPIIKS ISIVSPTANR IACLTESGEV TVYSKKGPVW SPKILSQNKN YLTETKKDIY GIAMADILFL AR DSGVDMI DLKNDELLHS FTLPPIKVNT FSVGVSNSRF VNGQFRVSSI SFCFTHAVTE KVLYYYYGNE SNESYIILNK WDQ QPNLVD VHDPDNSLAS LTFDELQENI HEVEDASESV MSSDGLYIFG MRRKSSSGIS PTADEKNEDN GFTLRNRKLR

UniProtKB: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

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分子 #2: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

分子名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 11.868574 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AHMNTHSGGE TQVWEVWMYS QSEKKHRSKS LKMYNSLIIA DPGPSLAVSD RCVAIVLGNY VALVGYGSEI FRDFYQIRNS DEMDRILRR KRKNLQRKRS GTIG

UniProtKB: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein

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分子 #3: Sterol regulatory element-binding protein 1

分子名称: Sterol regulatory element-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
分子量理論値: 30.318842 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: AHMQHSKSSV HAELRELPES TANLIENSHA DDVFSPNMVE RLWVLAKSTR DSAQMSDSII SSLSDVLVLS PLEVLASWYA ADLLDALLM ESLSRKVEIS EIEEIISLCP KNSSIIRHAL LAKLVLFPEN TADSLNEVLA AYKNTLDLCS QDKRKQSSVL K INLSKLFT ...文字列:
AHMQHSKSSV HAELRELPES TANLIENSHA DDVFSPNMVE RLWVLAKSTR DSAQMSDSII SSLSDVLVLS PLEVLASWYA ADLLDALLM ESLSRKVEIS EIEEIISLCP KNSSIIRHAL LAKLVLFPEN TADSLNEVLA AYKNTLDLCS QDKRKQSSVL K INLSKLFT LHSCLSLALQ RLGYGDVSKR MYQEIFVPDS DADITPLSFI ISWTALNTFA PICTSPKEND VVEKMAMYVR TA IGTLKIQ DLKLSRKLIN SCIDIGSRLQ EDLGY

UniProtKB: Sterol regulatory element-binding protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度20 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 157243
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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