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- EMDB-9401: CH505 SOSIP.664 trimer in complex with DH522.2 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9401
タイトルCH505 SOSIP.664 trimer in complex with DH522.2 Fab
マップデータCH505 SOSIP.664 trimer in complex with DH522.2 Fab
試料
  • 複合体: CH505 SOSIP.664 in complex with DH522.2 Fab
    • 複合体: CH505 SOSIP.664
      • Other: CH505 SOSIP.664
    • 複合体: DH522.2 Fab
      • Other: DH522.2 Fab Heavy Chain
      • Other: DH522.2 Fab Light Chain
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 28.1 Å
データ登録者Fera D / Harrison SC
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Initiation of HIV neutralizing B cell lineages with sequential envelope immunizations.
著者: Wilton B Williams / Jinsong Zhang / Chuancang Jiang / Nathan I Nicely / Daniela Fera / Kan Luo / M Anthony Moody / Hua-Xin Liao / S Munir Alam / Thomas B Kepler / Akshaya Ramesh / Kevin Wiehe ...著者: Wilton B Williams / Jinsong Zhang / Chuancang Jiang / Nathan I Nicely / Daniela Fera / Kan Luo / M Anthony Moody / Hua-Xin Liao / S Munir Alam / Thomas B Kepler / Akshaya Ramesh / Kevin Wiehe / James A Holland / Todd Bradley / Nathan Vandergrift / Kevin O Saunders / Robert Parks / Andrew Foulger / Shi-Mao Xia / Mattia Bonsignori / David C Montefiori / Mark Louder / Amanda Eaton / Sampa Santra / Richard Scearce / Laura Sutherland / Amanda Newman / Hilary Bouton-Verville / Cindy Bowman / Howard Bomze / Feng Gao / Dawn J Marshall / John F Whitesides / Xiaoyan Nie / Garnett Kelsoe / Steven G Reed / Christopher B Fox / Kim Clary / Marguerite Koutsoukos / David Franco / John R Mascola / Stephen C Harrison / Barton F Haynes / Laurent Verkoczy /
要旨: A strategy for HIV-1 vaccine development is to define envelope (Env) evolution of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in infection and to recreate those events by vaccination. Here, we report ...A strategy for HIV-1 vaccine development is to define envelope (Env) evolution of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) in infection and to recreate those events by vaccination. Here, we report host tolerance mechanisms that limit the development of CD4-binding site (CD4bs), HCDR3-binder bnAbs via sequential HIV-1 Env vaccination. Vaccine-induced macaque CD4bs antibodies neutralize 7% of HIV-1 strains, recognize open Env trimers, and accumulate relatively modest somatic mutations. In naive CD4bs, unmutated common ancestor knock-in mice EnvB cell clones develop anergy and partial deletion at the transitional to mature B cell stage, but become Env upon receptor editing. In comparison with repetitive Env immunizations, sequential Env administration rescue anergic Env (non-edited) precursor B cells. Thus, stepwise immunization initiates CD4bs-bnAb responses, but immune tolerance mechanisms restrict their development, suggesting that sequential immunogen-based vaccine regimens will likely need to incorporate strategies to expand bnAb precursor pools.
履歴
登録2017年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月11日-
マップ公開2017年10月11日-
更新2017年12月6日-
現状2017年12月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CH505 SOSIP.664 trimer in complex with DH522.2 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.13 Å/pix.
x 168 pix.
= 357.84 Å		2.13 Å/pix.
x 168 pix.
= 357.84 Å		2.13 Å/pix.
x 168 pix.
= 357.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.13 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.13 / ムービー #1: 2.13
最小 - 最大-17.361639 - 14.903893999999999
平均 (標準偏差)-0.0074381735 (±0.9265896)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-84-84-84
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 357.84003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.132.132.13
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z357.840357.840357.840
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-84-84-84
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-17.36214.904-0.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CH505 SOSIP.664 in complex with DH522.2 Fab

全体名称: CH505 SOSIP.664 in complex with DH522.2 Fab
要素
  • 複合体: CH505 SOSIP.664 in complex with DH522.2 Fab
    • 複合体: CH505 SOSIP.664
      • Other: CH505 SOSIP.664
    • 複合体: DH522.2 Fab
      • Other: DH522.2 Fab Heavy Chain
      • Other: DH522.2 Fab Light Chain

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超分子 #1: CH505 SOSIP.664 in complex with DH522.2 Fab

超分子名称: CH505 SOSIP.664 in complex with DH522.2 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: CH505 SOSIP.664

超分子名称: CH505 SOSIP.664 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: DH522.2 Fab

超分子名称: DH522.2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: CH505 SOSIP.664

分子名称: CH505 SOSIP.664 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEMVLKNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDVIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS VITQACPKVS ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKEAKT TLFCASDAKA YEKEVHNVWA THACVPTDPN PQEMVLKNVT ENFNMWKNDM VDQMHEDVIS LWDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS VITQACPKVS FDPIPIHYCA PAGYAILKCN NKTFTGTGPC NNVSTVQCTH GIKPVVSTQL LLNGSLAEGE IIIRSENITN NVKTIIVHLN ESVKIECTRP NNKTRTSIRI GPGQAFYATG QVIGDIREAY CNINESKWNE TLQRVSKKLK EYFPHKNITF QPSSGGDLEI TTHSFNCGGE FFYCNTSSLF NRTYMANSTD MANSTETNST RTITIHCRIK QIINMWQEVG RAMYAPPIAG NITCISNITG LLLTRDGGKN NTETFRPGGG NMKDNWRSEL YKYKVVKIEP LGVAPTRCKR RVVGRRRRRR AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSGK LICCTNVPWN SSWSNRNLSE IWDNMTWLQW DKEISNYTQI IYGLLEESQN QQEKNEQDLL ALD

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分子 #2: DH522.2 Fab Heavy Chain

分子名称: DH522.2 Fab Heavy Chain / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSIG DDYYWNWIRQ SPGKGLEWIG SIYGSFGGTN FNPSLKNRVT ISMDTSNNQV SLKLNSVTAA DTAVYYCARG SHSIVVLFGY YFDYWGQGVL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS RSTSESTAAL GCLVKD YFP EPVTVSWNSG ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGGSIG DDYYWNWIRQ SPGKGLEWIG SIYGSFGGTN FNPSLKNRVT ISMDTSNNQV SLKLNSVTAA DTAVYYCARG SHSIVVLFGY YFDYWGQGVL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS RSTSESTAAL GCLVKD YFP EPVTVSWNSG SLTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYVCN VNHKPSN TK VDKRVEIKT

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分子 #3: DH522.2 Fab Light Chain

分子名称: DH522.2 Fab Light Chain / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPPSV SKSLGQSVTI SCSGTTNDIG AYNGVS WYQ HHSDTAPRLL IYEVNKRPSG VSDRFSGSKS GNTASLTISG LQAEDEADYY CGSYRSG ST WVFGGGTRLT VLGQPKASPT VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGVV KVAWKADG S AVNAGVETTT ...文字列:
QSALTQPPSV SKSLGQSVTI SCSGTTNDIG AYNGVS WYQ HHSDTAPRLL IYEVNKRPSG VSDRFSGSKS GNTASLTISG LQAEDEADYY CGSYRSG ST WVFGGGTRLT VLGQPKASPT VTLFPPSSEE LQANKATLVC LISDFYPGVV KVAWKADG S AVNAGVETTT PSKQSNNKYA ASSYLSLTSD QWKSHKSYSC QVTHEGSTVE KTVAPAECS

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
5.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 28.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 15269
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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