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万見
- EMDB-9368: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9368
タイトルAtomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development
マップデータ3-fold sub-particle reconstruction
試料
  • ウイルス: Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
生物種Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Liu W / Dai XH / Jih J / Chan K / Trang P / Yu XK / Balogun R / Mei Y / Liu FY / Zhou ZH
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)DE025567, DE023935, and DE025462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1S10RR23057 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI069015 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071940 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2019
タイトル: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with ...タイトル: Atomic structures and deletion mutant reveal different capsid-binding patterns and functional significance of tegument protein pp150 in murine and human cytomegaloviruses with implications for therapeutic development.
著者: Wei Liu / Xinghong Dai / Jonathan Jih / Karen Chan / Phong Trang / Xuekui Yu / Rilwan Balogun / Ye Mei / Fenyong Liu / Z Hong Zhou /
要旨: Cytomegalovirus (CMV) infection causes birth defects and life-threatening complications in immunosuppressed patients. Lack of vaccine and need for more effective drugs have driven widespread ongoing ...Cytomegalovirus (CMV) infection causes birth defects and life-threatening complications in immunosuppressed patients. Lack of vaccine and need for more effective drugs have driven widespread ongoing therapeutic development efforts against human CMV (HCMV), mostly using murine CMV (MCMV) as the model system for preclinical animal tests. The recent publication (Yu et al., 2017, DOI: 10.1126/science.aam6892) of an atomic model for HCMV capsid with associated tegument protein pp150 has infused impetus for rational design of novel vaccines and drugs, but the absence of high-resolution structural data on MCMV remains a significant knowledge gap in such development efforts. Here, by cryoEM with sub-particle reconstruction method, we have obtained the first atomic structure of MCMV capsid with associated pp150. Surprisingly, the capsid-binding patterns of pp150 differ between HCMV and MCMV despite their highly similar capsid structures. In MCMV, pp150 is absent on triplex Tc and exists as a "Λ"-shaped dimer on other triplexes, leading to only 260 groups of two pp150 subunits per capsid in contrast to 320 groups of three pp150 subunits each in a "Δ"-shaped fortifying configuration. Many more amino acids contribute to pp150-pp150 interactions in MCMV than in HCMV, making MCMV pp150 dimer inflexible thus incompatible to instigate triplex Tc-binding as observed in HCMV. While pp150 is essential in HCMV, our pp150-deletion mutant of MCMV remained viable though with attenuated infectivity and exhibiting defects in retaining viral genome. These results thus invalidate targeting pp150, but lend support to targeting capsid proteins, when using MCMV as a model for HCMV pathogenesis and therapeutic studies.
履歴
登録2018年12月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年2月20日-
更新2019年12月25日-
現状2019年12月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9368.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3-fold sub-particle reconstruction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540.4 Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540.4 Å		1.35 Å/pix.
x 400 pix.
= 540.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.351 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.5 / ムービー #1: 2.5
最小 - 最大-7.944597 - 8.409903
平均 (標準偏差)0.0064137494 (±0.9909413)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 540.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3511.3511.351
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.400540.400540.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281048
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-7.9458.4100.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine cytomegalovirus (strain Smith)

全体名称: Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Murine cytomegalovirus (strain Smith) (ウイルス)

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超分子 #1: Murine cytomegalovirus (strain Smith)

超分子名称: Murine cytomegalovirus (strain Smith) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10367 / 生物種: Murine cytomegalovirus (strain Smith) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: AGFA SCIENTA FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: 3D reconstruction from extracted 3-fold sub-particles
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 959640
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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