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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9352 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 3.4 A | ||||||||||||||||||
![]() | Cryosparc v2 Non-Uniform refinement map. bfactor -130; Resampled into a position to fit with other maps uploaded | ||||||||||||||||||
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生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.39 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Armache J-P / Gamarra N / Johnson SL / Wu S / Leonard JD / Narlikar GJ / Cheng Y | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of remodeler-nucleosome intermediates suggest allosteric control through the nucleosome. 著者: Jean Paul Armache / Nathan Gamarra / Stephanie L Johnson / John D Leonard / Shenping Wu / Geeta J Narlikar / Yifan Cheng / ![]() 要旨: The SNF2h remodeler slides nucleosomes most efficiently as a dimer, yet how the two protomers avoid a tug-of-war is unclear. Furthermore, SNF2h couples histone octamer deformation to nucleosome ...The SNF2h remodeler slides nucleosomes most efficiently as a dimer, yet how the two protomers avoid a tug-of-war is unclear. Furthermore, SNF2h couples histone octamer deformation to nucleosome sliding, but the underlying structural basis remains unknown. Here we present cryo-EM structures of SNF2h-nucleosome complexes with ADP-BeF that capture two potential reaction intermediates. In one structure, histone residues near the dyad and in the H2A-H2B acidic patch, distal to the active SNF2h protomer, appear disordered. The disordered acidic patch is expected to inhibit the second SNF2h protomer, while disorder near the dyad is expected to promote DNA translocation. The other structure doesn't show octamer deformation, but surprisingly shows a 2 bp translocation. FRET studies indicate that ADP-BeF predisposes SNF2h-nucleosome complexes for an elemental translocation step. We propose a model for allosteric control through the nucleosome, where one SNF2h protomer promotes asymmetric octamer deformation to inhibit the second protomer, while stimulating directional DNA translocation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 74.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 207.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 51.9 MB 95.4 MB 95.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9351C ![]() 9353C ![]() 9354C ![]() 9355C ![]() 9356C ![]() 6ne3C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.4 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of SNF2h bound to a nucleosome [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Cryosparc v2 Non-Uniform refinement map. bfactor -130; Resampled into a position to fit with other maps uploaded | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2156 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Cryosparc v2 Non-Uniform refinement map. No bfactor; In...
ファイル | emd_9352_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v2 Non-Uniform refinement map. No bfactor; In original position | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryosparc v2 Non-Uniform refinement half-map 2. No bfactor;...
ファイル | emd_9352_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v2 Non-Uniform refinement half-map 2. No bfactor; In original position | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Cryosparc v2 Non-Uniform refinement half-map 1. No bfactor;...
ファイル | emd_9352_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryosparc v2 Non-Uniform refinement half-map 1. No bfactor; In original position | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 3.4 A
全体 | 名称: Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 3.4 A |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 3.4 A
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex at 3.4 A タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 340 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I 詳細: 2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 ...詳細: 2.5 ul of nucleosome-443 SNF2h complexes were applied to a glow discharged Quantifoil holey carbon grid (1.2 um hole size, 400 mesh), blotted in a Vitrobot Mark I (FEI Company) using 6 seconds blotting at 100% humidity, and then plunge-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.. |
詳細 | This sample was monodisperse |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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