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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9337 | |||||||||
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タイトル | Bacillus PS3 ATP synthase FO region class 2 | |||||||||
マップデータ | ATP synthase FO region class 2 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bacillus sp. PS3 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Guo H / Rubinstein JL | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Structure of a bacterial ATP synthase. 著者: Hui Guo / Toshiharu Suzuki / John L Rubinstein / 要旨: ATP synthases produce ATP from ADP and inorganic phosphate with energy from a transmembrane proton motive force. Bacterial ATP synthases have been studied extensively because they are the simplest ...ATP synthases produce ATP from ADP and inorganic phosphate with energy from a transmembrane proton motive force. Bacterial ATP synthases have been studied extensively because they are the simplest form of the enzyme and because of the relative ease of genetic manipulation of these complexes. We expressed the PS3 ATP synthase in , purified it, and imaged it by cryo-EM, allowing us to build atomic models of the complex in three rotational states. The position of subunit shows how it is able to inhibit ATP hydrolysis while allowing ATP synthesis. The architecture of the membrane region shows how the simple bacterial ATP synthase is able to perform the same core functions as the equivalent, but more complicated, mitochondrial complex. The structures reveal the path of transmembrane proton translocation and provide a model for understanding decades of biochemical analysis interrogating the roles of specific residues in the enzyme. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9337.map.gz | 116.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9337-v30.xml emd-9337.xml | 17 KB 17 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9337_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9337.png | 27.8 KB | ||
マスクデータ | emd_9337_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_9337_half_map_1.map.gz emd_9337_half_map_2.map.gz | 98.1 MB 98.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9337 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9337 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9337_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9337_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9337_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9337 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9337 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9337.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ATP synthase FO region class 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_9337_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: ATP synthase FO region class 2
ファイル | emd_9337_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | ATP synthase FO region class 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: ATP synthase FO region class 2
ファイル | emd_9337_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | ATP synthase FO region class 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Bacillus PS3 ATP synthase FO region class 2
全体 | 名称: Bacillus PS3 ATP synthase FO region class 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Bacillus PS3 ATP synthase FO region class 2
超分子 | 名称: Bacillus PS3 ATP synthase FO region class 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 160 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 0.71 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 132075 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |