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万見
- EMDB-9249: CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9249
タイトルCryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-42 antibody
マップデータEastern Equine Encephalitis Virus with EEEV-42 Fab
試料
  • 複合体: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-42 Fab complex
    • 複合体: EEEV-42 Fab
      • タンパク質・ペプチド: EEEV-42 antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: EEEV-42 antibody light chain
    • ウイルス: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: E1
      • タンパク質・ペプチド: E2
キーワードAlphavirus / EEEV / Eastern Equine Encephalitis Virus / Sindbis / Fab / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein / Structural polyprotein / Anti-human Langerin 2G3 lambda chain / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Hasan SS / Sun C
資金援助 米国, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI095366 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R01AI095436 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI117331-01 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM Structures of Eastern Equine Encephalitis Virus Reveal Mechanisms of Virus Disassembly and Antibody Neutralization.
著者: S Saif Hasan / Chengqun Sun / Arthur S Kim / Yasunori Watanabe / Chun-Liang Chen / Thomas Klose / Geeta Buda / Max Crispin / Michael S Diamond / William B Klimstra / Michael G Rossmann /
要旨: Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an ...Alphaviruses are enveloped pathogens that cause arthritis and encephalitis. Here, we report a 4.4-Å cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of eastern equine encephalitis virus (EEEV), an alphavirus that causes fatal encephalitis in humans. Our analysis provides insights into viral entry into host cells. The envelope protein E2 showed a binding site for the cellular attachment factor heparan sulfate. The presence of a cryptic E2 glycan suggests how EEEV escapes surveillance by lectin-expressing myeloid lineage cells, which are sentinels of the immune system. A mechanism for nucleocapsid core release and disassembly upon viral entry was inferred based on pH changes and capsid dissociation from envelope proteins. The EEEV capsid structure showed a viral RNA genome binding site adjacent to a ribosome binding site for viral genome translation following genome release. Using five Fab-EEEV complexes derived from neutralizing antibodies, our investigation provides insights into EEEV host cell interactions and protective epitopes relevant to vaccine design.
履歴
登録2018年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月19日-
マップ公開2018年12月19日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mui
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mui
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Eastern Equine Encephalitis Virus with EEEV-42 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.62 Å/pix.
x 560 pix.
= 907.2 Å		1.62 Å/pix.
x 560 pix.
= 907.2 Å		1.62 Å/pix.
x 560 pix.
= 907.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-6.6273537 - 6.2437277
平均 (標準偏差)0.057014048 (±0.8322789)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-280-280-280
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 907.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.621.621.62
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z907.200907.200907.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-280-280-280
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-6.6276.2440.057

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添付データ

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ハーフマップ: Eastern Equine Encephalitis Virus with EEEV-42 Fab, half map #1

ファイルemd_9249_half_map_1.map
注釈Eastern Equine Encephalitis Virus with EEEV-42 Fab, half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Eastern Equine Encephalitis Virus with EEEV-42 Fab, half map #2

ファイルemd_9249_half_map_2.map
注釈Eastern Equine Encephalitis Virus with EEEV-42 Fab, half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eastern equine encephalitis virus / EEEV-42 Fab complex

全体名称: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-42 Fab complex
要素
  • 複合体: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-42 Fab complex
    • 複合体: EEEV-42 Fab
      • タンパク質・ペプチド: EEEV-42 antibody heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: EEEV-42 antibody light chain
    • ウイルス: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: E1
      • タンパク質・ペプチド: E2

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超分子 #1: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-42 Fab complex

超分子名称: Eastern equine encephalitis virus / EEEV-42 Fab complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Purified from infected BHK-15 cells

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超分子 #3: EEEV-42 Fab

超分子名称: EEEV-42 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #2: Eastern equine encephalitis virus

超分子名称: Eastern equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 / NCBI-ID: 11021 / 生物種: Eastern equine encephalitis virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: E1

分子名称: E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 47.938141 KDa
配列文字列: YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS ...文字列:
YEHTAVMPNK VGIPYKALVE RPGYAPVHLQ IQLVNTRIIP STNLEYITCK YKTKVPSPVV KCCGATQCTS KPHPDYQCQV FTGVYPFMW GGAYCFCDTE NTQMSEAYVE RSEECSIDHA KAYKVHTGTV QAMVNITYGS VSWRSADVYV NGETPAKIGD A KLIIGPLS SAWSPFDNKV VVYGHEVYNY DFPEYGTGKA GSFGDLQSRT STSNDLYANT NLKLQRPQAG IVHTPFTQAP SG FERWKRD KGAPLNDVAP FGCSIALEPL RAENCAVGSI PISIDIPDAA FTRISETPTV SDLECKITEC TYASDFGGIA TVA YKSSKA GNCPIHSPSG VAVIKENDVT LAESGSFTFH FSTANIHPAF KLQVCTSAVT CKGDCKPPKD HIVDYPAQHT ESFT SAISA TAWSWLKVLV GGTSAFIVLG LIATAVVALV LFFHRH

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: E2

分子名称: E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern equine encephalitis virus (東部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 53.413551 KDa
配列文字列: DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ ...文字列:
DLDTHFTQYK LARPYIADCP NCGHSRCDSP IAIEEVRGDA HAGVIRIQTS AMFGLKTDGV DLAYMSFMNG KTQKSIKIDN LHVRTSAPC SLVSHHGYYI LAQCPPGDTV TVGFHDGPNR HTCTVAHKVE FRPVGREKYR HPPEHGVELP CNRYTHKRAD Q GHYVEMHQ PGLVADHSLL SIHSAKVKIT VPSGAQVKYY CKCPDVREGI TSSDHTTTCT DVKQCRAYLI DNKKWVYNSG RL PRGEGDT FKGKLHVPFV PVKAKCIATL APEPLVEHKH RTLILHLHPD HPTLLTTRSL GSDANPTRQW IERPTTVNFT VTG EGLEYT WGNHPPKRVW AQESGEGNPH GWPHEVVVYY YNRYPLTTII GLCTCVAIIM VSCVTSVWLL CRTRNLCITP YKLA PNAQV PILLALLCCI KPTRADDTLQ VLNYLWNNNQ NFFWMQTLIP LAALIVCMRM LRCLFCCGPA FLLVCGALGA AA

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: EEEV-42 antibody heavy chain

分子名称: EEEV-42 antibody heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.743719 KDa
配列文字列: QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGGTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH ...文字列:
QIQLVQSGRE VKNPGETVKI SCKASGYTFT EYPMLWVKQA PGKGFRWMGL IYTNTGEPTY AEEFKGRFVF SLEISASTAY LQINNLTNE DTATYFCVRD YFISLDYWGQ GTTLTVSSAK TTAPSVYPLA PVCGGTTGSS VTLGCLVKGY FPEPVTLTWN S GSLSSGVH TFPALLQSGL YTLSSSVTVT SNTWPSQTIT CNVAHPASST KVDKKIESRR

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分子 #4: EEEV-42 antibody light chain

分子名称: EEEV-42 antibody light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.177713 KDa
配列文字列: QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS ...文字列:
QAVVTQESAL TTSPGETVTL TCRSNIGAVT SSNCANWVQE KPDHFFTGLI GDTNNRRSGV PARFSGSLIG DKAALTITGA QTEDEAIYF CALWYNNLWV FGGGTKLTVL GQPKSSPSVT LFPPSSEELE TNKATLVCTI TDFYPGVVTV DWKVDGTPVT Q GMETTQPS KQSNNKYMAS SYLTLTARAW ERHSSYSCQV THEGHTVEKS LSRADC

UniProtKB: Anti-human Langerin 2G3 lambda chain

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: HELIUM / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 31.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4733
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6mui:
CryoEM structure of chimeric Eastern Equine Encephalitis Virus with Fab of EEEV-42 antibody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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