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- EMDB-9190: Cell-free-expressed Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9190
タイトルCell-free-expressed Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit (PDX1.2) from Arabidopsis thaliana
マップデータCell-free-expressed PDX1.2 single particle cryo-EM map
試料
  • 複合体: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag
    • タンパク質・ペプチド: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Novikova IV / Evans JE / Hellmann H / Sharma N
引用ジャーナル: Adv Struct Chem Imaging / 年: 2018
タイトル: Protein structural biology using cell-free platform from wheat germ.
著者: Irina V Novikova / Noopur Sharma / Trevor Moser / Ryan Sontag / Yan Liu / Michael J Collazo / Duilio Cascio / Tolou Shokuhfar / Hanjo Hellmann / Michael Knoblauch / James E Evans /
要旨: One of the biggest bottlenecks for structural analysis of proteins remains the creation of high-yield and high-purity samples of the target protein. Cell-free protein synthesis technologies are ...One of the biggest bottlenecks for structural analysis of proteins remains the creation of high-yield and high-purity samples of the target protein. Cell-free protein synthesis technologies are powerful and customizable platforms for obtaining functional proteins of interest in short timeframes, while avoiding potential toxicity issues and permitting high-throughput screening. These methods have benefited many areas of genomic and proteomics research, therapeutics, vaccine development and protein chip constructions. In this work, we demonstrate a versatile and multiscale eukaryotic wheat germ cell-free protein expression pipeline to generate functional proteins of different sizes from multiple host organism and DNA source origins. We also report on a robust purification procedure, which can produce highly pure (> 98%) proteins with no specialized equipment required and minimal time invested. This pipeline successfully produced and analyzed proteins in all three major geometry formats used for structural biology including single particle analysis with electron microscopy, and both two-dimensional and three-dimensional protein crystallography. The flexibility of the wheat germ system in combination with the multiscale pipeline described here provides a new workflow for rapid production and purification of samples that may not be amenable to other recombinant approaches for structural characterization.
履歴
登録2018年10月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2018年12月26日-
更新2018年12月26日-
現状2018年12月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.368
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9190.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9190.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cell-free-expressed PDX1.2 single particle cryo-EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.17 Å/pix.
x 256 pix.
= 300.032 Å		1.17 Å/pix.
x 256 pix.
= 300.032 Å		1.17 Å/pix.
x 256 pix.
= 300.032 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.172 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.368 / ムービー #1: 0.368
最小 - 最大-1.3590283 - 2.0836537
平均 (標準偏差)0.020332798 (±0.18892506)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 300.032 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1721.1721.172
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.032300.032300.032
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.3592.0840.020

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添付データ

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ハーフマップ: Cell-free-expressed PDX1.2 single particle cryo-EM even half-map

ファイルemd_9190_half_map_1.map
注釈Cell-free-expressed PDX1.2 single particle cryo-EM even half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Cell-free-expressed PDX1.2 single particle cryo-EM odd half-map

ファイルemd_9190_half_map_2.map
注釈Cell-free-expressed PDX1.2 single particle cryo-EM odd half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-termin...

全体名称: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag
要素
  • 複合体: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag
    • タンパク質・ペプチド: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag

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超分子 #1: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-termin...

超分子名称: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Complex assembled from 12 monomers in D6 symmetry
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組換発現生物種: Triticum (植物)
分子量理論値: 440 KDa

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分子 #1: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-termin...

分子名称: Pyridoxal 5'-phosphate synthase-like subunit PDX1.2 with N-terminal 3XFLAG tag
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO
EC番号: pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing)
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組換発現生物種: Triticum (植物)
配列文字列: MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAADQAM TDQDQGAVTL YSGTAITDAK KNHPFSVKVG LAQVLRGGA IVEVSSVNQA KLAESAGACS VIVSDPVRSR GGVRRMPDPV LIKEVKRAVS V PVMARARV GHFVEAQILE SLAVDYIDES EIISVADDDH FINKHNFRSP ...文字列:
MDYKDHDGDY KDHDIDYKDD DDKLAADQAM TDQDQGAVTL YSGTAITDAK KNHPFSVKVG LAQVLRGGA IVEVSSVNQA KLAESAGACS VIVSDPVRSR GGVRRMPDPV LIKEVKRAVS V PVMARARV GHFVEAQILE SLAVDYIDES EIISVADDDH FINKHNFRSP FICGCRDTGE AL RRIREGA AMIRIQGDLT ATGNIAETVK NVRSLMGEVR VLNNMDDDEV FTFAKKISAP YDL VAQTKQ MGRVPVVQFA SGGITTPADA ALMMQLGCDG VFVGSEVFDG PDPFKKLRSI VQAV QHYND PHVLAEMSSG LENAMESLNV RGDRIQDFGQ GSV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.05 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMC4H12NO3CLTris hydrochloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026 kPa
詳細: Glow discharging conditions on EasyGlow: 10 mA, 30 sec, 0.26 mbar
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: deposition: 3 uL sample, 3 sec blot.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3000SFF
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 42 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm

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画像解析

詳細CisTEM software used for all image processing
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5397
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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