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- EMDB-9146: Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9146
タイトルCryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2
マップデータCryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2
試料
  • 細胞器官・細胞要素: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2
    • タンパク質・ペプチド: Seipin
キーワードLipid storage / Lipid droplet formation / lipodystrophy / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of axon extension involved in regeneration / diacylglycerol metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / regulation of triglyceride metabolic process / regulation of lipid storage / lipid droplet formation / channel activator activity / regulation of lipid biosynthetic process / lipid storage / lipid droplet organization ...positive regulation of axon extension involved in regeneration / diacylglycerol metabolic process / phosphatidic acid metabolic process / regulation of triglyceride metabolic process / regulation of lipid storage / lipid droplet formation / channel activator activity / regulation of lipid biosynthetic process / lipid storage / lipid droplet organization / response to starvation / lipid catabolic process / lipid droplet / intracellular calcium ion homeostasis / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Seipin family / Putative adipose-regulatory protein (Seipin)
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Sui X / Arlt H / Liao M / Walther CT / Farese VR
資金援助 米国, ドイツ, 6件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R01GM123089 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)1R01GM124348-01 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM097194 米国
American Heart Association18POST34030308 米国
German Research Foundation (DFG)AR1164/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2018
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the lipid droplet-formation protein seipin.
著者: Xuewu Sui / Henning Arlt / Kelly P Brock / Zon Weng Lai / Frank DiMaio / Debora S Marks / Maofu Liao / Robert V Farese / Tobias C Walther /
要旨: Metabolic energy is stored in cells primarily as triacylglycerols in lipid droplets (LDs), and LD dysregulation leads to metabolic diseases. The formation of monolayer-bound LDs from the endoplasmic ...Metabolic energy is stored in cells primarily as triacylglycerols in lipid droplets (LDs), and LD dysregulation leads to metabolic diseases. The formation of monolayer-bound LDs from the endoplasmic reticulum (ER) bilayer is poorly understood, but the ER protein seipin is essential to this process. In this study, we report a cryo-electron microscopy structure and functional characterization of seipin. The structure reveals a ring-shaped dodecamer with the luminal domain of each monomer resolved at ∼4.0 Å. Each luminal domain monomer exhibits two distinctive features: a hydrophobic helix (HH) positioned toward the ER bilayer and a β-sandwich domain with structural similarity to lipid-binding proteins. This structure and our functional testing in cells suggest a model in which seipin oligomers initially detect forming LDs in the ER via HHs and subsequently act as membrane anchors to enable lipid transfer and LD growth.
履歴
登録2018年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月17日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mlu
  • 表面レベル: 0.033
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6mlu
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å		1.31 Å/pix.
x 256 pix.
= 335.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.033 / ムービー #1: 0.033
最小 - 最大-0.07455186 - 0.1342655
平均 (標準偏差)0.00003190383 (±0.0073412494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 335.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z335.360335.360335.360
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0750.1340.000

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添付データ

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追加マップ: Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2

ファイルemd_9146_additional.map
注釈Cryo-EM structure of lipid droplet formation protein Seipin/BSCL2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2

全体名称: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2
要素
  • 細胞器官・細胞要素: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2
    • タンパク質・ペプチド: Seipin

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超分子 #1: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2

超分子名称: cryo-EM protein structure of seipin/BSCL2 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 43 kDa/nm

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分子 #1: Seipin

分子名称: Seipin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 43.95707 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGNILLRLIV FALDPLGLGR RFLIRPAVNL GWNVYDRVRS KADEKVGTVR ELVLRLGLIA FAVVLIIWLA VFMYAAFYYV YMPAISHTR PVHMQFKTCL ETSTPCTFPH AHVSLTKKQQ LLMVGQAYKV IVNIDMPESP QNLELGMFMV CAEMRDYDSM L RGHSCRSA ...文字列:
MGNILLRLIV FALDPLGLGR RFLIRPAVNL GWNVYDRVRS KADEKVGTVR ELVLRLGLIA FAVVLIIWLA VFMYAAFYYV YMPAISHTR PVHMQFKTCL ETSTPCTFPH AHVSLTKKQQ LLMVGQAYKV IVNIDMPESP QNLELGMFMV CAEMRDYDSM L RGHSCRSA MMRYRSPLIR MISTWVLSPL YVLGWKEEFQ QVPVEIFSRY LEERQHPITD VYVEIQSQKI QFYTVTLHIV AD FTGLRYI MFNWPVLSAI VAISTNLFFI LVVFLLSWYH WSDAKWLHSV QIKYARLTKS LEPGVIHSKA SSLRDDDDDL VAY SDKSDI ADVGGDTLSD VDADDLVLVK KSRSGKRESP DALRKRPTKK TTADHAAALE HHHHHH

UniProtKB: Seipin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3
詳細Protein sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D12 (2回x12回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22383
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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