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- EMDB-9139: H7 HA0 in complex with Fab from H7.5 IgG -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9139
タイトルH7 HA0 in complex with Fab from H7.5 IgG
マップデータH7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
試料
  • 複合体: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fv of H7.5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Light chain Fv of H7.5 Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHemagglutinin / antibody / Fab / H7 / HA0 / protein complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A/New York/107/2003(H7N2)) (A型インフルエンザウイルス) / Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Pallesen J / Turner HL
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI117905 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400024C 米国
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2019
タイトル: Potent anti-influenza H7 human monoclonal antibody induces separation of hemagglutinin receptor-binding head domains.
著者: Hannah L Turner / Jesper Pallesen / Shanshan Lang / Sandhya Bangaru / Sarah Urata / Sheng Li / Christopher A Cottrell / Charles A Bowman / James E Crowe / Ian A Wilson / Andrew B Ward /
要旨: Seasonal influenza virus infections can cause significant morbidity and mortality, but the threat from the emergence of a new pandemic influenza strain might have potentially even more devastating ...Seasonal influenza virus infections can cause significant morbidity and mortality, but the threat from the emergence of a new pandemic influenza strain might have potentially even more devastating consequences. As such, there is intense interest in isolating and characterizing potent neutralizing antibodies that target the hemagglutinin (HA) viral surface glycoprotein. Here, we use cryo-electron microscopy (cryoEM) to decipher the mechanism of action of a potent HA head-directed monoclonal antibody (mAb) bound to an influenza H7 HA. The epitope of the antibody is not solvent accessible in the compact, prefusion conformation that typifies all HA structures to date. Instead, the antibody binds between HA head protomers to an epitope that must be partly or transiently exposed in the prefusion conformation. The "breathing" of the HA protomers is implied by the exposure of this epitope, which is consistent with metastability of class I fusion proteins. This structure likely therefore represents an early structural intermediate in the viral fusion process. Understanding the extent of transient exposure of conserved neutralizing epitopes also may lead to new opportunities to combat influenza that have not been appreciated previously.
履歴
登録2018年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2019年2月20日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mlm
  • 表面レベル: 0.058
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9139.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9139.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 261.12 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 261.12 Å		1.02 Å/pix.
x 256 pix.
= 261.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.058 / ムービー #1: 0.058
最小 - 最大-0.12226801 - 0.21910833
平均 (標準偏差)0.00014316238 (±0.008092738)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 261.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.120261.120261.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1220.2190.000

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添付データ

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追加マップ: H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG

ファイルemd_9139_additional.map
注釈H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG

ファイルemd_9139_half_map_1.map
注釈H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG

ファイルemd_9139_half_map_2.map
注釈H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : H7 HA0 in complex with H7.5 Fab

全体名称: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab
要素
  • 複合体: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA1 chain
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin HA2 chain
    • タンパク質・ペプチド: Heavy chain Fv of H7.5 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Light chain Fv of H7.5 Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab

超分子名称: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/New York/107/2003(H7N2)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 230 KDa

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分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain

分子名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/New York/107/2003(H7N2)) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/New York/107/2003(H7N2)
分子量理論値: 36.01882 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNTQILAFIA CVLTGVKGDK ICLGHHAVAN GTKVNTLTER GIEVVNATET VETTNIKKIC TQGKRPTDLG QCGLLGTLIG PPQCDQFLE FSSDLIIERR EGTDICYPGR FTNEESLRQI LRRSGGIGKE SMGFTYSGIR TNGATSACTR SGSSFYAEMK W LLSNSDNA ...文字列:
MNTQILAFIA CVLTGVKGDK ICLGHHAVAN GTKVNTLTER GIEVVNATET VETTNIKKIC TQGKRPTDLG QCGLLGTLIG PPQCDQFLE FSSDLIIERR EGTDICYPGR FTNEESLRQI LRRSGGIGKE SMGFTYSGIR TNGATSACTR SGSSFYAEMK W LLSNSDNA AFPQMTKAYR NPRNKPALII WGVHHSESVS EQTKLYGSGN KLITVRSSKY QQSFTPNPGA RRIDFHWLLL DP NDTVTFT FNGAFIAPDR TSFFRGESLG VQSDAPLDSS CRGDCFHSGG TIVSSLPFQN INSRTVGKCP RYVKQKSLLL ATG MRNVPE KP

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain

分子名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/New York/107/2003(H7N2)
分子量理論値: 25.583803 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: KPRGLFGAIA GFIENGWEGL INGWYGFRHQ NAQGEGTAAD YKSTQSAIDQ ITGKLNRLIG KTNQQFELID NEFNEIEQQI GNVINWTRD AMTEIWSYNA ELLVAMENQH TIDLADSEMS KLYERVKKQL RENAEEDGTG CFEIFHKCDD QCMESIRNNT Y DHTQYRTE ...文字列:
KPRGLFGAIA GFIENGWEGL INGWYGFRHQ NAQGEGTAAD YKSTQSAIDQ ITGKLNRLIG KTNQQFELID NEFNEIEQQI GNVINWTRD AMTEIWSYNA ELLVAMENQH TIDLADSEMS KLYERVKKQL RENAEEDGTG CFEIFHKCDD QCMESIRNNT Y DHTQYRTE SLQNRIQIDP VKLSSGYKDI ILWFSFGASC FLLLAIAMGL VFICIKNGNM QCTICI

UniProtKB: Hemagglutinin

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分子 #3: Heavy chain Fv of H7.5 Fab

分子名称: Heavy chain Fv of H7.5 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.441402 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTLTR YYFHWVRQAP GQGFEWMGII NPNGGGTSYA QKFGDRVIMT SDMSTSTIYM ELSSLRSED TAVYYCARDM PYYHDSGGPL FDLWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列:
VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTLTR YYFHWVRQAP GQGFEWMGII NPNGGGTSYA QKFGDRVIMT SDMSTSTIYM ELSSLRSED TAVYYCARDM PYYHDSGGPL FDLWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP K

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分子 #4: Light chain Fv of H7.5 Fab

分子名称: Light chain Fv of H7.5 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.340836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRPSQSIS TFLNWYEQKP GKAPKLLIYD ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSFSTPYTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
EIVMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRPSQSIS TFLNWYEQKP GKAPKLLIYD ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSFSTPYTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGE

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5f45
PDB 未公開エントリ


詳細: molmap simulated map lowpass filtered to 40A.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 30032
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5f45
PDB 未公開エントリ


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-6mlm:
H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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