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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9139 | |||||||||
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タイトル | H7 HA0 in complex with Fab from H7.5 IgG | |||||||||
![]() | H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
![]() | Pallesen J / Turner HL / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Potent anti-influenza H7 human monoclonal antibody induces separation of hemagglutinin receptor-binding head domains. 著者: Hannah L Turner / Jesper Pallesen / Shanshan Lang / Sandhya Bangaru / Sarah Urata / Sheng Li / Christopher A Cottrell / Charles A Bowman / James E Crowe / Ian A Wilson / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Seasonal influenza virus infections can cause significant morbidity and mortality, but the threat from the emergence of a new pandemic influenza strain might have potentially even more devastating ...Seasonal influenza virus infections can cause significant morbidity and mortality, but the threat from the emergence of a new pandemic influenza strain might have potentially even more devastating consequences. As such, there is intense interest in isolating and characterizing potent neutralizing antibodies that target the hemagglutinin (HA) viral surface glycoprotein. Here, we use cryo-electron microscopy (cryoEM) to decipher the mechanism of action of a potent HA head-directed monoclonal antibody (mAb) bound to an influenza H7 HA. The epitope of the antibody is not solvent accessible in the compact, prefusion conformation that typifies all HA structures to date. Instead, the antibody binds between HA head protomers to an epitope that must be partly or transiently exposed in the prefusion conformation. The "breathing" of the HA protomers is implied by the exposure of this epitope, which is consistent with metastability of class I fusion proteins. This structure likely therefore represents an early structural intermediate in the viral fusion process. Understanding the extent of transient exposure of conserved neutralizing epitopes also may lead to new opportunities to combat influenza that have not been appreciated previously. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.1 KB 23.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 69.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 58.4 MB 49.7 MB 49.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 782.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 782.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
ファイル | emd_9139_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
ファイル | emd_9139_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG
ファイル | emd_9139_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | H7 HA0 in complex with Fv from H7.5 IgG | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : H7 HA0 in complex with H7.5 Fab
全体 | 名称: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab
超分子 | 名称: H7 HA0 in complex with H7.5 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 230 KDa |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: A/New York/107/2003(H7N2) |
分子量 | 理論値: 36.01882 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNTQILAFIA CVLTGVKGDK ICLGHHAVAN GTKVNTLTER GIEVVNATET VETTNIKKIC TQGKRPTDLG QCGLLGTLIG PPQCDQFLE FSSDLIIERR EGTDICYPGR FTNEESLRQI LRRSGGIGKE SMGFTYSGIR TNGATSACTR SGSSFYAEMK W LLSNSDNA ...文字列: MNTQILAFIA CVLTGVKGDK ICLGHHAVAN GTKVNTLTER GIEVVNATET VETTNIKKIC TQGKRPTDLG QCGLLGTLIG PPQCDQFLE FSSDLIIERR EGTDICYPGR FTNEESLRQI LRRSGGIGKE SMGFTYSGIR TNGATSACTR SGSSFYAEMK W LLSNSDNA AFPQMTKAYR NPRNKPALII WGVHHSESVS EQTKLYGSGN KLITVRSSKY QQSFTPNPGA RRIDFHWLLL DP NDTVTFT FNGAFIAPDR TSFFRGESLG VQSDAPLDSS CRGDCFHSGG TIVSSLPFQN INSRTVGKCP RYVKQKSLLL ATG MRNVPE KP |
-分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: A/New York/107/2003(H7N2) |
分子量 | 理論値: 25.583803 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: KPRGLFGAIA GFIENGWEGL INGWYGFRHQ NAQGEGTAAD YKSTQSAIDQ ITGKLNRLIG KTNQQFELID NEFNEIEQQI GNVINWTRD AMTEIWSYNA ELLVAMENQH TIDLADSEMS KLYERVKKQL RENAEEDGTG CFEIFHKCDD QCMESIRNNT Y DHTQYRTE ...文字列: KPRGLFGAIA GFIENGWEGL INGWYGFRHQ NAQGEGTAAD YKSTQSAIDQ ITGKLNRLIG KTNQQFELID NEFNEIEQQI GNVINWTRD AMTEIWSYNA ELLVAMENQH TIDLADSEMS KLYERVKKQL RENAEEDGTG CFEIFHKCDD QCMESIRNNT Y DHTQYRTE SLQNRIQIDP VKLSSGYKDI ILWFSFGASC FLLLAIAMGL VFICIKNGNM QCTICI |
-分子 #3: Heavy chain Fv of H7.5 Fab
分子 | 名称: Heavy chain Fv of H7.5 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.441402 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTLTR YYFHWVRQAP GQGFEWMGII NPNGGGTSYA QKFGDRVIMT SDMSTSTIYM ELSSLRSED TAVYYCARDM PYYHDSGGPL FDLWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV ...文字列: VQLVQSGAEV KKPGASVKVS CKASGYTLTR YYFHWVRQAP GQGFEWMGII NPNGGGTSYA QKFGDRVIMT SDMSTSTIYM ELSSLRSED TAVYYCARDM PYYHDSGGPL FDLWGQGTLV TVSSASTKGP SVFPLAPSGG TAALGCLVKD YFPEPVTVSW N SGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKKVEP K |
-分子 #4: Light chain Fv of H7.5 Fab
分子 | 名称: Light chain Fv of H7.5 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.340836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EIVMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRPSQSIS TFLNWYEQKP GKAPKLLIYD ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSFSTPYTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列: EIVMTQSPSS LSASVGDRVT ITCRPSQSIS TFLNWYEQKP GKAPKLLIYD ASSLQSGVPS RFSGSGSGTE FTLTISSLQP EDFATYYCQ QSFSTPYTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGE |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 67.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |