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- EMDB-9104: Cryo-EM structure of the Ceru+32/GFP-17 protomer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9104
タイトルCryo-EM structure of the Ceru+32/GFP-17 protomer
マップデータThe structure of a highly symmetrical, well-defined 16-mer formed by 8 Ceru+32 and 8 GFP-17
試料
  • 複合体: Ceru+32/GFP-17 protomer
    • タンパク質・ペプチド: Ceru+32
    • タンパク質・ペプチド: GFP-17
キーワードSupercharged protein assembly / electrostatic interactions / 16-mer / D4 symmetry / LUMINESCENT PROTEIN
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Simon AJ / Zhou Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentW911NF-1-51-0120 米国
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2019
タイトル: Supercharging enables organized assembly of synthetic biomolecules.
著者: Anna J Simon / Yi Zhou / Vyas Ramasubramani / Jens Glaser / Arti Pothukuchy / Jimmy Gollihar / Jillian C Gerberich / Janelle C Leggere / Barrett R Morrow / Cheulhee Jung / Sharon C Glotzer / ...著者: Anna J Simon / Yi Zhou / Vyas Ramasubramani / Jens Glaser / Arti Pothukuchy / Jimmy Gollihar / Jillian C Gerberich / Janelle C Leggere / Barrett R Morrow / Cheulhee Jung / Sharon C Glotzer / David W Taylor / Andrew D Ellington /
要旨: Symmetrical protein oligomers are ubiquitous in biological systems and perform key structural and regulatory functions. However, there are few methods for constructing such oligomers. Here we have ...Symmetrical protein oligomers are ubiquitous in biological systems and perform key structural and regulatory functions. However, there are few methods for constructing such oligomers. Here we have engineered completely synthetic, symmetrical oligomers by combining pairs of oppositely supercharged variants of a normally monomeric model protein through a strategy we term 'supercharged protein assembly' (SuPrA). We show that supercharged variants of green fluorescent protein can assemble into a variety of architectures including a well-defined symmetrical 16-mer structure that we solved using cryo-electron microscopy at 3.47 Å resolution. The 16-mer is composed of two stacked rings of octamers, in which the octamers contain supercharged proteins of alternating charges, and interactions within and between the rings are mediated by a variety of specific electrostatic contacts. The ready assembly of this structure suggests that combining oppositely supercharged pairs of protein variants may provide broad opportunities for generating novel architectures via otherwise unprogrammed interactions.
履歴
登録2018年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年9月26日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6mdr
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9104.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9104.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The structure of a highly symmetrical, well-defined 16-mer formed by 8 Ceru+32 and 8 GFP-17
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 224 pix.
= 246.4 Å		1.1 Å/pix.
x 224 pix.
= 246.4 Å		1.1 Å/pix.
x 224 pix.
= 246.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.249786 - 0.33042789
平均 (標準偏差)0.00018886346 (±0.017410183)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 246.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z246.400246.400246.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.2500.3300.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Ceru+32/GFP-17 protomer

全体名称: Ceru+32/GFP-17 protomer
要素
  • 複合体: Ceru+32/GFP-17 protomer
    • タンパク質・ペプチド: Ceru+32
    • タンパク質・ペプチド: GFP-17

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超分子 #1: Ceru+32/GFP-17 protomer

超分子名称: Ceru+32/GFP-17 protomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 430 KDa

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分子 #1: Ceru+32

分子名称: Ceru+32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P).
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 28.425195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MASKGERLFR GKVPILVELK GDVNGHKFSV RGKGKGDATN GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTWGVQ CFARYPKHMK RHDFFKSAM PKGYVQERTI SFKKDGTYKT RAEVKFEGRT LVNRIKLKGR DFKEKGNILG HKLRYNGISD KVYITADKRK N GIKAKFKI ...文字列:
MASKGERLFR GKVPILVELK GDVNGHKFSV RGKGKGDATN GKLTLKFICT TGKLPVPWPT LVTTLTWGVQ CFARYPKHMK RHDFFKSAM PKGYVQERTI SFKKDGTYKT RAEVKFEGRT LVNRIKLKGR DFKEKGNILG HKLRYNGISD KVYITADKRK N GIKAKFKI RHNVKDGSVQ LADHYQQNTP IGRGPVLLPR NHYLSTRSVL SKDPKEKRDH MVLLEFVTAA GIKHGRDERY KL EHHHHHH

UniProtKB: Green fluorescent protein

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分子 #2: GFP-17

分子名称: GFP-17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Mutations present in the construct but not listed in the mutation list are derived from the reference construct (PDB entry 2B3P).
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Aequorea victoria (オワンクラゲ)
分子量理論値: 27.226242 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDADNG KLDLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKE HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHE VYITADDEKN G IKAEFKIR ...文字列:
MSKGEELFTG VVPILVELDG DVNGHKFSVR GEGEGDADNG KLDLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKE HDFFKSAMP EGYVQERTIS FKDDGTYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNFNSHE VYITADDEKN G IKAEFKIR HNVEDGSVQL ADHYQQNTPI GDGPDLLPDE HYLSTQSVLS KDPNEKRDHM VLLEFVTADG ITEGHHHHHH HH

UniProtKB: Green fluorescent protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

2b3p

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 126822
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2b3p


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 196
得られたモデル

PDB-6mdr:
Cryo-EM structure of the Ceru+32/GFP-17 protomer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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